A frota é obrigada a fazer um salto Fasther Than Light a cada trinta e três minutos, pois os cylons sempre descobrem sua posição. A população civil começa a duvidar da liderança de Adama e Roslin. Quando uma das naves civis é tomada pelos cylons e usada como arma, através de ogivas nucleares que foram introduzidas no veículo, Lee Adama se vê obrigado a destruí-la sem saber se os tripulantes humanos ainda estão vivos. A situação lembra o avião supostamente abatido por pilotos de caça no atentado de 11 de setembro.

Sharon, inconscientemente, seguindo sua programação, destrói o depósito de água da Galactica. Esforços desesperados são feitos para achar reservas naturais em planetas. Em Caprica, Helo foge dos cylons com a ajuda da outra Sharon, sem saber que ela não é a Boomer de Galactica. Logo se percebe que a presença da cylon ginóide faz parte de um plano para envolver Helo.

Um acidente mata muitos pilotos, e Kara é incumbida de treinar civis para substituí-los, o que lhe traz lembranças dolorosas e a faz tomar decisões contestadas pelos seus superiores. Ela se culpa pela morte de Zak, o irmão de Lee, que ela aprovou no teste de piloto sem que ele tivesse capacidade. Ao treinar os calouros, ela arrisca a vida para salvá-los de um ataque cylon repentino e cai em um planeta, juntamente com o raider que abateu.

Kara está na superfície do planeta e Adama, assim como Lee, não mede esforços para resgatá-la, mesmo contra a vontade da Presidente. Em uma estratégia brilhante e desesperada, Kara aprende a pilotar o raider, que é em parte biológico, e retorna salva à Galactica. Em Caprica, Sharon desaparece após um ataque de centuriões.

A Galactica descobre Kobol. Laura insiste na sua visão mística e propõe que Starbuck vá à Caprica para trazer a Flecha de Apollo, com a qual será possível descobrir a localização da Terra se aquela for inserida em um templo de Kobol. Kara descobre que o comandante não sabe onde fica a Terra e parte em busca do artefato mitológico. Enquanto isso, uma missão de reconhecimento é atacada por cylons no planeta Kobol.

Adama prende Laura e seu filho Lee, que se colocou do lado dela. Em Caprica, Kara encontra a flecha e também Helo e Sharon, que confessa estar grávida. Em Kobol, a equipe sobrevive à queda do raptor e Baltar, induzido por Six, tem uma visão de si como protetor da "nova geração dos filhos de Deus". A programação de Boomer é ativada e ela dispara um tiro no peito de Adama.

O Coronel Tight assume a chefia da Galactica. A frota faz um pulo de emergência, mas como as coordenadas corretas não foram transmitidas, o resto da frota se separa. Boomer está presa.

A Galactica consegue reunir a frota, mas um ví­rus de computador Cylon invade suas máquinas. Os Cylons centuriões que conseguiram se infiltrar na Galactica pretendem despressurizá-la, matando todos os tripulantes. Somente Lee e um pequeno esquadrão de fuzileiros têm condições de evitar o desastre. Em Caprica, Starbuck e Helo invadem o velho apartamento dela.

Adama ainda está em cirurgia. O grupo em Kobol tenta encontrar uma saída para sua situação, complicada pela presença de Cylons em Kobol. De volta a Galactica, a presidente Roslin está sem sua medicação.