Un dealer local, Little Pete, vient de tirer sur un homme. Les deux agents de la criminelle, Andy Sipowicz et son jeune co-équipier, John Clark Jr, sont chargés de l'enquête. Lors de leurs investigations à l'appartement de Little Pete, Andy se dispute assez violemment avec la petite amie d'un dangereux dealer, Money T. De retour au commissariat les deux officiers interrogent la petite frappe, et ils réalisent très vite qu'ils viennent de mettre le doigt sur une importante organisation de trafic de drogue, dont le chef n'est autre que Money T...

Une alerte à la bombe menace le tribunal de grande instance. Sipowicz et Clark se rendent sur les lieux, qu'ils évacuent immédiatement. Soudain, une lettre piégée explose au troisième étage du bâtiment, craignant qu'il s'agisse d'Anthrax, une équipe de spécialistes est appelée. De retour au commissariat, on découvre que la poudre blanche est en réalité une substance utilisée dans les rituels vaudous des «Santerias». Le jeune Clark, toujours suspecté dans l'affaire du meurtre de la prostituée, est suspendu de ses fonctions...

Un meurtre et un cambriolage viennent d'être commis, l'homme a reçu deux balles, l'une dans la tête, l'autre dans les parties intimes. Sipowicz et Clark sont chargés de l'enquête et ils commencent par interroger l'ex-petite amie du défunt, une certaine Chloé O'Connor. McDowell, quant à elle, reçoit la visite de sa soeur qui, enceinte de six mois, vient encore de se faire battre par son petit ami...

Sipowicz et Clark sont appelés de toute urgence au parc, où une jeune fillette vient de disparaître. Le père s'est apparemment absenté quelques minutes pour aller aux toilettes publiques et aurait fait signe à la nounou d'une amie, de surveiller sa fille, Claire. Une cellule de crise s'organise autour de cette disparition et la photo de l'enfant est diffusée dans la presse et la télé...

Un jeune garçon de 17 ans, Nathan Emery, vient d'être poignardé en pleine rue et les agresseurs lui ont volé sa bicyclette. Sipowicz et Clark arrivent sur le lieu du crime et interrogent les témoins, l'enfant n'aurait pas voulu donner son vélo et l'un des deux voleurs aurait alors sorti son couteau. Le père de l'enfant est convoqué au commissariat. Pendant ce temps, l'agent McDowell apprend que sa soeur a payé la caution de son mari ; elle part de suite à son ancien hôtel et découvre Michelle ensanglantée...

L'équipe se rend sur les lieux d'une fusillade où un policier a trouvé la mort. Sa collègue, Maya Anderson, la maîtresse de Jones, narre les faits : deux hommes ont tenté de voler une voiture et lorsque les deux agents se sont approchés l'un d'eux a tiré et Pete Costello s'est effronté sur l'asphalte. De son côté, elle a touché un homme à la poitrine. Bientôt, dans l'immeuble voisin, Clark et Sipowicz découvrent l'un des deux agresseurs, mort. Ils partent à la recherche du second tireur, l'assassin présumé de Costello. McDowell et Ortiz, quant à elles, doivent retrouver un petit garçon qui vient d'être enlevé ; les soupçons se portent sur la mère biologique de l'enfant, Luisa Salazar. McDowell est de plus, émue à l'idée d'aller récupérer le bébé de sa soeur...

Un cadavre vient d'être trouvé dans un terrain vague, Sipowicz et Clark se rendent sur les lieux. La victime est une jeune étudiante en mode, elle est retrouvée poings et mains liés. Sipowicz est persuadé que la jeune fille fait partie d'un réseau de call girl.. De leur côté, Medavoy et Jones enquêtent sur le viol et le meurtre d'une jeune enseignante dans la laverie de son immeuble. Parallèlement, le commissaire Tony Rodriguez est contacté par son ex femme, Angela, et Connie, débordée par ses nouvelles fonctions de mère, hésite encore à présenter le bébé de sa soeur au jeune Théo...

Clark cherche à identifier le cadavre d'une jeune femme retrouvée nue dans l'angle d'une rue sombre. La victime ne semble pas être une prostituée. A l'arrivée de Sipowicz sur les lieux, un agent reconnaît la jeune personne, elle officie en tant que flic auxiliaire dans la Police, se nomme Heather Peterson et n'a que dix sept ans. Après avoir réuni les affaires de Heather, l'équipe découvre son journal intime, où figure la liste de tous ses amants et parmi eux bon nombre d'officiers et notamment son supérieur hiérarchique... Une explosion vient d'avoir lieu devant un immeuble de la 2ème rue, Rita et Connie se rendent sur place. Mais le propriétaire de la voiture qui a pris feu, interrogé par les deux inspectrices, ne semble pas très coopératif...

Sipowicz et Clark sont envoyés à l'appartement de Carole Solomon, celle-ci s'est apparemment donnée la mort. Une ami de Carole explique à la police qu'elle était très prise par son travail au centre d'aide à l'Enfance et parfois la dureté du métier la rendait dépressive. Parallèlement, Shannon s'entretient avec Sipowicz et Clark au sujet de l'enquête interne en cours, quant à la veuve du policier tué, elle fait part à Sipowicz du souhait du défunt d'enterrer une partie de ses cendres, dans l'enceinte du commissariat...

C'est avec mélancolie que Sipowicz rend les clés de son appartement mais celui-ci n'a pas le temps de s'émouvoir que déjà il doit se rendre à l'appartement de Gene Cardillo, qui vient d'être saccagé par son fils schizophrène. De leur côtés, les agents Jones et Medavoy se rendent sur la 12ème rue où une jeune femme a été assassinée dans son appartement. Dans la cheminée, Ortiz découvre un enregistrement partiellement brûlé qu'elle envoie au laboratoire. Les parents de la victime sont convoqués au commissariat et ces derniers ne semblent pas surpris d'être appelés par la police au sujet de leur fille...

Les détectives, Sipowicz et Clark enquêtent sur un meurtre routier. Le témoin, Denise Walker, qui travaille dans l'industrie de la musique, explique les faits mais semble prise de panique lorsque les deux agents lui annoncent que sa voiture va être confisquée pendant la durée de l'enquête. Les inspectrices, Ortiz et McDowell, de leur côté, sont à la recherche d'un enfant disparu. Rodriguez, quant à lui, apprend le décès de son ex-femme, Angela Lugo. Elle aurait succombée à une overdose. Perplexe, le capitaine Rodriguez demande l'ouverture d'une enquête...

John Clark rend visite à son fils Clark Jr en prison et ce dernier refuse de lui donner le nom de la personne qui aurait pu cacher de l'héroïne dans sa voiture. Parallèlement, Sipowicz découvre que Laughlin a arrêté un trafiquant de drogue mais qu'il n'a appréhendé qu'une infime quantité de marijuana. Sipowicz soupçonne alors Laughlin d'avoir dissimulé de la drogue dans la voiture de Clark Jr...

La partenaire de Laughlin, Shannon, déclare qu'elle pourrait avoir une preuve de l'innocence de Clark Jr. Au même moment, Ortiz, McDowell, Medavoy et Jones enquêtent sur le meurtre d'une femme noire. Ils interrogent un des voisins de la victime, lequel avoue avoir tenu des propos racistes...

Le meurtre d'une prostituée travestie mène les détectives Sipowicz et Clark Jr à interroger deux suspects : un maquereau et un jeune homme, auparavant menacés par la fille assassinée. Parallèlement, Medavoy et Jones enquêtent sur l'assassinat d'une jeune femme pakistanaise qui se trouvait au milieu d'une dispute entre son père et son fiancé...

Sipowicz et Clark enquêtent sur la tentative d'assassinat de Julian Pisano. N'ayant pas vu le visage de son agresseur, Pisano soupçonne Aldo Sanfratello, connu comme «Le Dentiste», d'y être pour quelque chose. Pendant ce temps, McDowell et Ortiz rencontrent Kristi Haines, qui s'est fait escroquer par une femme qui prétendait être victime d'un bizutage...

L'unité arrive sur les lieux d'une fusillade où un jeune homme a trouvé la mort. Ils interrogent deux témoins oculaires, un dealer en fauteuil roulant et une jeune femme habitant dans la quartier et présente lors des faits. L'enquête prend une nouvelle direction, lorsque le témoin affirme avoir vu un de ses amis, un certain Todd Grady, tirer sur la victime et prendre la fuite. Les agents se rendent chez le suspect et, Medavoy et Jones le prennent en chasse. L'homme est armé et les deux agents tirent sur lui, mais c'est un jeune garçon qui reçoit la balle perdue...

Sipowicz et Clark examinent le corps d'un homme, Richard Forrester, lequel a été battu à mort avec une statue de verre. Ils découvrent que Forrester était le patron d'une industrie du disque et retrouvent rapidement son ancienne maîtresse, Carla Whitford. Cette dernière leur affirme que la victime menait une double vie, cachant son homosexualité...

Alors que l'agent McDowell angoisse à l'idée de rencontrer le juge pour la garde de sa petite nièce, l'équipe se rend sur le lieu d'un meurtre. Un jeune africain vient d'être assassiné, trois balles dans le corps. Medavoy et Jones se rendent au domicile de la victime et découvrent au milieu des morceaux de verre provenant de la fenêtre cassée ; une jeune femme ensanglantée et traumatisée. Rapidement, les agents font le rapprochement avec deux autres meurtres d'africains commis dans la ville... De leur côté, Ortiz et McDowell enquêtent sur une affaire de harcèlement impliquant un médecin...

Sipowicz va à la prison rendre une visite à Frank, il espère pouvoir obtenir des informations sur ses parents et les utiliser au procès afin d'obtenir la garde du bébé. Plus tard, Sipowicz et Clark sont chargés d'enquêter sur le meurtre d'un certain Colin Bogle, lequel fréquentait les salles de pari. Jones, quant à lui, est bien décidé à retrouver la personne qui a attaqué la belle avocate, Valerie Haywood...

Sipowicz décide de se tourner vers Diane Russell, qui travaille sur des affaires d'abus sexuels, espérant qu'elle pourra l'aider à convaincre Adrian de témoigner contre son père... Parallèlement, les détectives Clark, Medavoy, Jones et Ortiz essayent de résoudre le meurtre d'une femme, Lisa Checchi, mortellement frappée à la tête avec un marteau. Rapidement, les officiers interrogent la voisine de la victime qui leur explique qu'elle a entendu une violente dispute provenant de l'appartement de Lisa, le matin du crime...

Les détectives sont à la recherche d'un homme suspecté d'être à l'origine d'assassinats qui touche une minorité de la population. Les détectives orientent leur recherche vers un homme, qui agirait de la sorte pour venger les souffrances subit par son frère, militaire, pendant la première Guerre du Golfe. De leur côté, Sipowicz et McDowell projettent de se marier. Mais bientôt un scandale éclate au commissariat lorsque le capitaine Fraker vient porter de terribles accusations à l'encontre de Sipowicz et Rodriguez...