Nach acht Wochen Sommerseminar an der Juilliard School wird der heimgekehrte Ephram von seinem Vater überrascht, der die Garage zu einem Musikstudio umgebaut hat. Doch Ephram kann sich nicht richtig darüber freuen, und auch Amy gegenüber verhält er sich merkwürdig. Am Abend erfährt Amy, warum: Die Juilliard School hat ihm mitgeteilt, dass seine Leistungen nicht ausreichend waren, um dort als regulärer Student aufgenommen zu werden. Während Harold und Andy sich über die Einrichtung der gemeinsamen Praxis in die Haare bekommen, taucht der aus Everwood stammende Jake Hartman auf. Er berichtet, wie sehr sein Vater von Harolds Vater geschwärmt hatte und wickelt Harold dadurch so ein, dass dieser dem vermeintlichen Sportartikelverkäufer seine alte Praxis vermietet. Harolds Entsetzen ist groß, als er feststellen muss, dass Hartman ihn hereingelegt hat: Er ist ebenfalls Arzt und eröffnet in Harolds alten Räumen eine neue Praxis.

Andy spürt, dass sein Sohn ihm aus dem Weg geht, traut sich aber nicht, ihn darauf anzusprechen, weil er befürchtet, dass Ephram von Madisons Schwangerschaft erfahren hat. Ephram geht unterdessen Amy aus dem Weg, um sein Übungspensum durchhalten zu können. Er erkennt jedoch schon bald, dass er und Amy zusammen gehören und streicht seine Übungsstunden radikal ein. Da ist es allerdings bereits zu spät: Amy hat ihren Stundenplan so umgestellt, dass er ihre komplette Freizeit in Anspruch nimmt. Bright spricht sich mit seiner Mutter aus und gesteht ihr, dass er nicht mehr weiß, welche Ziele er verfolgen soll. Gerührt über seine Offenheit verspricht Rose ihm daraufhin Hilfe und will mit ihm gemeinsam einen Schlachtplan erstellen. Als sie Bright am Abend bei einer wilden Party mit seinen Freunden erwischt, ist sie jedoch so enttäuscht, dass sie ihm jede weitere Unterstützung verweigert. Unterdessen geht Dr. Jake Hartman offensiv vor, um neue Patienten zu gewinnen. Er organisiert Power-Walking-Treffs und predigt Krankheitsvorbeugung. Harold und Andy sehen ihre Praxis bedroht, doch wie sollen sie sich gegen den Konkurrenten durchsetzen?

Ephram kümmert sich wie versprochen um Hannah, die Tochter von Ninas Freundin. Amy denkt sich nichts dabei, doch ihre Freundinnen reden ihr schon bald ein, dass Hannah ihr Ephram ausspannen will. Um einer möglichen Annährung von beiden entgegen zu wirken, beschließt sie, ein Date für Hannah zu organisieren. Da sich aber niemand für das Mauerblümchen interessiert, muss nun Bright herhalten. Bei der Behandlung des 12-jährigen David entdeckt Andy Zeichen der körperlichen Misshandlung. Harold will den Fall bei den Behörden melden, doch Andy will zunächst auf eigene Faust ermitteln. Dabei entdeckt er, dass David von seinem autistischen jüngeren Bruder Michael immer wieder geschlagen wird. Davids allein erziehende Mutter Sara sieht sich nun vor eine schwere Entscheidung gestellt. Unterdessen ist Edna wegen Harolds Entscheidung, ihre Arbeit durch einen Computer zu erleichtern, so gekränkt, dass sie kündigt und eine Stelle bei Dr. Hartman annimmt.

Beim Versteckspiel mit Sam findet Delia einen Vibrator unter Ninas Bett. Peinlich berührt erklärt Nina ihr daraufhin, dass es sich um ein Fußmassagegerät handelt. Doch Delia traut Ninas ungeschickten Ausführungen nicht und probiert wenig später zusammen mit Brittanny das Fußmassagegerät aus. Da die beiden aber keinen besonderen Effekt auf ihre Füße feststellen können, befragt Brittanny ihre Stiefmutter. Die taucht nun entsetzt in Andys Praxis auf und erklärt, dass Brittanny nicht mehr mit Delia spielen darf. Bright hat sich entschlossen, einen Job in einem Restaurant anzunehmen und wird schon nach kurzer Zeit zum Mitarbeiter des Monats gekürt. Rose ist begeistert von Brights neuer Selbständigkeit, doch Harold ist davon überzeugt, dass sein Sohn sein Talent verschwendet. Als er auch noch erfährt, das Bright zu einem Vorstellungsgespräch, das er ihm vermittelt hat, gar nicht erst erschienen ist, ist der Ärger vorprogrammiert.

Andy richtet die Feier für Delias elften Geburtstag aus und ist überaus stolz auf die Spiele, die er für die Kinder vorbereitet hat. Nina hält das Ganze jedoch für zu altbacken – was sich schon bald bestätigt: Als Andy wegen der beunruhigenden Ruhe im Kinderzimmer nach Delia und ihren Gästen sieht, findet er seine Tochter mit ihrem Mitschüler Charlie knutschend im Wandschrank vor. Aufgebracht bringt er den Jungen sofort nach Hause und berichtet dessen Mutter Amanda von den Geschehnissen. Amanda hält die Sache allerdings für harmlos und hat keinerlei Verständnis für die ganze Aufregung. Als sie ein paar Tage später im Wartezimmer sitzt, nutzt Andy die Gelegenheit, sie wegen ihrer liederlichen Moralvorstellungen anzufeinden. Dann sieht er jedoch ihren Mann John aus Harolds Sprechzimmer kommen – seit einem Schlaganfall gelähmt und unfähig, zu kommunizieren. Nachdem er erfahren hat, dass Andy seinen Reichtum einem medizinischen Patent verdankt, versucht Harold unterdessen krampfhaft, ebenfalls eine bahnbrechende Erfindung zu machen. Jake und Nina kommen sich derweil näher, doch dann gesteht Nina ihm, dass sie einen anderen liebt.

Ephram hat sich von Dr. Hartman auf Geschlechtskrankheiten untersuchen lassen. Dieser gibt Andy nun durch die Blume Hinweise, woraufhin Andy sofort in Panik gerät, Ephram könne auch Amy schwängern. Kurzerhand sucht er Hilfe bei Dr. Abbott, der nun um jeden Preis zu verhindern versucht, dass seine Tochter mit Ephram schläft. Der Ärger ist vorprogrammiert. Während Nina endlich einen Schritt auf Andy zugeht, nimmt auch Hannah all ihren Mut zusammen und besucht Bright im Restaurant. Überraschenderweise lädt er sie daraufhin sogar ins Kino ein, doch als sie ihn zum Abschied küssen will, erlebt sie eine herbe Enttäuschung: Bright sagt ihr, er sei nur mit ihr ausgegangen, weil sie ihn so angehimmelt habe.

Irv überrascht Edna mit der Nachricht, dass er gekündigt hat, um seinen Lebensabend zu genießen. Über Umwege erfährt Edna jedoch, dass Irv keineswegs selbst gekündigt hat, sondern aus Altersgründen gefeuert wurde. Dennoch ist Irv glücklich, und Edna beschließt, zu kündigen und gemeinsam mit Irv in eine neue Phase ihres Lebens zu treten. Die Vorstellungen von einem erfüllten Lebensabend gehen jedoch weit auseinander: Während Irv auf einer Insel am Strand sitzen und einen Roman schreiben möchte, plant Edna schon, sich einer Hilfsorganisation in der Dritten Welt anzuschließen. Ephram fühlt sich dem Stress nicht mehr gewachsen, sich nur noch dem Klavier zu widmen. Deshalb denkt er darüber nach, nicht am Konservatorium, sondern am lokalen College zu studieren. Andy ist entsetzt und versucht alles, um ihm klar zu machen, dass er seine Ziele nicht einfach aufgeben darf. Mit Amy ergeht es Harold ähnlich: Sie will plötzlich nicht mehr in Princeton studieren, sondern in Ephrams Nähe bleiben. Verzweifelt bittet er daraufhin Ephram, seine Tochter umzustimmen. Da seine Bemühungen aber ebenfalls nicht von Erfolg gekrönt sind, beschließt Ephram, eine Bewerbung in Amys Namen nach Princeton zu schicken.

Bright hat während der Arbeit so heftig mit einer Kollegin geflirtet, dass man ihn gefeuert hat. Zu Hause erzählt er jedoch, er habe gekündigt, um sich nach Aufgaben umzusehen, die ihn mehr fordern. Harold und Rose sind überglücklich und setzen alle Hebel in Bewegung, um ihm einen neuen Job zu besorgen. Dann erfährt Harold jedoch, dass Bright sie belogen hat. Ein Familienkrach ist unausweichlich. Andy will Amandas Mann John helfen und verabreicht ihm ein neues Medikament, das in Verbindung mit Musiktherapie emotionale Reaktionen hervorrufen könnte. Er fährt mit Amanda und John in die Berge, wo die beiden sich verlobt hatten. Die Therapie scheint Erfolg zu haben: Während Amanda davon erzählt, wie einsam sie sich fühlt, beginnt John zu weinen. Amanda ist außer sich, doch Andy erkennt schon bald, dass die Träne nur eine Reaktion auf den kalten Wind in den Bergen war.

Amy und Ephram verbringen einen Abend knutschend im Autokino, zum Äußersten kommt es jedoch nicht, da beide zu große Angst vorm Versagen haben. Am nächsten Tag geht Amy schließlich in die Offensive: Sie bestellt Ephram in die Berghütte am See, die ihren Eltern gehört und wo es endlich zum Ersten Mal kommen soll. Während Ephram seinen Vater offen um Erlaubnis bittet, traut sich Amy jedoch nicht, ihren Eltern die Wahrheit zu sagen. Zwischen Amanda und Andy fliegen die Funken, doch Andy erinnert sich schnell an seine Verpflichtungen als Arzt und geht auf Distanz. Deshalb geht nun auch Amanda in die Offensive und lädt Andy zum Essen ein. Obwohl die beiden sich dabei sehr nahe kommen, macht Andy schon bald erneut einen Rückzieher. Spätabends steht er dann wieder vor Amandas Tür – mit einer unangenehmen Überraschung: Er hat eine Liste mit guten Ärzten für John zusammengestellt, um den Kontakt zu den Hayes ganz abbrechen zu können.

Amy erfährt, dass Hannahs Eltern sich keineswegs in Hongkong aufhalten, sondern sie aus einem ganz anderen Grund zu Nina gegeben haben: Hannahs Vater leidet an der tödlich verlaufenden Huntington-Krankheit und kann seine Umgebung schon lange nicht mehr wahrnehmen. Amy ist entsetzt – zumal es sich bei Huntington um eine Erbkrankheit handelt, die auch Hannah befallen könnte. Hannah will sich jedoch nicht testen lassen, weil sie an das Schicksal glaubt und davon überzeugt ist, dass dieses Wissen ihr Leben nicht ändern würde. Ephram besucht ein Konzert, das Madisons Band in Everwood gibt – nur um festzustellen, dass Madison gar nicht mehr dazugehört. Dennoch handelt er sich damit großen Ärger ein, da er dafür eine Verabredung mit Amy unter dem Vorwand einer Erkältung abgesagt hat. Als Amy davon erfährt, ist sie außer sich und beendet kurzerhand die Beziehung. Unterdessen können Andy und Amanda einfach nicht voneinander lassen, und es kommt zu einer stürmischen Umarmung.

Ephram bemüht sich sehr um Amy, die ihm jedoch weiterhin die kalte Schulter zeigt. Hilfe suchend wendet er sich an Bright, der Ephram kurzerhand zum Essen mit der Familie einlädt, um Amy und ihn wieder zusammenzubringen. Der Schuss geht jedoch nach hinten los, denn Amy scheint nun noch wütender zu sein. Erst nach einem einfühlsamen Vermittlungsversuch von Hannah kommen sich Amy und Ephram wieder näher. Seit er seinen Job los ist, verfällt Irv zunehmend in Lethargie. Edna richtet ihm deshalb ein Arbeitszimmer ein, damit er endlich seinen großen Roman schreiben kann. Doch auch das holt Irv nicht aus seinem Tief: Er will nicht den Rest seines Lebens in Everwood versauern. Sein Fernweh stellt die Ehe der beiden jedoch auf eine harte Probe. Andy plagt sein schlechtes Gewissen wegen der Nacht mit Amanda so sehr, dass selbst Harold Wind davon bekommt und ihm eine gehörige Standpauke hält. Dabei bricht Andy plötzlich zusammen und muss ins Krankenhaus eingeliefert werden. Die Diagnose: ein offenes Magengeschwür.

Dr. Jake Hartman wird mit seiner Vergangenheit konfrontiert: Seine Ex-Verlobte Cameron ist nach Everwood gekommen, um ihn zurück nach Los Angeles zu holen. Der erstaunten Nina erklärt Jake, dass die Geschichte mit Cameron längst beendet ist. Cameron scheint das jedoch ganz anders zu sehen, und Nina erfährt, dass Jake sich bisher davor gescheut hat, tatsächlich mit Cameron Schluss zu machen. Amy will wieder tanzen und hat sich für ihre Ausbildung eine renommierte Schule in Denver ausgesucht. Sie trainiert Tag und Nacht für die Aufnahmeprüfung, doch vergeblich: Die Schule nimmt sie nicht an. Unterdessen treffen sich Andy und Amanda regelmäßig in Andys Mittagspause und scheinen ihre heimliche Beziehung sehr zu genießen. Dann wird Andy jedoch mit einem Problem konfrontiert, dass ihn als Vater restlos überfordert: Delia hat zum ersten Mal ihre Periode.

Es könnte ein perfekter Tag werden: Andy wird von Amanda überrascht, Ephram schwänzt mit Amy die Schule, und Harold freut sich auf einen Tag in der Praxis ohne Andy. Doch es kommt anders als geplant: Nina erwischt Andy und Amanda und stellt Andy entrüstet zur Rede. Und während die Schulschwänzer nicht wissen, was sie mit ihrer freien Zeit anfangen sollen, findet Harold die Praxis nach einem verheerenden Rohrbruch unter Wasser gesetzt vor. Aus lauter Langeweile beschließen Amy und Ephram nun, auch Hannah aus der Schule zu holen und Bright von seinem Arbeitsplatz wegzulotsen. Andy und Amanda wird unterdessen klar, dass sie ihre Beziehung offen ausleben wollen, und Harold weicht in seiner Not auf Jakes Praxis aus. Dort erwartet ihn jedoch kurz vor Feierabend noch ein Haufen Arbeit: Bei einem Kindergeburtstag haben sich mehrere der kleinen Gäste eine Lebensmittelvergiftung zugezogen.

Ephram ist zur Aufnahmeprüfung an der Juilliard School eingeladen worden, und Amy ist darüber so aus dem Häuschen, dass sie zu seiner Rückkehr eine Überraschungsparty organisiert. Als sie jedoch auch Madison einladen will und ihren Vater um deren Adresse bittet, erfährt sie die erschütternde Neuigkeit, dass Madison die Stadt verlassen hat, weil sie schwanger von Ephram war. Die Tatsache, dass Ephram ebenfalls nichts davon wusste, ist da nur ein kleiner Trost. Während Hannah sich auf die Huntingtonsche Krankheit testen lässt und Bright von seinem Büroflirt Jillian der sexuellen Belästigung bezichtigt wird, bereitet Amanda ihre Scheidung von John vor, um ihre Beziehung zu Andy endlich offen ausleben zu können. Dann erreicht sie jedoch ein Anruf aus der Klinik, dass sich Johns Zustand drastisch verändert hat: Er ist aus seinem Dämmerzustand erwacht und kann schon wieder erste Worte sprechen. Schlagartig wird Amanda klar, dass sie bei John bleiben muss.

Nachdem Harold seine Tochter Amy von Madisons Schwangerschaft in Kenntnis setzen musste, will Andy endlich auch Ephram reinen Wein einschenken. Er befürchtet jedoch, Ephram könne deshalb die Aufnahmeprüfung an der Juilliard School verhauen und rückt weiterhin nicht mit der Sprache raus. Abgesehen von dieser Kleinigkeit fühlt Andy sich in New York, wohin er seinen Sohn begleitet hat, pudelwohl: Er lebt sichtbar auf und lässt sogar seinen Kummer wegen Amanda hinter sich. Dann kommt es jedoch zu einer überraschenden Begegnung mit Madison, die Ephram unbedingt die Wahrheit sagen will. Im Fitnesscenter erfährt Harold unterdessen, dass Irv bei Edna ausgezogen ist. Weil er ganz genau weiß, dass seine Mutter zu halsstarrig ist, um sich auf ein Gespräch mit Irv einzulassen, setzt er seine Frau Rose auf Edna an. Kurzerhand lädt diese ihre Schwiegermutter daraufhin zum Abendessen ein, ohne zu ahnen, dass Harold bereits Irv eingeladen hat. Nun ist der Ärger vorprogrammiert – zumal Irv in Begleitung einer fremden Frau zum Essen erscheint.

Gut gelaunt trifft sich Ephram in New York mit Madison – nur um zu erfahren, dass Madison ein Kind von ihm bekommen und zur Adoption freigegeben hat. Zunächst ist Ephram wie betäubt, doch als er seinem Vater davon berichtet, schlagen seine Schilderungen in puren Hass auf Madison um. Andy bleibt nichts anderes übrig, als ihm zu gestehen, dass er Madison dazu aufgefordert hatte, aus Ephrams Leben zu verschwinden, ohne ihn von der Schwangerschaft in Kenntnis zu setzen. Vollkommen außer sich verlässt Ephram daraufhin das Hotel und verweigert am nächsten Tag die lang erwartete Aufnahmeprüfung an der Juilliard School. Harold ist fest entschlossen, Bright aus dem Haus zu werfen, Rose will allerdings nicht einsehen, dass es auch für den Jungen das Beste wäre. Harold hat jedoch keine Zeit, seine Frau davon zu überzeugen, denn er wird dringend als Arzt gebraucht: Aus dem Gewehr von Bill Hammond hat sich ein Schuss gelöst, der seinen Sohn Kyle getroffen hat. Nun ist Kyle so schwer verletzt, dass er eine Leber-Teiltransplantation braucht. Bill will sich als Spender zur Verfügung stellen, doch Kyle stirbt, bevor es zur Operation kommen kann.

Ephram hat es noch immer nicht verdaut, dass sein Kind zur Adoption freigegeben wurde. Nun will er wenigstens herausfinden, wo das Kind lebt und ob es ihm bei seinen Adoptiveltern gut geht. Mit Amys Hilfe erfährt er, dass das Kind nun in Kalifornien lebt. Amy kümmert sich allerdings noch in einer anderen Hinsicht um Ephrams Belange und setzt alle Hebel in Bewegung, um einen neuen Termin für seine Aufnahmeprüfung an der Juilliard School zu bekommen. Sie muss jedoch entsetzt erkennen, dass Ephram genau an dem Tag nach Kalifornien fliegen will, um sein Kind zu besuchen. Als ihr daraufhin auch noch herausrutscht, dass sie von Madisons Schwangerschaft wusste, scheint es mit der Beziehung der beiden ein für allemal vorbei zu sein. Während Ephram in Kalifornien vor dem Haus der Adoptiveltern steht, sich aber nicht weiter traut, beschwert sich Delia bei ihrem Vater darüber, dass dieser nur noch Zeit für Ephram hat. Sie fordert die gleiche Zeit für sich ein und möchte mit Andy zusammen ihr Zimmer neu gestalten. Entsetzt über seine Nachlässigkeit sagt Andy zu, doch er verärgert Delia erneut, als er auch Nina und Jake zu den Renovierungsarbeiten hinzuzieht.

Während Amy eine Zusage aus Princeton erhält, erwartet Nina nervös den Besuch von Jakes Bruder Brian aus Los Angeles. Der Steuerberater soll sich um Jakes Finanzen kümmern, mischt sich aber auch gleich in dessen Privatleben ein und legt ihm nahe, mit Nina Schluss zu machen. Nina erklärt er anschließend, dass ihre Beziehung zu Jake keine Zukunft habe, weil Jake ohnehin irgendwann nach Los Angeles zurückkehren werde, wo für sie kein Platz sei. Ist Jake ihr gegenüber nicht aufrichtig gewesen? Rose fühlt sich schlecht und glaubt, die Symptome einer Schwangerschaft zu erkennen. Harold ist außer sich vor Freude, wird jedoch enttäuscht, als der Schwangerschaftstest negativ ausfällt. Um dem Grunde für Roses Unwohlsein herauszufinden, macht er ein Röntgenbild, das er jedoch nicht deuten kann. Erst die Computertomographie bringt die schreckliche Gewissheit: Rose leidet an einem Tumor an der Wirbelsäule.

Nach dem Bruch mit Amy und mit seinem Vater sieht Ephram keinen Grund mehr, in Everwood zu bleiben. Er will nach Europa reisen und verkauft deshalb kurzerhand das Inventar des Musikstudios, das Andy für ihn eingerichtet hat. So einfach will Andy seinen Sohn aber nicht ziehen lassen. Der bei Rose entdeckte Tumor soll mit einer Chemotherapie behandelt werden. Ihren Kindern wollen Rose und Harold jedoch erst etwas davon sagen, wenn die Therapie Wirkung zeigt. Das scheint schließlich tatsächlich der Fall zu sein, doch gerade als Harold wieder Hoffnung schöpft, spürt Rose ihre Beine plötzlich nicht mehr.

Während Ephram sich auf den Weg nach Europa macht, wird Rose klar, dass sie sich so schnell wie möglich operieren lassen muss, da der Tumor bereits auf Nervenbahnen drückt. Dr. Chow und Andy einigen sich darauf, den Spezialisten Dr. Valledor zur Operation hinzuzuziehen, doch der behandelt Rose so arrogant, dass sie schließlich Andy bittet, sie selbst zu operieren. Nachdem Nina ihren Job verloren hat, weil ihr Chef das Mama Joy’s schließen muss, überrascht Jake sie mit einer Neuigkeit: Er hat das Gebäude samt Restaurant gekauft und will Nina als Managerin einsetzen. Nina ist so begeistert, dass sie ihn daraufhin bittet, bei ihm einzuziehen – und das nicht nur, um Geld zu sparen.

Gegen Harolds Widerstand übernimmt Andy die Operation von Rose. Darüber ist Harold so erbost, dass er Andy auf das Übelste beschimpft und ihm vorwirft, sein Leben in Everwood sei eine einzige Lüge. Nach gelungener Operation wird Harold jedoch klar, dass er sich bei Andy entschuldigen muss. Der ist mittlerweile allerdings zu dem Schluss gekommen, dass Harold mit seinen Anschuldigungen Recht hat und zieht deshalb ernsthaft in Erwägung, ein Angebot aus Chicago anzunehmen. Während Bright der schüchternen Hannah endlich seine Gefühle gesteht, erkennt Harold, wie wichtig ihm die Freundschaft mit Andy geworden ist. Um ihn zum Bleiben zu bewegen, organisiert er in der Praxis ein Zusammentreffen zwischen Andy und all seinen Patienten, die ihn ebenfalls daran hindern wollen, die Stadt zu verlassen. Doch erst als Rose einschreitet, kommt Andy wieder zur Vernunft. Plötzlich wird ihm nicht nur klar, dass er in Everwood ein Zuhause und viele Freunde gefunden hat, sondern auch, dass seine Nachbarin Nina die Richtige für ihn ist. Er nimmt all seinen Mut zusammen und geht zu Nina, wo Jake sich gerade häuslich eingerichtet hat.