소행성에 건조된 프론트, 폴크강. 바나디스 기관의 연구소에서는 건담 르브리스의 시험 가동이 진행되고 있었다. 평의회가 제시한 조건을 통과하지 못하고 있는 르브리스로 인해 초조해하는 테스트 파일럿, 엘노라 사마야. 그날은 그녀의 딸이 4살을 맞이하는 생일이었다.

우주 산업계 대기업 베네리트 그룹이 경영하는 아스티카시아 고등 전문 학원. 수성에서 온 편입생 슬레타 머큐리는 학원에서 시작될 새로운 생활에 마음이 설렌다. 그런데 도착 직전, 슬레타는 우주를 떠다니는 형체 하나를 발견한다.

슬레타는 강제로 재결투를 하게 된다. 에어리얼의 폐기와 미오리네의 퇴학을 막기 위해 두 사람은 힘을 합치지만, 결투 상대인 구엘 역시 절대 이 싸움에서 질 수 없다.

샤디크의 계략으로 난항을 겪게 된 주식회사 건담. 미오리네는 회사의 운명을 걸고 샤디크에게 결투를 신청한다. 결투 조건은 6 대 6 단체전. 하지만 지구 기숙사에는 모빌슈트와 파일럿이 부족한데.

플랜트 쿠에타를 습격한 2기의 건담. 슬레타와 떨어져 버린 미오리네는 합류를 위해 시설 속을 달린다. 한편, 슬레타는 미오리네를 구하기 위해 앞으로 나아간다.

플랜트 쿠에타 습격 사건으로부터 2주일. 평온한 일상이 유지되는 듯 보이는 학원. 하지만 사건에 대한 함구령이 내려지며 지구 기숙사 멤버들은 숨 막히는 나날을 보내고 있었는데. 오픈 캠퍼스를 하루 앞두고 준비가 진행되던 중 슬레타의 앞에 두 명의 편입생이 나타난다.

프로스페라가 델링과의 악연을 밝힌 뒤, 미오리네는 슬레타의 해방을 조건으로 걸어 콰이어트 제로 계획을 이어받기로 한다. 미오리네의 열일곱 번째 생일을 앞두고 신랑을 결정하는 마지막 결투의 막이 오른다.

새리우스 납치 주모자가 샤디크임을 알게 된 구엘. 아버지인 빔을 함정에 빠뜨린 샤디크에게 분노한 구엘은 증거를 잡기 위해 학원으로 급히 돌아간다. 한편 샤디크는 새리우스를 이송하며 구엘에게 반격할 준비를 갖추고 있었다.

노레아의 폭주로 인해 붕괴된 아스티카시아 고등 전문 학원. 살아남은 학생들은 구호를 기다리며 피난 생활을 하고 있었다. 그런 와중에 슬레타는 학원 복구 작업에 적극적으로 나선다. 한편, 지구에서 귀환한 미오리네는 무거운 죄책감에 사로잡혀 있었다.

우주 의회 연합이 조사한 레이저 송전 시스템에 의해 심하게 손상된 에어리얼. 캘리번 탑승으로 인한 데이터 스톰 부하가 에어리얼을 구출하러 달려온 슬레타의 몸을 덮친다. 한편 정지된 콰이어트 제로에서 고도이에게 붙잡힌 미오리네 일행은 에어리얼과 유닛을 양도할 것을 강요받는다.