Usagi wil samoerai worden en trekt naar de stad Neo Edo, waar hij per ongeluk een schurk bevrijdt die al duizend jaar gevangenzit.

Usagi en zijn vrienden nemen het op tegen Kagehito, een spinachtige Yokai met meerdere armen, benen en ogen. Daarna moeten ze Heer Kogane tegen een aanval beschermen.

Usagi, Kitsune, Chizu en Gen gaan naar het cultuurcentrum. Daar ontmoeten ze een Yokai die van vorm kan veranderen en in verwaarloosde spullen woont.

Gen wordt in het ziekenhuis behandeld. Usagi en Kitsune belanden in een conflict tussen de Mogura en de Vleermuizen.

Karasu-Tengu is bereid om Usagi's sensei te worden als hij de drie stads-Yokai vangt. Vrouwe Fuwa lanceert een plan om over Neo Edo te heersen door de Ki-Steen te stelen.

Het Neko Ninja Team valt de tempel aan en dwingt Chizu een kant te kiezen. Gen gaat naar zijn bijbaantje en Usagi zoekt naar de tweede Yokai.

Usagi en Chizu zoeken de laatste stads-Yokai in de Verborgen Dojo. Daarna verandert Usagi van gedachten. Kagehito heeft het ontbrekende onderdeel bijna gevonden.

Usagi wordt herenigd met het team tijdens een gevecht tegen Vrouwe Fuwa en haar ninja's. Kagehito voert een woeste aanval uit om de Loper aan de Ki-Steen te bevestigen.

De Ki-Steen probeert de poort te sluiten voor mogelijke buitenaardse indringers, maar er ontbreekt een belangrijk stukje. Kunnen Usagi en het team het op tijd vinden?