지구를 찾아 여정을 시작한 갤럭티카와 콜로니얼 함선. 하지만 33분마다 사일런 추격대가 나타나 인간들을 쫓아온다. 결국 5일째 33분마다 초광속 도약으로 도망가느라 갤럭티카 대원들은 잠도 자지 못하고 완전히 지쳐 버린다. 248번째 도약을 한 그때, 승객 약 1,300명을 태운 올림픽호가 사라지고 맹렬히 쫓아오던 사일런 추격대는 종적을 감춘다.

갤럭티카의 물 탱크에서 폭발이 발생해 기내에 보유한 물 가운데 60%가 유실되는 대형 사고가 터진다. 부머는 이 사고가 자신과 관련됐다고 생각하지만, 도무지 기억이 없다. 아다마 함장은 급수원이 될 천체를 찾기 위해 정찰대를 파견하고, 부머가 모는 랩터는 운이 좋게도 물이 있는 행성을 찾아내지만 부머는 웬일인지 입이 떨어지지 않는다. 한편 리 아다마 대위는 올림픽호를 폭격한 일로 계속 죄책감을 느끼고, 로슬린 대통령은 그를 위로하며 자신의 군사 참모로 임명한다.

죄수들을 수용하던 아스트랄 퀸에 방문한 리와 빌리, 듀알라는 죄수들의 인력을 동원해서 얼음 행성에서 물을 구하려고 한다. 하지만 죄수들의 리더격이자 양심수인 '톰 자렉'은 이를 거부한다. 자렉의 혁명 저서를 읽었던 리는 그에게 호의를 가지고 대화를 시도하지만, 자렉은 죄수들과 함께 폭동을 일으키고 리를 비롯한 갤럭티카 대원들과 교도관들은 인질로 잡히게 된다. 스타벅은 이들을 구조하기 위한 잠입 작전을 세운다. 한편, 카프리카에 고립된 힐로는, 부머로 위장한 사일런과 서로 더 의존하게 된다.

1000번째 착륙을 기념하던 파일럿 '플랫 탑'과 다른 동료 파일럿들은 갑판 위의 드론 오발 사고에 휘말려 목숨을 잃는다. 동료들의 장례식을 치르며 아다마 함장과 스타벅은 과거에 잭을 잃었던 슬픔이 되살아난다. 아다마 함장은 스타벅에게 새 조종사를 훈련시키는 임무를 맡기고, 스타벅은 잭이 기본 비행 훈련에 실패했지만 파일럿 시험에 통과시켰던 죄책감을 다시 느끼게 된다. 한편, 카프리카에 고립된 힐로와, 부머로 위장한 사일런은 한 식당에 있는 임시 대피소를 발견한다.

죽은 줄 알았던 도럴이 민간인 틈에 섞여 공보관 행세를 하여 갤럭티카 전함에 숨어들고 이를 발견한 아다마 함장과 타이 부함장은 사일런에게 복제본이 있다는 사실을 알게 된다. 보안 사고가 함 내에 연달아 일어나자 수사 위원회를 구성하여 선임 위병 부사관에게 사건 조사를 일임하고 사일런이 인간과 동일한 모습이라는 사실을 공개 발표한다. 이에 사람들은 서로를 의심하게 되고 부사관의 의심스러운 눈초리는 티롤 갑판장과 샤론 중위에게 향한다.

사일런 탐지기를 개발하던 발타 박사는 셸리 고드프리의 증언으로 한순간에 반역자로 낙인찍힌다. 아다마 함장은 셸리 고드프리가 건넨 디스크 속 사진에 찍힌 남자가 발타 박사가 맞는지 확인하는 동시에 고드프리에게도 미행을 붙이라고 지시한다. 다리 부상이 심한 스타벅은 레이더 작동법을 파악하려는 티롤을 도우려 나서고, 힐로는 함께 도망 다니던 샤론에게 자신의 마음을 고백한다.

화물선 제미논 트래블러에서 사일런 2호가 발견된다. 2호의 환영에 시달리던 로라 로슬린 대통령은 이상한 기운을 감지하고 사일런을 취조하도록 명령한다. 2호는 자신을 취조하러 나타난 스타벅을 아는 척하며 반기고 함대의 함선 중 한 대에 핵탄두를 숨겨 둔 사실을 자백한다. 하지만 진실은 알 수 없고, 스타벅을 뒤흔드는 2호와 진실을 알아내려는 스타벅 사이 팽팽한 대치가 이어진다. 한편 부머는 발타 박사를 찾아가 자진해서 사일런 검사를 받는다.

로라 로슬린 대통령은 아다마 함장을 사일런으로 의심하며 발타 박사에게 아다마 함장의 사일런 검사를 지시한다. 아다마 함장이 비밀리에 함선을 떠난 뒤, 사일런 레이더가 나타나자 로라의 의심은 점점 더 커진다. 한편 죽은 줄로만 알았던 사울 타이의 아내 엘런이 갤럭티카에 나타나고, 엘런을 환영하는 저녁 식사 자리에서 아다마 함장이 엘런의 사일런 검사를 몰래 지시한 사실이 밝혀진다.

함대의 필수 연료 틸륨이 5% 남은 가운데, 수색대가 틸륨이 매장된 유일한 행성을 찾았지만 그곳은 이미 사일런이 점령하고 있다. 고민 끝에 윌리엄 함장은 그곳을 탈취하기로 결심하고 스타벅을 불러 기발한 작전을 계획한다. 한편, 로슬린 대통령은 카말라의 부작용으로 환각을 경험하고 이것이 성서의 예언과 관련되어 있다는 사실을 알게 된다.

초호화 여객선 클라우드 9호에서 12콜로니 대표들이 모인 회담이 개최되고, 사지태론의 대표가 톰 자렉이라는 사실에 로슬린 대통령과 아다마 함장은 걱정이 앞선다. 톰 자렉은 회의장에서 부통령 선출 안건을 제안하고, 그에 따라 톰 자렉과 대통령 참모 월리스 그레이가 후보로 추천된다. 한편, 회의장 경비를 맡은 아폴로와 스타벅은 대통령을 노리는 수상한 움직임을 포착하고, 로슬린 대통령은 톰 자렉을 저지하기 위해 새로운 부통령 후보를 떠올린다.

자신과 카프리카에서 같이 있던 샤론이 실은 사일런이라는 걸 알게 된 힐로는 샤론에게 총을 겨눈다. 샤론은 힐로에게 자세히 설명해 주려고 하지만 힐로는 샤론에게 총을 발사한다. 한편 갤럭티카에 있던 부머는 크래시와 함께 자원 탐사를 나서던 중, 바다와 대륙과 대기가 있는 행성을 발견한다. 로라는 이곳이 코볼임을 알게 되고 성서의 계시가 사실로 나타나고 있다고 믿는다. 아다마 함장과 스타벅은 가상의 존재인 지구를 진짜로 믿는 로라에게 미친 소리라고 만류한다.

아다마 함장은 로슬린 대통령이 스타벅을 카프리카로 보내 허황된 전설 속 유물을 찾게 만들어 함대 모두를 위험에 빠뜨렸다며 대통령직을 박탈하겠다고 선포한다. 함장은 군인을 보내 '콜로니얼 원' 함선에 진입하여 로라를 체포하려 하고, 로라 역시 무장 경호원들을 앞에 내세우며 맞선다. 모든 파일럿이 출동한 가운데, 사일런의 기지선을 파괴하기 위해 아다마는 치료 중이던 부머를 보낸다. 자살을 시도했다 실패하고, 그 상처를 회복 중이던 부머는 훌륭히 임무를 완수한다.