우주 산업계 대기업 베네리트 그룹이 경영하는 아스티카시아 고등 전문 학원. 수성에서 온 편입생 슬레타 머큐리는 학원에서 시작될 새로운 생활에 마음이 설렌다. 그런데 도착 직전, 슬레타는 우주를 떠다니는 형체 하나를 발견한다.

슬레타는 구엘과의 결투에서 승리하지만, 자신의 모빌슈트인 에어리얼에 금지된 마녀의 기술 건드 포맷이 사용됐다는 혐의를 받게 된다. 한편 미오리네는 아버지인 델링에 의해 퇴학 위기에 처한다.

슬레타는 강제로 재결투를 하게 된다. 에어리얼의 폐기와 미오리네의 퇴학을 막기 위해 두 사람은 힘을 합치지만, 결투 상대인 구엘 역시 절대 이 싸움에서 질 수 없다.

구엘은 슬레타에게 갑자기 프러포즈를 하고, 당황한 슬레타는 너무 놀란 나머지 그 자리에서 도망가 버린다. 구엘의 행동에 놀람을 감추지 못하는 학생들 속에서, 지구 기숙사 소속인 추추는 차가운 시선을 보내고 있었다.

엘란을 이용해 에어리얼의 비밀을 파헤치고자 하는 페일 테크놀로지스. 슬레타는 자신에게 상냥하게 대해 주는 엘란이 신경 쓰인다. 그러던 어느 날 엘란이 밖에서 만나자고 권유하는데.

엘란과의 결투를 승낙한 슬레타. 돌변한 엘란의 태도에 슬레타는 혼란스러운 마음을 숨기지 못한다. 결투 장소는 프론트 외 주역. 추진 유닛이 없는 에어리얼은 기체 강화가 불가피하다.

엘란과 연락이 닿지 않아 망연히 하루하루를 보내던 슬레타에게 베네리트 그룹의 인큐베이션 파티 초대장이 도착한다. 미오리네는 갈 필요 없다며 잘라 말하지만, 엘란과 다시 만나고 싶었던 슬레타는…….

급히 시작된 주식회사 건담 프로젝트. 사장이 된 미오리네는 지구 기숙사 멤버들을 사원으로 끌어들인다. 하지만 급조된 회사인 탓에 사업 내용이 정해지지 않았는데. 미오리네는 건담의 저주를 풀 계기를 위해 프로스페라를 찾는다.

샤디크의 계략으로 난항을 겪게 된 주식회사 건담. 미오리네는 회사의 운명을 걸고 샤디크에게 결투를 신청한다. 결투 조건은 6 대 6 단체전. 하지만 지구 기숙사에는 모빌슈트와 파일럿이 부족한데.

샤디크와의 대결로부터 2개월이 흐르고, 점차 궤도에 오르기 시작한 주식회사 건담. 사업과 학업을 병행하며, 슬레타는 충실한 나날을 보내고 있었다. 한편 미오리네는 바쁜 사장 업무에 매진하던 중 예상치 못하게 펑과 재회하는데.

수리 중인 에어리얼을 회수하기 위해 학원에서 출항한 지구 기숙사 일동. 목적지는 베네리트 그룹의 거대 개발 시설, 플랜트 쿠에타이다. 하지만 슬레타는 미오리네와 엇갈리는 마음에 대한 고민을 여전히 품고 있는데.

플랜트 쿠에타를 습격한 2기의 건담. 슬레타와 떨어져 버린 미오리네는 합류를 위해 시설 속을 달린다. 한편, 슬레타는 미오리네를 구하기 위해 앞으로 나아간다.

플랜트 쿠에타 습격 사건으로부터 2주일. 평온한 일상이 유지되는 듯 보이는 학원. 하지만 사건에 대한 함구령이 내려지며 지구 기숙사 멤버들은 숨 막히는 나날을 보내고 있었는데. 오픈 캠퍼스를 하루 앞두고 준비가 진행되던 중 슬레타의 앞에 두 명의 편입생이 나타난다.

떠들썩한 오픈 캠퍼스, 그 속에서 슬레타는 소피와의 결투를 통해 가지고 싶은 것을 깨닫는다. 한편, 일련의 사태에 책임을 느끼는 니카는... 각자의 생각과 계략이 휘몰아치는 가운데 배틀로얄 방식의 결투 이벤트인 럼블링의 막이 오른다.

플랜트 쿠에타 습격 사건의 범인인 포르드의 새벽은 베네리트 그룹 주둔 부대의 추격을 피해 아지트에서 철수해야만 하는 상황에 몰린다. 아지트에는 올컷의 포로로 잡힌 구엘의 모습이 보이는데. 아버지를 죽이고 깊은 절망에 빠진 구엘은…

오픈 캠퍼스에서 벌어진 사건으로 인해 학원 분위기가 어지럽다. 사건을 은폐한 것과 지구에서의 강압적인 치안 활동이 외부로 알려진 베네리트 그룹은 상황을 타개하기 위해 회장 선거를 결정하는데. 그러던 중 참고인 조사를 마친 미오리네는 오랜만에 학원으로 돌아간다.

프로스페라가 델링과의 악연을 밝힌 뒤, 미오리네는 슬레타의 해방을 조건으로 걸어 콰이어트 제로 계획을 이어받기로 한다. 미오리네의 열일곱 번째 생일을 앞두고 신랑을 결정하는 마지막 결투의 막이 오른다.

결투에 패배해 미오리네와 에어리얼을 모두 잃어버린 슬레타는 슬픔을 떨쳐 버리려는 듯 씩씩하게 학교생활을 한다.

프로스페라와의 약속대로 회장 선거를 대비하던 미오리네는 강력한 라이벌로 부상한 샤디크의 모습에 초조해지는데.

에어리얼과 함께 지구로 내려온 미오리네는 시위를 주도하는 어시언과 대화를 시도한다. 치열한 현지의 모습이 평화적 협상은 어려울 거라고 말해주는 듯한데... 한편, 지구 기숙사 학생들은 실의에 빠진 슬레타의 기운을 북돋아 주는 데에 실패한다.

새리우스 납치 주모자가 샤디크임을 알게 된 구엘. 아버지인 빔을 함정에 빠뜨린 샤디크에게 분노한 구엘은 증거를 잡기 위해 학원으로 급히 돌아간다. 한편 샤디크는 새리우스를 이송하며 구엘에게 반격할 준비를 갖추고 있었다.

콰이어트 제로를 기동한 프로스페라와 에리크트. 두 사람을 막기로 결심한 슬레타는 새로운 건담 캘리번에 탑승하기 위해 베네리트 본사 프론트로 향한다. 한편 미오리네는 자신의 선택이 일으킨 처참한 결과에 매몰되어 있었다.

캘리번을 타고 에리크트와 정면으로 마음을 부딪치는 슬레타. 구엘 또한 미오리네에게 증오를 불태우는 라우더와 대치한다. 난전 속에서 미오리네 일행을 태운 로켓은 콰이어트 제로로 향한다.

우주 의회 연합이 조사한 레이저 송전 시스템에 의해 심하게 손상된 에어리얼. 캘리번 탑승으로 인한 데이터 스톰 부하가 에어리얼을 구출하러 달려온 슬레타의 몸을 덮친다. 한편 정지된 콰이어트 제로에서 고도이에게 붙잡힌 미오리네 일행은 에어리얼과 유닛을 양도할 것을 강요받는다.