사무라이가 되고 싶은 우사기. '니오에도'라는 도시로 향한다. 그곳에서 천 년 동안 감옥에 갇혀 있던 악당을 의도치 않게 풀어주고 만다.

팔, 다리, 눈알이 여러 개 달린 거미의 모습을 한 요괴 카게히토와 싸우는 우사기와 친구들. 요괴의 공격으로부터 코가네 님을 보호해야 한다.

우사기, 키츠네, 치주, 겐이 문화박물관에 간다. 오랫동안 버려진 물건에 사는 요괴와 어떤 모습으로든 변신하는 요괴를 만나게 되는데.

겐은 치료를 받으러 병원에 가고, 우사기와 키츠네는 모구라와 박쥐 비행대 사이에서 벌어진 싸움에 휘말린다.

고양이 닌자단이 신전을 습격한다. 치주는 어느 편에 서야 할지 갈등하는데. 한편, 겐은 알바를 하러 가고 우사기는 두 번째 요괴를 찾으러 나선다.

우사기는 마지막 도시 요괴를 잡으러 치주와 함께 비밀의 도장에 간다. 하지만 결국 마음을 바꾸고. 카게히토는 찾아 헤매던 물건에 가까이 다가간다.

겐, 토시코, 치주, 키츠네에게 카게히토의 계획을 몰래 알려주는 치카부마. 마침내 우사기를 인정한 카라스텐구는 우사기의 수련을 시작하기로 한다.

후와 대장과 닌자들에게 맞서 싸우던 친구들은 우사기와 다시 만나게 되고, 카게히토는 기운석에 열쇠를 붙이기 위해 맹렬한 공격을 퍼붓는다.

외계의 침략자가 들어오지 못하도록 입구를 닫으려 애쓰는 기운석. 하지만 중요한 조각 하나가 없다. 우사기와 친구들은 사라진 조각을 제때 찾을 수 있을까?