Flota kolonialna wciąż ucieka. Konieczność wykonywania skoków FTL dokładnie co 33 minuty doprowadza załogę na skraj wyczerpania. W wyniku błędu tracą z oczu transportowiec Oceanic.

Niespodziewany wybuch zbiornika pozbawia flotę znacznej części zapasów wody. Załoga podejrzewa cyloński sabotaż. Piloci przemierzają okoliczne systemy w poszukiwaniu nowych zasobów.

Do wydobycia wody odnalezionej na jednym z księżyców potrzebna jest siła robocza. Apollo próbuje przekonać do pomocy więźniów ze statku Astral Queen. Jeden z nich, Tom Zarek, ma własne plany.

W wypadku ginie kilku pilotów floty. Konieczne jest uzupełnienie załogi ochotnikami spośród ludności cywilnej. W trakcie lotu szkoleniowego Starbuck zostaje zestrzelona przez atakujących znienacka Cylonów.

Wbrew prezydent Roslin, komandor Adama i Apollo wysyłają na poszukiwania Kary eskadrę myśliwców, narażając bezpieczeństwo floty i jej zasoby. Starbuck rozpracowuje mechanizm. cylońskiego statku i wraca nim na Galacticę.

Cyloński zamachowiec-samobójca wysadza się, zabijając i raniąc kilku członków załogi. Powstaje komisja do zbadania incydentu. Rozchodzi się wieść o tym, że Cylonie wyglądają jak ludzie.

Gaius zostaje oskarżony o zdradę i odsunięty od prac nad wykrywaczem Cylonów. Śmiertelnie chora prezydent Roslin podejmuje leczenie alternatywne. Dowody przeciwko Baltarowi okazują się być sfabrykowane.

Schwytany Cylon twierdzi, że podłożył ładunki na pokładzie jednego ze statków. Kara dostaje zadanie wydobycia z niego informacji za wszelką cenę. Laura Roslin odczuwa skutek uboczny leczenia – halucynacje.

Prezydent Roslin podejrzewa, że komandor Adama może być Cylonem. Tymczasem ten odnajduje i przywozi na pokład Galactiki zaginioną żonę pułkownika Tigha.

Zbliżają się obchody Dnia Kolonii. Podczas zebrania Rady Dwunastu wysunięta zostaje kandydatura Toma Zareka na wiceprezydenta. Chcąc zapobiec wejściu terrorysty do rządu, Roslin i Adama zgłaszają własnego kandydata.

Podczas zwiadu odkryta zostaje planeta. Okazuje się być nią Kobol - kolebka ludzkości. Starbuck wyrusza z samotną misją na Caprikę. Cyloni zestrzeliwują jeden z Raptorów.

Konflikt pomiędzy Adamą a Roslin stawia Apollo przed wyborem jednej ze stron. Boomer umieszcza bombę na cylońskim statku krążącym nad Kobolem. Na mostku dochodzi do tragedii.