Puissants robots, les Cylons règnent en maître sur l'univers. Les survivants de l'attaque des cylons regroupés autour du seul vaisseau de combat le Galactica, n'ont pas le temps de souffler. Ils doivent toutes les 33 minutes faire un bon spatio-temporel pour éviter d'être massacrés par les Cylons. Gaius Baltar se sent en danger lorsqu'il entend qu'un scientifique réputé veut parler à la présidente car il peut prouver qu'il y a un traître parmi eux.

Boomer se réveille avec un explosif dans son sac sans savoir comment elle a pu perdre connaissance et comment elle a obtenu cet explosif. Lorsqu'elle se rend à l'armurerie pour le remettre en place, elle s'aperçoit que 6 autres ont disparu. Pendant ce temps, Adama accueille sur le Galactica la présidente venue assister à un ravitaillement en eau. Sur Caprica, le Helo et l'autre Cylon Boomer essayent d'échapper aux Cylons.

L'extraction de l'eau que le Galactica a trouvé va être très compliquée à extraire car la température de la planète avoisine les -60°. Ne pouvant se permettre de se passer de membres de l'équipage, la présidente et Adama décident de faire appel au volontariat des prisonniers. Mais ceux-ci poussés par un ancien héros révolutionnaire, Tom Zarek, refusent la mission et se révoltent.

Un pilote vient de réussir son 1000ème vol. Comme la tradition le veut, il va être fêté par l'équipage mais un accident se produit et 13 pilotes sont tués. Le commandant Adama confie alors à Starbuck l'entraînement de nouveaux pilotes. Une mission qui lui rappelle de mauvais souvenirs concernant la mort de Zack Adama.

Kara est vivante. Son appareil s'est crashé sur une lune mais elle ne peut communiquer avec le Galactica. Adama et Lee mettent tout l'équipage en branle pour retrouver Kara. Sur Caprica,la cachette d'Helo et Boomer est découverte par les Cylons.

Alors qu'un attentat déclenché par une copie de Doral provoque plusieurs morts, les citoyens découvrent l'existence des Cylons humanoïdes. Un tribunal indépendant est alors appelé à déterminer si d'autres Cylons se cachent parmi l'équipage du Galactica...

Une femme, qui n'est autre qu'une copie de Numéro Six, accuse le professeur Baltar d'être un traître à l'humanité. Pour le prouver, elle présente un disque contenant des photos d'un homme ressemblant à Gaius qui entre dans des entrepôts d'armes lourdes la veille des attaques des 12 colonies. Le docteur Baltar va alors devoir mener une bataille pour prouver son innocence tout en gérant le fait que Head six ne lui apparaît plus...

Une copie du Cylon Leoben Coney (qu'Adama avait condamné lors de la mini-série) apparaît sur la flotte coloniale et Starbuck est chargée de l'interroger. Juste avant que le Cylon humanoïde soit capturé, la présidente Roslin l'avait vu dans une vision. Elle est déterminée à savoir ce que signifient ses visions et souhaite le rencontrer en personne.Dans le même temps, Boomer demande au docteur Baltar de tester son détecteur de Cylons sur elle...

Les doutes de la présidente Roslin sur le commandant Adama semblent se confirmer lorsqu'elle remarque qu'il est absent durant une opération militaire. Le colonel Tigh va alors défendre son ami. Tout est ensuite expliqué lorsque le commandant Adama revient d'un des vaisseaux civils en compagnie d'Ellen Tigh, la femme du colonel. Il semble que celle-ci, personnage étrange et pour le moins délurée, a été retrouvée inconsciente par un homme lors des attaques et l'a placé dans un vaisseau pour lui sauver la vie. Cependant, tout le monde, excepté le colonel, semble avoir des soupçons envers Ellen: est-elle Cylon ou non ?

Tom Zarek demande à ce que des élections pour élire le vice-président des 12 colonies soit faites. L'élection va être pour le moins tendue et l'équipage du Galactica, qui s'occupe de la sécurité durant les élections sur la flotte coloniale, craint des oppositions sanglantes entre les partisans et les opposants de Zarek.

La flotte coloniale découvre une planète sur laquelle on trouve des ruines d'une civilisation ancienne. Adama souhaite étudier la planète et s'installer pour toujours sur cette nouvelle planète habitable. Mais la présidente Roslin a une vision et pense que cette planète n'est autre que Kobol, le berceau de l'humanité, et qu'elle a un rôle à jouer si l'on suit les textes anciens.

L'équipage du Raptor 1 s'écrase sur Kobol. Baltar et Head Six vont alors une vision de leur futur. Quant à Starbuck, elle arrive sur Caprica et trouve la flèche d'Apollon mais un obstacle va se dresser devant elle. Après avoir découvert que la présidente Roslin a demandé à Starbuck d'aller sur Caprica, le commandant Adama démet Roslin de ses fonctions. Enfin, Boomer se voit confier une mission de grande importance visant à détruire le vaisseau mère cylon se trouvant à proximité de Kobol.