蘇萊塔·墨丘利順應母親的要求，離開水星來到阿斯提卡西亞高等專門學園，並就讀駕駛科。在前往學園的路途中，發現了一名身穿太空衣的人在太空中漂流，於是駕駛機動戰士前往營救，然而那個人其實不希望被救援……

蘇萊塔·墨丘利在決鬥中勝利後，並沒有開心的太久，因為她的 MS 已經因為被認為是被明文禁止使用的鋼彈而害她被盯上……

在決鬥中失去衛冕者資格的古爾在測試了新機體達里巴爾迪後，卻對在上面實裝的 AI 戰鬥系統感到不滿。不過他在父親的要求下，雖有不滿，但亦再次踏上決鬥場，和賭上自己學位和風靈 MS 的蘇萊塔再次決鬥。

在決鬥勝利之後，蘇萊塔正式展開校園生活，但由於沒有實習時需要的支援成員，蘇萊塔立刻就不及格了，而同樣不及格的還有身為地球人的雀丘利。

三巨頭之一的伊蘭，是為了駕駛 GUND 而進行強化的駕駛員。在罕有參與的對決勝利之後，伊蘭把蘇萊塔約了出來，但要求是蘇萊塔要把風靈駕駛出來……

伊蘭提出和蘇萊塔的決鬥之後，由於作為決鬥場地的前線外宙域對機動利較低的風靈不利，地球宿舍為了蘇萊塔的勝利展開對風靈的推進部件研發。而在實驗室中進行檢查的伊蘭，看見了從門外進來，另一個和伊蘭一模一樣的身影……

蘇萊塔結束和伊蘭（強化人 4 號）的決鬥之後，就再也沒有任何關於伊蘭在學校出現的消息了。

米奧琳涅和蘇萊塔在聊天時收到了創業育城派對的邀請函，米奧琳涅無意中談到三巨頭會在派對中出現的情報後，蘇萊為了找到伊蘭而希望參加……

米奧琳涅成功集資並建立鋼彈公司之後，把地球宿舍視作創業基地，展開對於 GUND-ARM 技術的營利手段和企業營運上的策劃。

地球宿舍的學生們對於創業計劃意見不一，而米奧琳涅和蘇萊塔則尋找蘇萊塔的母親詢問關於風靈的安全性問題，而蘇萊塔也因為母親隱瞞風靈是鋼彈的事實而提出疑問……

沙迪克透過更改校規阻止米奧琳涅的創業計劃之後，向米奧琳涅提出了企業讓渡方案，打算參與鋼彈事業。米奧琳涅當場拒絕，並使用決鬥方式爭取成立公司的機會。不過，決鬥規則是六對六的團體戰，而地球宿舍卻只有兩名駕駛員……

鋼彈公司正式成立之後，米奧琳涅便開始集中公務，而蘇萊塔也在鋼彈公司擔任測試員。而由於聖堂對鋼彈一改以往的態度，貝納里塔集團的高層們開始對戴林格的判斷感到不滿而展開行動……

蘇萊塔和地球宿舍起程前往奎達工廠取回風靈，而米奧琳涅對蘇萊塔的態度令蘇萊塔感到不安。同時，地球恐怖分子集團弗德黎明成功搶下前往工廠的工作船，並展開委託中對工廠，以及集團總裁戴林格的攻擊

恐怖分子弗德黎明對奎達工廠的恐怖襲擊正式開始， 米奧琳涅和蘇萊塔被逼分散。被沙迪克背叛的杰特克乘上 MS 機體出戰，其子古爾亦潛入了工作船的 MS 前往工廠。被盯上的戴格林遇見了米奧琳涅，於是開始避難。而蘇萊塔亦為了拯救米奧琳涅而前往風靈所在的機庫，而她的母親普洛斯佩拉也在靜靜等著她的到來……

自奎達工廠襲擊事件後經過兩個星期。學園看似維持著日常，然而針對該事件被下了封口令的地球宿舍成員卻被壓力壓得喘不過氣。大夥如火如荼地在準備隔天的開放校園活動，這時有兩位插班生出現在蘇萊塔面前...

在富麗的校園開放日舉行時，蘇菲向蘇萊塔宣告了透過決鬥想獲得的事物。與此同時，認為自己得為此事態負責的妮卡則是……。在各自的想法與計謀交錯之中，混戰式的決鬥活動——大亂鬥 開始了。

犯下奎達工廠襲擊事件的組織弗德黎明遭到貝納里特集團的駐留部隊追緝，決定立即從據點撤退。被奧爾柯特當作俘虜帶走的古爾，其實也遭囚禁在其中。在誤殺父親之後，古爾陷入了深沉的絕望中……

受到校園開放日發生的事件影響，學園陷入一陣混亂。

貝納里特集團隱瞞該事件，以及在地球強制行使治安活動的行為遭到外界報導，內部人員決定舉辦總裁選舉以改善現狀。

而在偵訊結束後，米奧琳涅回到了暌違一陣子的學園。

米奧琳涅得知普洛斯佩拉與戴林格之間的種種因緣後，下定決心以解放蘇萊塔作為交換條件，繼承寂靜零號的計畫。

米奧琳涅17歲的生日即將到來，決定她新郎人選的最後一場決鬥終於要揭開序幕。

蘇萊塔在打輸決鬥後同時失去了風靈與米奧琳涅。

但她努力試著將悲傷拋諸腦後，度過在學園的生活。

米奧琳涅為總裁選舉做著準備以遵守和普洛斯佩拉的約定，然而沙迪克的得勢卻讓她開始焦急。

古爾得知了綁架薩里烏斯的主謀是沙迪克。

對於曾經陷害父親維姆的沙迪克，古爾感到怒不可遏，更為了取得證據而急忙趕回學園。

另一方面，沙迪克一邊安排移送薩里烏斯的事宜，一邊準備迎擊古爾。

由於諾蕾雅的失控行為，阿斯提卡西亞高等專門學園因此受到重創。

倖存的學生們被迫過著等待分發救援物資的避難的生活。

此時蘇萊塔則是積極地投入學園的修復作業。

另一方面，從地球歸來的米奧琳涅受到了沉重的罪惡感所束縛。

普洛斯佩拉與艾莉克特啟動了寂靜零號。

下定決心阻止兩人的蘇萊塔為了搭乘新鋼彈異靈，

於是前往了貝納里特總公司的前線。

另一方面，米奧琳涅看到自己做出的選擇所引發的淒慘結果後深受打擊。

蘇萊塔駕駛異靈正面對抗艾莉克特，兩人的想法相異，因而產生衝突。

古爾則是與強烈憎恨著米奧琳涅的勞達對峙。

在這場混戰中，載著米奧琳涅等人的火箭也努力前往寂靜零號。

在宇宙議會聯合動用雷射輸電系統的攻擊下，風靈遭到了重創。

雖然蘇萊塔趕去救援，但搭乘異靈令她的身體承受了數據風暴造成的嚴重負荷。

另一方面，在停止運作的寂靜零號中，米奧琳涅一行人被戈多伊捉住，而且遭要脅必須交出風靈與零組件。