ミーアキャットの世界に冬が訪れる。ラズライ家に巣穴を襲われてから、シェークスピアの姿が見えない。一家リーダー、フラワーの子供たちを守ろうと闘ったシェイクスピアは、一体何処へ？ラズライ家の優位のオス、ビッグ・サイも襲撃以来、病気にかかり死んでしまったのだ。ラズライ家にはメスのカザンナ目当てでオスたちが押し掛けている。ユーサリアンもウィスカー家を飛び出しカザンナの元へ行くが、先約あり。ラズライ家を追い出されたパンケーキと一夜を過ごすのだった。またしてもカザンナの元へ行くが、コマンドー一味のオスに取られてしまった。

フラワー率いるウィスカー家は、子供たちを初めてのエサ探しにコマンドー一味の縄張りへ連れ出す。ユーサリアンはメスとの交尾の機会を求めラズライ家の庭へ。そこでミッチとビッグウェルと遭遇する。彼らの一番のお目当ては、ラズライ家のメスのリーダー、カザンナだ。あくる日も3匹はラズライ家へ行くが、ミッチとユーサリアンは敵に見つかり、追いまわされる。その頃、ビッグウェルはペニーと仲良くなり、目的を果たしていた。

新たなライバル、コマンドー一味が登場する。彼らは、ウィスカー家の縄張りで一夜を明かした。ウィスカー家、ラズライ家、コマンドー一味の３つが超至近距離に！ゼフォットは敵の臭いに気付き、臭い消しを始める。一方、ラズライ家ではマリリンが子守をしていると、そこへコマンドー一味が現れる。気づいたマリリンは恐れをなして逃げ出してしまう。バブルとスクイークの臭いを嗅ぎながらニキータが捜索。巣穴からバブルを引っ張り出し殺してしまう。そこへカザンナたちが戻ってきたのでコマンドー一味は撤退。赤ちゃんの無残な姿にすっかり元気をなくしてしまうラズライ家。

フラワーはまた妊娠。フラワーは引っ越しを判断する。小さな子供たちを連れての引越しは、危険がいっぱい。妊娠継続中のフラワーには、妥協の余地はない。３匹の娘、キンカジュー、デイジー、モーツァルトは穴掘りを手伝わず、後からこっそり巣穴へ入っていく。そして一家は食事へ出掛けるが、モーツアルトは別行動をとっていた。モーツアルトの元へスティンカーとカルロスが現れる。スティンカーはカルロスを追い払い、モーツアルトと甘いひと時。モーツアルトは恋人との密会のために別行動をとっていたのだ。だけどモーツアルトは男の臭いでバレてフラワーに怒られてしまう。

４週間が経った。モーツァルトは、フラワーによってウィスカー家から追い出されていた。ところが、なんとモーツァルト自身も妊娠していたのだ。スティンカーともあれから会えず、ひとりぼっち。エサも満足に捕れず、独りで生きていくことの大変さを思い知る。フラワーは妊娠で苛立って子供たちが捕った餌を次々と横取り。そして待ちに待った雨が降りだした。巣穴に戻るとフラワーは出産。5匹の赤ちゃんが産まれた。

追放されたモーツアルトは嵐の夜、ひとりで震えていた。ウィスカー家の近くで食事をしているとカルロスが近づいてきた。カルロスの誘惑を振り切るモーツアルト。子守のソフィーとスパットの元へやってきたのはモーツアルトだった。一方、天敵が現れ二手に分かれてしまったウィスカー家。フラワーたちが隠れた巣穴はコマンドー一味の縄張りだった。家路に帰ろうとしているとコマンドー一味に見つかり、緊急用の巣穴に隠れるが、コマンドー一味がどんどん巣穴の中へ入っていく…。絶体絶命！

コマンドー一味を見付けたゼフォッド。だが中に誰がいるのか分からず近づけない。今度はゼフォッドめがけて突進してきた。それを見ていたミッチたちが加勢する。ゼフォッドはすぐに捕まってしまい猛攻撃を受ける。戦いは終り、コマンドー一味は去って行った。巣穴の中のフラワーたちは無事だった。でも助からないミーアキャットがいた…。一方、ウィスカー家の巣穴にやってきたモーツアルトを娘のソフィーとスパットが覚えていた。フラワーたちが巣穴に帰ると、戦った仲間も帰ってくるが、ゼフォッドとミッチの姿がない。そしてモーツアルトはフラワーに許され、家族と過ごす幸せを実感。するとゼフォッドとミッチが帰ってくる。助からなかったのはハンニバルの息子オジーだったのだ。

子守のユーサリアンと赤ちゃんを残し、フラワーたちは食事に出かける。ところがおじのユーサリアンがベビーシッター役を放棄し、出掛けてしまった。ユーサリアンはラズライ家に忍び込み、女の子探し。ラズライ家ではカザンナの子供がコマンドー一味に殺されたので、パンケーキに生まれた子供たちが大事に育てられていた。ユーサリアンは子守のオスにあっさり追い払われてしまう。水場にいるフラワーたちの元にラズライ家が近寄って来た。そして水場をめぐる戦いが始まる。ウィスカー家が勝利し、ラズライ家は撤退。嵐が近付いてきたのでフラワーたちは近くの巣穴に非難。嵐が去り、巣穴に戻るとユーサリアンがいなくてビックリ。赤ちゃんは無事だったので一安心。ユーサリアンはラズライ家に寄り道。ウィスカー家はけん制しにラズライ家の巣穴に向かっていた。それを知らないユーサリアンが近寄ってきて、仲間に追われる始末。敵の領土に入り込んだウィスカー家は、相手に現場を見つかってしまう。

数では負けているウィスカー家は、逃げるしかない。パンケーキと赤ちゃんは無事だった。ラズライ家ではカザンナの娘2匹が妊娠中。また家族が増えるだろう。フラワーたちは報復を恐れ引っ越しを決行する。夕方、ユーサリアンを追っていった仲間たちが巣穴に帰ってくるが、フラワーたちがいないので引っ越ししたことに気付く。その頃、フラワーたち10匹は新しい巣穴に到着。引っ越しから1週間経つが、離れてしまった家族と会えずにいた。フラワーたちが食事を摂っていると、離れていた家族と再会。そしてフラワーはまた妊娠と、嬉しいこと続き。だが、モーツアルトも妊娠しているのだ。

妊娠中のフラワーとモーツアルトは気が立っている。モーツァルトは、ウィスカー家における自分の力を強めようとし、デイジーをイジメ始める。ついにモーツアルトはデイジーを追い出してしまった。フラワーはその様子を知っているが静観しているだけ。デイジーはひとりぼっちになってしまい、脅えていた。ついにフラワーはモーツアルトに噛みつき制裁を加える。これでデイジーは戻れることになった。その頃、巣穴ではユーサリアンが子守（なんか不安）。ナツメグ、アポロ、ペッパー、アシーナは大人しくしているが、ブロッサムは離れてどこかへ行ってしまう。子供たちを置き去りにしてブロッサムを捜しに行くユーサリアン。なんとか見付け巣穴に連れ戻すことが出来た。

この数十年なかったほどの大量の雨が、ここカラハリ砂漠に降った。背の高い草が生え、花も咲き始めている。食料は豊富だが、草が伸びて体が見えにくくなってしまう。そんな中、ブロッサムが草むらの中で迷子になってしまう。一家は少し離れた場所でエサ探し。ミッチが草むらに入っていくが、ブロッサムを見付けることなく、食事を終え家族の所へ戻ってしまう。家族は誰もブロッサムがいないことに気付いていないのだ。帰る途中、一家はウタオオタカを見付け木の陰に隠れていると、タカが狙ったのは草むらから出てきたブロッサムだった。一家はブロッサムを失い、悲しみの中にいた。

ウィスカー家に新しい家族が増えた。フラワーに赤ちゃんが産まれたのだ。だがこれは、モーツアルトとお腹のなかの赤ん坊たちにとっては、複雑な状況だった。群れにはもう、新たな家族を増やせるだけの余裕がないのだ。食事に出かけた一家は、フクロウの羽を見付け大騒ぎ。その隙にモーツアルトがいなくなっていた。彼女は巣穴に戻り、フラワーの赤ん坊に危害を加えることはなく、一休みしていた。フラワーの赤ちゃんたちが産まれて3週間。シリー、シュリー、ビンゴは初めてのエサ探し。モーツアルトは前夜、出産したばかりでまだ起きてこない。フラワーは構わずみんなを引き連れ食事へ出掛けてしまう。フラワーたちは夕方になり、家とは逆方向へ走り始める。フラワーが引っ越しを決めたのだ。そうとも知らずモーツアルトはじっと家族の帰りを待っていた。

ミーアキャットの世界に、再び冬がやってきた。食べ物を求めてライバルのコマンドー一味はウィスカー家の縄張りに侵入。ウィスカー家の縄張りを奪おうと企んでいるのだ。モーツアルトは今日もみんなの帰りを待っているが、空腹に耐えられず子供を残してエサ探しに出かけてしまう。一方、フラワーたちは食事中にワシが現れ緊張状態。その頃、コマンドー一味はウィスカー家の巣穴を発見。空家だと通り過ぎようとした時、赤ちゃんの泣き声に気付く。ニキータが先陣切って中へ入っていく。次々とモーツアルトの子供が殺されてしまう。少し離れた場所の巣穴に戻ったウィスカー家。敵のコマンドー一味はすぐそばまで来ている。無事に厳しい冬を乗り越えられるのか？