En Suède, au sud de la Scanie, Holger Nilsson et sa femme sont très préoccupés par leur fils Nils qui ne pense qu'à s'amuser au dépend d'autrui et ce, que ce soit avec des gens ou des animaux. Lorsque sonne la cloche du village, celui-ci refuse d’accompagner ses parents à l’église. Alors en guise de punition, il est sommé de lire seul à la maison le sermon du jour. Mais celui-ci est long et Nils s’endort en plein milieu de sa lecture. Soudain, un son étrange le réveille. Le jeune garçon, apercevant un lutin, décide de le capturer. Pour se venger de cette humiliation, le tomte lui jette un sort…

Nils se rend compte qu’il n’est pas si facile d’avoir la même taille qu’un lutin. Tous les animaux qui étaient avant plus petits que lui, sont désormais plus grands et plus forts. Or le jeune garçon par son comportement agressif s’est fait beaucoup d’ennemis parmi eux. A la recherche du lutin, Nils et son hamster, Quenotte, se retrouvent un peu par hasard à suivre le vol des oies sauvages en voyageant sur le dos de Martin, le jars domestique…

Nils, Quenotte et Martin suivent les oies sauvages. Martin est déterminé à se rendre à Laponie mais Akka de Kebnekaïse, la chef de file ne sait pas encore si elle doit les accepter parmi le troupeau. La nuit venue, tout le monde récupère de sa journée et personne ne prête attention au renard qui rode. En portant secours, au péril de sa vie, à une belle oie que Smirre emporte dans ses crocs, Nils gagne pour lui et ses amis le droit de faire partie du cortège…

Le réveil est dur pour Martin mais en suivant les conseils d'une de ses congénères, il fait un peu d'exercice et peut reprendre la route. Aux abords d'une ferme, Quenotte entend un appel au secours. Se rendant sur place pour en savoir plus, Nils et son hamster découvrent qu'il s'agit d'une jeune maman écureuil qui a été capturé et enfermé dans une cage. Celle-ci s'inquiète pour ses bébés qui sont seuls dans le nid. Nils décide de partir à leur recherche…

Akka de Kebnekaïse annonce au groupe que le voyage vers la Laponie va bientôt commencer et que tout le monde doit se préparer. Nils et Quenotte qui se lassent de manger du poisson, décident d'aller chercher une nourriture plus variée dans une ferme voisine. Mais ils se font repérer par deux enfants qui cherchent alors à les attraper. Venant à leur secours, le jars Martin se fait capturer mais ses deux amis sont prêts à tout pour lui éviter de finir à la casserole…

Akka de Kebnekaïse doit désormais prendre la décision de donner le signal du départ pour la Laponie. Mais avant, elle veut s’assurer que ses oies sont toutes suffisamment solides et reposées pour entreprendre ce long voyage. Elle organise donc un championnat de sprint, de figures aériennes et d’endurance. A cette occasion, le jars blanc Martin s’illustre bien plus par son courage que par ses performances…

Amené contre sa volonté près du troupeau d'oies par la cigogne Emilia, le lutin explique à Akka comment Nils peut redevenir un homme de taille normale. Lorsqu'il comprend que le lutin ne veut pas annuler son sort, Nils est désespéré. Mais il reprend espoir en entendant deux pics-verts dire qu'une solution est envisageable si Martin revient sain et sauf de la Laponie. Ravigoté par cette nouvelle, Nils rejoint le troupeau. La halte suivante les amène au château de Glimmingehus où se livre un conflit entre les rats noirs et les rats gris…

C’est le festival du printemps, le jour où aucun animal n’a le droit de blesser ses semblables. Tous les animaux se réunissent sur la montagne Kullaberg, dansent, montrent leurs talents et s’amusent. Tous sauf un. Smirre qui n’a rien mangé depuis des jours et dont l'estomac le travaille douloureusement. Oubliant le règlement du festival de printemps, il horrifie les autres animaux en s’attaquant à Neljâ...

La tempête sévit et les oies sauvages doivent interrompre leur vol. Affamés, Nils et Quenotte partent à la découverte du village voisin. Poursuivis par des enfants, ils se cachent dans le panier d’un vélo puis saisissent une opportunité pour se glisser dans une maison et remplir leur estomac. Repus, ils poursuivent leur exploration en visitant la chambre d’enfant où Nils se met à dessiner le portrait de son hamster…

Ayant quitté la Scanie, les oies poursuivent leur route en suivant le chemin de Blekinge. La nuit venue, le groupe fait escale sur un recoin des falaises abruptes de la rivière Ronneby. Akka demande à Nils de monter la garde mais la fatigue se fait rapidement ressentir pour tous. Heureusement, le refuge est des plus escarpé. Après un assaut infructueux, le renard Smirre s'associe avec la martre et la loutre. Mais leurs agilités à escalader et à nager suffiront-elles à déloger les oies?...

Les oies passent la nuit sur le toit de l’église de Karlskrona. Pendant qu’elles dorment, Nils qui a souvent entendu son grand-père marin parler du port de Karlskrona, décide d'aller explorer la ville. Quenotte, bien que réticent, le suit dans cette aventure. Au centre d'une place, sur un piédestal, nos deux amis découvrent une statue de fer dont ils se moquent. C'est alors que celle-ci s'anime et se met à les poursuivre à travers les rues de la ville…

Sur les conseils d'une oie grise, la troupe d'oies sauvages menée par Akka prend la direction de l'île Oeland pour faire escale et profiter de la nourriture abondante. Mais Martin ne tarde pas à se comporter de façon vraiment étrange et à disparaître à tout bout de champ. Charger de le retrouver Nils ne tarde pas à comprendre le fin mot de l’histoire: une très belle oie sauvage à l’aile brisée est échouée sur le toit d'un moulin à vent et Martin lui apporte à manger. Le jeune garçon essaye de soigner l’aile de la malheureuse...

Le mauvais temps contraint la troupe d'oies sauvages à se poser en pleine mer. Mais la présence de phoques les met en danger et Akka les fait repartir. Elle conduit son cortège à l'abri d'une grotte de l'ile de Karl. Alors qu’elle pense que tout le monde y sera en sécurité, elle apprend par un mouton que le lieu est visité chaque nuit par des renards. Akka et Nils décident d’aider les moutons en les persuadant qu’ils peuvent se défendre contre ces assaillants…

Lors d’une nuit particulièrement claire, la cigogne Emilia persuade Nils et Quenotte de l'accompagner pour une petite escapade secrète. Arrivés sur les côtes allemandes, Emilia part se reposer pendant que nos amis explorent la plage. Nils trouve une vieille pièce de monnaie mais au vue de sa taille, il la laisse sur place. Soudain, comme surgie de nulle part, une ville émerge des flots. Tous les habitants veulent vendre quelque chose à Nils mais celui-ci décline leurs offres. Il finit néanmoins par se laisser tenter par une paire de sabots de bois…

Akka et sa troupe se posent sur un point d'eau de Sunnerbo, un canton situé au sud-ouest du Smâland. Alors que Nils et Quenotte sont à la recherche de nourriture, ils sont attaqués puis enlevés par les corneilles. Celles-ci dirigées par La Rafale ont conclut un accord avec le renard Smirre et souhaitent que le jeune garçon hôte le couvercle d'une jarre pleine de pièces d'or. Seul Plume-Blanche, descendant d’une lignée de grand meneur de corneilles et souvent soumis aux railleries de ses congénères, se soucie du devenir de Nils et lui apporte son soutien…

Tandis que Plume-Blanche conduit discrètement Nils dans une cabane à l'abri de Smirre, les corneilles après s'être amusées aux dépends des animaux d'une ferme sont de retour dans leurs nids pleins de pièces d'or. Smirre, tenace, réclame sa récompense à La Rafale mais lorsque celui-ci admet ne pas savoir où se trouve le jeune garçon, il devient fou de rage. Il attrape alors La Bourrasque, compagne de La Rafale et l’enferme dans la jarre…

Kolme et Kaksi s'impatientent du retard de Martin et de Petite-Plume partis chercher Nils et Quenotte. Finalement, le groupe se reforme et prend la direction du lac Täkern, un lieu de prédilection pour les oiseaux migrateurs. Mais une dispute éclate dans le cortège lorsqu’une des oies accuse Nils d’être homme et donc, d'être responsable de l'assèchement du lac en vue d'en faire une terre cultivable. Furieux, Nils part avec Quenotte et suite à quelques péripéties, il fait la connaissance du canard Jarro...

Alors que Jarro retourne près de la ferme pour rendre visite à ses amis, le jeune Petit-Pierre et le chien César, Nils surprend une conversation entre deux fermiers. Il apprend ainsi que c'est le lendemain que sera prise la décision d’assécher ou non le lac. Tandis qu'il rapporte le fait à Akka, une dispute éclate à nouveau au sein du groupe. Pendant ce temps-là, Jarro est désespéré car le jeune Petit-Pierre est monté dans une barque percée et que celle-ci, portée par le courant, menace de couler…

Après avoir sillonnées un ciel plein de fumées crasseuses, les oies sauvages font une halte nettoyage. Affamés, Nils et Quenotte décident de partir en quête de nourriture. En chemin, ils croisent une mère élan qui a perdu la trace de son petit Poil-Gris, depuis que celui-ci fut pris en chasse par un chien. Quenotte est persuadé que le jeune élan est l'animal qu'il a vu prisonnier lors du survol d'un manoir et son intuition s’avère juste. Mais Poil-Gris trouve sa situation confortable et ne souhaite pas s'échapper…

La mère de Poil-Gris essaye de lui apprendre à nager mais il a peur. Et écrase un serpent en s'enfuyant, dont la compagne, Sans Défense, voudra se venger, une fois que Poil-Gris aura vaincu sa peur de l'eau grâce à Nils.

Les oies sauvages survolent le territoire de la sorcière du temps. Nils, qui ne tient pas compte des conseils de ses compagnons, l'interpelle et celle-ci déclenche aussitôt une tempête effroyable qui force les oies à se poser en catastrophe. Pendant ce temps, Asa la gardeuse d'oies et le petit Mats traversent un lac gelé. Mais la glace commence à se rompre et les enfants se retrouvent bientôt en danger. Nils décide de les aider mais les oies fâchées par son attitude ne se laissent pas convaincre. Heureusement, Akka est là…

Au cours du voyage, une forte rafale de vent fait tomber Nils du dos de Martin. Yksi plonge à sa poursuite mais il ne parvient pas à le rattraper et perd sa trace. Heureusement, le jeune garçon atterrit dans un bois dont le feuillage épais freine sa chute et lui permet de toucher terre sans dommage. Découvert par deux oursons, Nils se retrouve à son grand désarrois transformé en jouet. Pendant ce temps, malgré la présence de Smirre, les oies le recherchent activement…

Se sortant à grande peine des inondations provoquées par le débordement du lac Mälar, Smirre rencontre Gélose, l'ambassadrice pigeonne à qui il confie un message pour Akka. "Lumière du Jour, le roi des cygnes, aurait besoin des conseils de Nils Holgersson pour sauver de l'inondation les œufs des cygnes". Ce message étonne tout le monde car les oies et les cygnes ne sont pas en très bon terme. Mais Akka décide, tout de même, de rejoindre la baie de Hjesta où résident les cygnes…

Le matin est proche mais ce n'est pas le soleil qui réveille Akka mais la cigogne Emilia qui arrive avec le lutin. Celui-ci lèvera t-il la punition qu'il a affligé à Nils? Ce dernier dont l'estomac crie famine est d'ailleurs réveillé peu après par Martin. En quête de nourriture, Nils et Quenotte croisent une fois de plus le chemin de Smirre. Ils trouvent refuge dans une ferme auprès d'un chien de garde. Mais celui-ci étant attaché, Smirre se sent tout puissant et n'hésite pas à le narguer. Du haut d'un arbre, le lutin et Emilia observent la scène…

L’escadrille des oies sauvages survole Uppsala. Ayant quartiers libres, Nils, Quenotte et l’avide Kolme vont faire un tour en ville où ils ont vu un étudiant nourrir les oiseaux depuis sa fenêtre. Mais la chambre est désormais vide. Apercevant de délicieuse bouchées de pain sur la table, Nils et Quenotte comptent bien en profiter. Tellement accaparés par leur repas, ils ne font pas attention au retour de l'étudiant. Heureusement, celui-ci est très amical. C'est alors qu'un de ses amis lui apporte un manuscrit…

Un orage oblige un homme qui conduit ses vaches et un vieux cheval au marché, à chercher abri dans une ferme. Mais le jeune et gentil fermier d’antan étant désormais devenu un homme sans cœur, l'accueil n'est pas des plus agréable et les animaux doivent rester dans le froid. Ayant aperçu le groupe d'oies d'Akka, le cheval part chercher Nils afin que celui-ci leur porte assistance. La situation atteint son comble quand le fermier expulse deux orphelines que sa gentille mère avait invité à manger…

Dans l'ancien atelier minier Fallun, le corbeau Bataki a eu des ennuis. Il est emprisonné dans une hutte de soufre. Les oiseaux appellent Nils à l'aide. Avec beaucoup d'efforts, il essaie de faire tomber une pierre du mur. Pour que Nils ne se fatigue pas trop, Bataki lui raconte l'histoire des deux filles géantes qui gardaient il y a longtemps une précieuse montagne de cuivre dans cette région. Ceux qui s'approchaient de la montagne devaient craindre pour leur vie...

Foire dans un grand village ! Nils doit être là. Il se mêle soigneusement aux gens qui regardent la compétition des maréchaux-ferrants avec Crumbs. Tandis que les gens encouragent la forge à travailler plus vite, Nils entend les chevaux se lamenter. Le forgeron le plus rapide n'est pas le meilleur pour eux, mais celui qui les manipule avec soin. Mais il n'a aucune chance...

Lors de leur vol vers la Laponie, les oies sauvages se rendent chez la jolie oie cendrée, Dockenfein. Elle a hâte de rendre visite à sa famille car elle veut présenter son fiancé, le jars blanc Martin, aux parents. Mais l'accueil n'est pas très sympathique. Les sœurs insidieuses cherchent la vie de Martin et les parents sont horrifiés par la grosse oie domestique. Ce n'est que lorsque Martin ose courageusement combattre un aigle qu'ils changent d'avis...

Nils aurait dû changer ? Je ne pense pas ! clame le lutin en colère. Ermenrich la cigogne l'avait volé aux oies sauvages contre son gré. Mais quoi que fasse Nils, il ne fait que confirmer la mauvaise opinion du diablotin, qui ne retirera pas son sort. Smirre est de retour aussi. Lorsque le renard gourmand pense pouvoir enfin attraper Nils, il se retrouve soudain à la chaîne...

Aider! Nils et Krümel sont tombés à la mer ! Venant d'échapper de peu à un pêcheur, les oies sauvages sont désemparées. Comment sont-ils censés aider Nils ? Le pêcheur gourmand vend sa merveilleuse prise à Clément, le violoniste de rue, à Stockholm. Les gens se rassemblent pendant que Clément joue et annonce la grande attraction : Nils, le petit humain qui danse...

Nils et Krümel suivent les oies sauvages jusqu'en Laponie sur le dos de Gorgo. C'est le printemps, le temps pour les fermiers de conduire leur bétail dans les prairies de montagne. Il y a un concours d'histoire la veille du grand ascenseur. Nils découvre Clément, le violoniste de Stockholm. Son histoire remportera-t-elle le premier prix ? Ou l'histoire étrange d'un événement qui se serait produit le soir du Nouvel An des animaux. A minuit, quand l'esprit de la forêt s'abat sur les animaux domestiques...

Nils a faim. Il demande à Gorgo de le déposer près des humains pour qu'il puisse manger quelque chose. Mais Nils n'a pas beaucoup de chance. Un mouton lui offre de l'herbe grasse et verte, ce que Nils refuse poliment. Quand il entre enfin dans un garde-manger, il ne peut pas décider quoi manger en premier. Avant qu'il ne puisse atteindre la saucisse, Smirre se met en travers de son chemin. A moitié mort de faim, il reçoit enfin une miche de pain des mains d'une fermière sympathique...

Nils et Krümel volent de plus en plus au nord sur le dos de Gorgo. En chemin, ils rencontrent des agriculteurs qui célèbrent la veille de la collecte de bétail avec un concours d'histoires. Un agriculteur raconte le réveillon du Nouvel An lorsque les animaux doivent se rassembler en hauteur dans la forêt. Les animaux de compagnie en particulier craignent le terrible jugement que l'esprit de la forêt prononcera sur eux cette nuit-là...

Lors d'un repos en forêt, Krümel rencontre une famille de loirs. Il se lie rapidement d'amitié, notamment avec Max, le garçon souris. Nils dort maintenant dans un arbre. Il ne remarque pas l'agitation des animaux qui commencent à fuir un incendie dans la forêt. Les lapins qui sautent sont également plus importants pour Smirre que sa propre fourrure. Le feu de forêt se propage rapidement. Où y a-t-il des issues de secours pour les animaux ? Et Max, le garçon souris, n'est-il pas perdu depuis longtemps ? Nils et Gorgo tentent une dangereuse opération de sauvetage...

Nils, Krümel et Gorgo se retrouvent au milieu d'un rassemblement d'oiseaux excité. Quel paysage est le meilleur? La mouette a découvert une côte où il y a une belle plage de sable avec des coquillages et des escargots et une mer poissonneuse. Mais où sont les arbres ? demandent les mésanges. L'alouette, le tétras des bois, le hibou, le bruant des neiges et tous les autres oiseaux ne peuvent s'entendre. Il y a une forte dispute. Personne ne remarque que Smirre claque soudainement des miettes. C'est presque arrivé au meilleur ami de Nils. Mais il y a une taupe sur le chemin...

Le soleil demande de l'aide à Nils et à tous les animaux et plantes. Elle veut chasser l'hiver de la Laponie, mais elle doit d'abord vaincre le grand Pétrificateur. Réussira-t-elle ?

Enfin arrivés en Laponie, Nils, Krümel et Gorgo retrouvent les oies sauvages. Mais les deux enfants voisins, Asa et Klein-Maats, ont également fait le long voyage vers le nord. Ils sont à la recherche de leur père, qui les a quittés après la mort de leur mère. Nils retrouve les enfants désespérés qui ne savent plus quoi faire. Il l'emmène chez les Lapons dans un village de tentes. Là, croit-il, il a vu son père. Ou était-ce une erreur ?

Printemps en Laponie ! Les oies sauvages se sont accouplées et s'affairent à construire leurs nids. Lasse et Gustar sont tombés amoureux de Siri. Mais alors que Gustar est persuadé que Siri le choisira, le maladroit Lasse ne croit pas en sa chance. Dans son chagrin, il veut quitter la compagnie d'Akka. Puis les autres le ramènent. Siri doit enfin prendre une décision...

Les oies sauvages sont folles de joie : les premiers oisons sortent des œufs. Il reste un dernier œuf dans le nid de Martin et Downenfein. Lorsque la coquille s'ouvre enfin, Nils est le premier à voir le petit. Il pense que Nils est sa mère et le suit partout. Il y a de l'excitation lorsque le renard Smirre attrape le poussin et l'emmène dans une grotte. Mais avec une astuce, Nils et Krümel parviennent à sauver l'insolent petit enfant d'oie...

Les oies sauvages sont très occupées à élever leurs petits. En voyageant dans la région, Nils et Krümel rencontrent un jeune castor qui se plaint amèrement de ses parents. Jour et nuit, ils construisent un grand barrage avec les autres castors, mais n'ont pas le temps de jouer avec. Nils persuade les parents castors d'arrêter de travailler. Il y a une tempête qui arrive. Le barrage encore inachevé tiendra-t-il...?

Avez-vous déjà entendu parler du Finn Malin ?, demande le corbeau à Bataki. Il amène Nils et Krümel à la vieille femme qui vit dans une hutte isolée avec ses animaux. Les habitants de la région prétendent qu'elle est de connivence avec le diable. La vieille femme s'inquiète pour les animaux du village, qui ne sont pas bien entretenus par les gens. Si seulement elle pouvait comprendre le langage des animaux ! Nils peut aider ici. Un marchand emmène Nils et Finn-Malin sur sa charrette, mais avant qu'ils n'arrivent au village, une meute de loups affamés apparaît...

C'est une nuit de pleine lune brillante et les oies se reposent dans une zone censée être hantée par des esprits et des fantômes. Il y a aussi un vieux château dans un jardin envahi par la végétation. Les choses ne vont pas bien là-bas, prévient Akka. Mais Nils est curieux. A minuit, la porte s'ouvre sur le jardin, qui est soudainement en pleine floraison. Krümel soupçonne quelque chose de mauvais lorsque le monsieur effrayant demande à Karl Nils de prendre sa pelle pendant un moment...

Nils et Krümel rencontrent un groupe d'enfants qui gardent des chèvres dans les prairies de montagne. Lorsqu'un des animaux s'éloigne du troupeau, les enfants doivent le retrouver. Ils laissent le petit Olav attendre leur retour. Mais Olav court après un papillon coloré. Nils est tout juste capable d'empêcher l'enfant de tomber dans un gouffre. Il a vraiment du mal avec le petit. Une belle opportunité, estime Fuchs Smirre, pour enfin rattraper Nils...

Depuis que les essaims de harengs ont cessé d'arriver, le village de pêcheurs sur le fjord est dans le besoin. La plupart des hommes ont vendu leurs bateaux et sont allés en ville. Le père de Sonja ne connaît pas non plus d'autre moyen. La fille va une dernière fois au bord de la mer. Ici, Sonja rencontre Nils, qui peut lui dire pourquoi les harengs restent à l'écart. C'est la revanche des mouettes dont les œufs ont été volés par les humains. Sonja promet que quelque chose comme ça ne se reproduira plus jamais. Mais les gens tiendront-ils la promesse ?

Il fait froid et il pleut, Nils et Krümel cherchent refuge sur une tour de guet. Là-haut, ils entendent une histoire incroyable qui se serait produite dans cette région. Des géants vivaient autrefois ici qui étaient censés défricher la terre. Asa Thor est venu vers eux pour voir ce qui était juste. Mais ce qu'il a trouvé n'était rien d'autre qu'un désert et un désert. Ensuite, le dieu et le guerrier se sont mis en colère, mais la femme géante rusée a essayé de tromper Asa Thor avec ruse et magie. Sans le vouloir, il a créé l'un des plus beaux paysages de Suède...

Smirre le renard suit toujours les oies sauvages. Bien qu'il ait faim, il ne veut attraper personne d'autre que Nils, qui lui a joué des tours tant de fois. Il a failli attraper le garçon dans une forêt dense lorsqu'une jolie renarde est apparue. Smirre, complètement confus, lâche Nils. Ce que personne ne croyait : le vieux renard Smirre manifeste soudain des sentiments...

Les oies sauvages se rapprochent de plus en plus de la maison des parents de Nils lors de leur vol vers le sud. Il espère retrouver bientôt sa taille humaine. Pendant qu'Akka et son équipage se reposent, Nils se retrouve en grand danger dans une vieille grange. Martin parvient à le sauver à la dernière minute. Nils apprend alors la condition qu'il doit remplir pour redevenir humain. Nils est désespéré par la parole du gnome...

Nils ne peut retrouver sa taille humaine que s'il ramène le jars blanc Martin à la maison pour le Martin's Day. C'est le dicton de l'elfe. Nils sait quel destin menace son meilleur ami, il ne veut pas qu'il lui arrive de mal. En même temps, il n'aspire à rien de plus que de grandir à nouveau en tant qu'humain et de pouvoir retourner chez ses parents. Akka veut réconforter Nils désespéré et le conduit vers un trésor secret...

Nils n'a pas le cœur de ramener son ami Martin à la maison pour le Martin's Day afin que le jars blanc soit abattu. Aussi difficile que cela soit pour lui, il veut rester avec le troupeau d'Akka et ne pas retourner chez ses parents. Il ne veut pas leur causer le chagrin que leur fils soit devenu un petit misérable. Akka ramène Nils à la ferme de ses parents. Tous les animaux de compagnie ne veulent pas croire que le garçon a changé pendant le voyage avec les oies sauvages...

Nils, qui a décidé de rester avec les oies sauvages pour ne pas mettre en danger son ami Martin, fait secrètement ses adieux à la ferme de ses parents. Le garçon est très effrayé quand soudain Martin et sa famille atterrissent devant la maison. Il doit regarder les parents enfermer Daunefine et leurs enfants, tandis que le père attrape le jars blanc pour le massacrer. Dans sa peur pour son ami, Nils oublie qu'il est si petit et se montre à ses parents. L'elfe attendait ce moment...