La petite ville d'Everwood est encore sous le choc de l'opération manquée du Dr Andy Brown sur le jeune Colin. Andy doit subir les regards accusateurs de toute la communauté, inconsciente de la complexité de l'intervention qu'il avait à accomplir, et est considéré comme le responsable de sa mort. Andy se culpabilise lui aussi de son échec, ce qui lui donne le profil du coupable qu'il n'est pas. Mais à l'arrivée de l'été, le poids de ce drame s'amenuise et la vie normale commence à reprendre le dessus. Bright et Amy ont repris leur travail saisonnier à la piscine, ainsi qu'Ephram. C'est alors qu'Amy découvre l'existence d'une lettre de Colin dans laquelle il dévoile qu'il avait fait promettre au Dr. Brown de ne pas être ramené à la vie au cas où l'opération déboucherait sur une diminution de ses aptitudes physiques ou intellectuelles. La nouvelle se répand dans la ville et Andy est interpellé à ce sujet.

La famille Abbott est bousculée dans ses habitudes par le retour de Linda, la soeur d'Harold, qui avait jusqu'ici passé sa vie à pratiquer les médecines orientales aux quatre coins du monde. Edna, fière de sa fille, la crible de questions sans remarquer qu'elle a souffert de solitude pendant toutes ces années. C'est avec son frère Harold que Linda rencontre le plus de difficultés, alors qu'elle lui fait part de son intention de se joindre à lui pour travailler au cabinet médical. Elle veut dorénavant se poser et retrouver ses racines, sa famille. Pendant ce temps Andy apprend qu'un groupe de pré-ados ont eu des rapports sexuels sans prendre de précautions. Il est choqué par l'attitude des parents qu'il décide de prévenir. Bright demande à Ephram de tenir Amy à l'oeil car son comportement énigmatique l'inquiète.

Afin de laisser plus de liberté à Ephram, Andy a embauché une nouvelle baby-sitter, Madison, pour s'occuper de Délia. Mais Madison traite Ephram comme un enfant ce qui le vexe au plus haut point. Il prend même la décision de la virer, ce qui entraîne une mise au point animée avec son père. Linda et Harold continuent à se chamailler sur la façon d'envisager et de pratiquer la médecine. Nina, empêtrée dans sa procédure de divorce, compte sur Andy pour la soutenir. Mais elle est profondément déçue car celui-ci passe plus de temps à s'occuper des problèmes d'alccolisme de Jim, le père de Colin. Elle lui dit ses quatre vérités. Amy se fait draguer par Rick, ce qui déplaît à Bright.

Andy invite Linda Abbott à dîner pour discuter sur le cas d'un patient. C'est alors que Delia se permet de s'exprimer de façon plutôt choquante mais Ephram défend le comportement de sa soeur grâce à Madison. La dépression d'Amy s'aggrave. Son thérapeute conseille une médication mais le Dr. Abbott refuse d'écrire l'ordonnance qui lui permettrait peut-être de surmonter la mort de Colin.

Le Dr. Abbott soupçonne Linda et Andy de s'apprécier un peu plus qu'ils ne devraient.

Une mine est victime d'un coup de grisou. Le Dr. Brown, aidé d'Edna, de Linda et d'Harold Abbott s'empressent de se rendre sur les lieux de l'accident pour aider leurs voisins. Trois mineurs sont en danger. L'un d'eux, Will Cleveland, est un pianiste de jazz dont Ephram venait de faire son mentor. Le deuxième est le voisin direct d'Harold et le troisième, Ellie Beels, un patient d'Andy. Les trois médecins vont devoir faire appel à toutes leurs compétences dans des conditions très pénibles.

Quand Phil diagnostique correctement la méningite chez un des jeunes patients d'Andy, toute la ville le prend pour un prophète. Ephram parle à Madison des sentiments qu'il éprouve pour elle. Amy accepte de voir Linda Abbott pour se faire aider. Désespérée, elle lui vole de quoi se faire une prescription pour des antidépresseurs, ce qui force Harold à prendre en compte les avertissements de Phil concernant sa fille. Entre-temps, Edna apprend la raison pour laquelle sa fille ne veut plus voir le Dr. Brown.

Le Dr Brown essaie de séduire Linda, bien qu'Edna et le Dr Abbott persistent à dire qu'il perd son temps. Mais le Dr Brown insiste, forçant Linda à lui avouer qu'elle est séropositive. Pendant ce temps, Bright demande à Ephram d'ignorer Madison pour gagner son affection, mais cela se complique lorsqu'elle rompt avec son petit ami et vient chercher du réconfort auprès d'Ephram. Quant à Amy, elle rencontre le joli «mauvais garçon» de la ville, Tommy Callahan, qui compatit à ses problèmes et éveille en elle des émotions qu'elle n'a pas ressenties depuis la mort de Colin.

Andy est fâché de découvrir qu'Ephram et Madison sortent ensemble. Il est sur le point de renvoyer Madison mais celle-ci prend les devants et abandonne la famille Brown à des futures vacances épouvantables. Car Délia devient insupportable quand elle apprend la relation qui existe entre son père et Linda Abbott. Stressé à l'idée de fêter Thanksgiving avec son acariâtre belle-mère, Le Dr. Abbott réagit plutôt mal quand il voit débarquer Amy avec Tommy au repas de Thanksgiving. N'en pouvant plus, Amy quitte la maison.

Pour regagner la confiance de sa fille Delia après qu'il ait trahi sa promesse de ne pas prendre rendez-vous avec Linda Abbott, Andy part avec elle en excursion. Andy est également surpris par la réaction d'Ephram à propos de sa relation avec Linda. Il est aussi confronté à un problème avec une patiente qui voudrait procéder à une fécondation in-vitro avec le sperme de son mari décédé. Son mari actuel a effectivement du mal à accpeter la chose. Amy décide d'aller vivre avec Edna et Irv, ce qui provoque des remous dans la famille.

Dr. Brown tente d'intervenir pour éviter qu'un jeune champion de lutte ne risque sa vie en voulant en faire trop lors d'un tournoi important. Bright est renvoyé momentanément de l'école après qu'il se soit battu avec Tommy, le petit ami d'Amy. Linda Abbott soupçonne Andy de fuir une certaine intimité parce qu'elle est séropositive. Ephram est persuadé que Madison est gêné d'être vu en sa présence.

Distraite par sa première dispute avec Tommy, Amy oublie de préparer le dîner d'anniversaire de son père, ce qui rend leur réconciliation encore plus difficile. Madison ment à Ephram en disant qu'elle apprécie la chanson d'amour qu'il a écrite. Ils finissent par se disputer après qu'elle refuse de faire écouter la chanson à son groupe. Quant à Nina, elle reproche au Dr Brown d'avoir négligé leur amitié au profit de Linda.

Madison annonce à Ephram que sa colocataire va partir en voyage. Ephram ne réagit pas nécessairement comme il aurait dû, mais ce malentendu débouche néanmoins sur un moment intime. Pour rester dans les affaires de coeur, Amy décide qu'elle est prête pour une relation sexuelle avec Tommy. Elle prend son courage à deux mains et s'adresse au Dr. Brown pour ses pilules contraceptives. Andy décide de parler de Linda à Ephram et Délia.

Ephram, qui a déclaré, dans un grand élan, son amour à Madison, a le coeur brisé de l'entendre lui répondre que ça n'est pas réciproque. Linda accepte de garder Delia une soirée afin de permettre à Andy d'accompagner Ephram et son prof de piano, Will, à un concours de jazz. Amy rompt avec Tommy après avoir réalisé qu'elle ne pourrait jamais lui faire confiance.

Ephram tente, par une combine, d'avoir accès au bar dans lequel Madison joue avec son groupe. Nina, qui vient de recevoir ses papiers officiels pour son divorce, cherche un peu de réconfort auprès d'Andy. Linda se méfie de cette affection qui les lie. Tommy emmène Amy à une soirée qui lui permet d'enfin faire le deuil de Colin, mais la soirée prend une tournure dangereuse.

Amy rentre chez elle mais elle a du mal à réintégrer sa vie d'avant, d'autant plus que ses parents apprennent qu'elle prend des pilules contraceptives et que ses anciens amis font preuve avec elle d'une certaine froideur. Dans un autre coin d'Everwood, Ephram pense que Madison va bientôt le quitter. Nina, qui se bat avec son ex-mari pour la garde de son fils, a besoin du témoignage d'Andy.

Contre l'avis d'Andy, Ephram, et Madison décident que, dans l'intérêt de Délia, Madison devrait reprendre son emploi de baby-sitter. Amy envisage d'arrêter les antidépresseurs car Linda la sent prête à pouvoir s'en passer. Bright attend anxieusement sa lettre d'acceptation au collège.

Amy confie à Bright qu'elle éprouve de nouveaux sentiments pour Ephram qu'elle voit sous un nouveau jour. Bright prie Amy de ménager le pauvre Ephram dont le coeur est encore tout meurtri de sa rupture récente avec Madison. Délia interroge Linda sur les médicaments qu'elle la voit avaler. Linda lui apprend alors qu'elle est séropositive. Délia encaisse la nouvelle mieux que prévu. Bientôt, le secret de Linda est malencontreusment divulgué et se répand dans la ville, ce qui affecte le travail du Dr. Abbott. Andy a une discussion avec Ephram qui est bouleversé par cette nouvelle.

Amy ne peut s'empêcher de confier ses sentiments à Ephram. Elle réalise alors que ses peines de coeur sont toujours vivaces. Pendant ce temps, Linda pense qu'il est temps pour elle de quitter Everwood. Le Dr. Donald Douglas, mentor d'Andy, fait appel à lui pour se faire opérer. Il s'agit d'une opération chirurgicale au cerveau comportant de gros risques.

Quand Amy accompagne Ephram à son audition à Julliard, un moment romantique la pousse à s'épancher sur les nouveaux sentiments nés en elle pour lui. Entre-temps, Andy tente de convaincre le Dr. Douglas que son cas nécessiterait une chirurgie encore plus délicate que celle prévue au départ, mais qu'il est prêt à relever ce défi. Ne trouvant pas d'assureur, le Dr. Abbott envisage d'abandonner la pratique de la médecine. Bright finit par décider de ne pas assister à sa cérémonie de remise des prix, au grand désappointement de ses parents.

Ephram est au 7ième ciel d'avoir été accepté aux cours d'été de Julliard. Ses émotions sont cependant mises à rude épreuve depuis qu'Amy lui a parlé de ses sentiemnts et demandé de rester à Everwood pendant l'été. Entre-temps, la famille du Dr. Abbott pense qu'il s'affole démesurément avec ses histoires d'assurance quand il décide d'ouvrir un magasin... Andy apprend une révélation choquante concernant sa famille.