Nadat Bruce Wayne is vermoord, gaat zijn geadopteerde zoon een onwaarschijnlijke alliantie aan met de kinderen van Batmans vijanden wanneer ze allemaal worden beschuldigd van het doden van de Caped Crusader.

In een poging hun namen te zuiveren, gaan Turner, Duela, Cullen, Harper en Carrie terug naar de plaats delict op zoek naar de dagboeken van Bruce Wayne. Ondertussen, terwijl Harvey zich in het onderzoek verdiept, begint hij zich af te vragen of Turner toch onschuldig is. Ten slotte wordt Stephanie binnengebracht voor ondervraging nadat de GCPD vermoedt dat ze Turner mogelijk helpt.

Nadat hun leider door Carrie is neergehaald, neemt de Mutant Gang wraak op Gotham door gijzelaars te nemen op het jaarlijkse Founder's Gala, waardoor Turner, Duela en Harper gedwongen worden uit hun schuilplaats te komen om de mensen van Gotham te redden. Elders infiltreert Cullen de GCPD nadat het team een ​​mogelijk verband heeft ontdekt tussen de Court of Owls en de dood van een ander Wayne-familielid. Ten slotte neemt Harvey een belangrijke beslissing over zijn toekomst.

Een plan om de Court of Owls neer te halen, leidt Turner en het team naar een beruchte gangstersfamilie, de McKillens. Ondertussen bereiden Carrie en Stephanie zich voor op de ouderslunch van Gotham Academy en zoekt Harvey hulp bij een psychiater.

Terwijl Joe Chill op het punt staat te worden geëxecuteerd voor de moord op de ouders van Bruce Wayne, wendt hij zich tot Harvey met een laatste verzoek: een gesprek met Turner. Ondertussen zoekt Stephanie hulp bij haar vader Arthur Brown wanneer ze problemen heeft met het kraken van een code, en Carrie wordt gedwongen om te helpen in het ziekenhuis nadat haar geheime leven van waakzaamheid haar met haar moeder in de problemen heeft gebracht.

Na een reeks kunstovervallen in Gotham richten Turner en de ridders hun aandacht op een mogelijke connectie met het Court of Owls. Ondertussen zoeken Duela en Carrie naar antwoorden over The Talon van Eunice, en Rebecca wendt zich tot Harvey voor hulp nadat ze vreesde dat haar leven in gevaar is.

Een reeks cryptische aanwijzingen leidt Turner en Duela naar een van de geheime bijeenkomsten van The Court. Ondertussen ontdekt Stephanie dat de verslaving van haar moeder erger is dan ze dacht en wendt ze zich tot haar vader Arthur voor hulp. Uiteindelijk leidt een tijdsverloop Harvey tot een verrassende ontdekking.

Nadat een van hen gevangen is genomen door het Uilenhof, beginnen de Ridders een race tegen de klok. Stephanie en Harper werken samen om een ​​cruciaal stuk materiaal te vinden dat hun teamlid zou kunnen redden. Elders onderneemt Harvey stappen om zichzelf te beschermen, maar zijn ergste angst wordt bevestigd.

Nu een van hen in de problemen zit, probeert het team een ​​oplossing te vinden voordat het te laat is. Elders onderneemt Harvey een riskante gok om de antwoorden te krijgen die hij zoekt. Ten slotte wendt Brody zich tot Stephanie nadat hij wat informatie tegenkomt over zijn vader Lincoln.

Duela's verjaardagsreünie met haar moeder, Jane Doe, brengt schokkende informatie aan het licht die haar onherroepelijk zal veranderen. Ondertussen wordt Stephanie gedwongen te kiezen tussen haar familie en de ridders, waardoor ze op gespannen voet komt te staan ​​met Harper. Uiteindelijk komt Harvey op ramkoers met iemand uit zijn verleden.

Het team komt in actie na het ontdekken van het bestaan ​​van bewijs dat hun namen zou kunnen zuiveren. Harvey volgt een aanwijzing die hem zou kunnen helpen om erachter te komen wat er gebeurde op de avond dat Bruce Wayne werd vermoord. Na hereniging met haar moeder begint Duela te twijfelen.

Geconfronteerd met hun gevaarlijkste redding tot nu toe, realiseren de Gotham Knights zich dat elkaar vertrouwen de enige manier is om zichzelf en de stad Gotham te redden. Ondertussen staat Harvey voor een onmogelijke beslissing die verwoestende gevolgen kan hebben.