Sesongpremière - En såret Agent Cooper ser syner av en kjempe, som gir ham flere hint om drapet på Laura Palmer. Shelly og Pete kommer seg etter brannen i møllen, men Josie og Catherine er savnet.

Ronette blir angrepet på sykehuset av en ukjent person. Jean Renault, broren til Jacques og Bernard, planlegger å bruke Audrey for å utpresse Ben Horne. Donna møter Harold Smith, en einstøing som var venner med Laura.

Leland innrømmer drapet på Jacques Renault. Andy vil foreta en ny sædanalyse. Ryktet sprer seg om at en matkritiker er på vei til Twin Peaks. Jean ber Ben om å legge en felle for Cooper i bytte mot Audreys liv.

Cooper oppdager at han har glemt beskjeden under sengen sin. Shelly og Bobby pleier Leo. Sternwood avgjør at Leo er strafferettslig utilregnelig. Nadine kommer hjem og tror hun fremdeles går på high school.

James redder jentene fra en opprørt Harold. Cooper tar Audrey med hjem. Bobby og Shelly oppdager at forsikringsplanen deres har slått feil. Donna prøver å overbevise Truman om at Harold Smith har Lauras hemmelige dagbok.

Cooper og den enarmede mannen inspiserer gjestene ved Great Northern. Hawk finner Harold Smiths lik, et mystisk selvmordsbrev, og en opprevet dagbok. Leo snakker med Bobby om "nye sko".

Donna og James lurer på hvorfor Maddy dro så plutselig. Normas mor ankommer med store nyheter: Hun har giftet seg på ny med Ernie Niles. Cooper forteller Leland at de har arrestert Ben Horne for drapet på Laura.

Albert kommer tilbake for å undersøke Maddy. Cooper ber om et døgn for å fullføre saken. James og Donna bestyrker sin kjærlighet. Andy leder ved et uhell Donna og Cooper tilbake til Mrs Tremonds hus.

Leland blir lagt til hvile, og Sarah prøver å akseptere alt som har hendt hennes familie. Dr Jacoby vender tilbake fra Hawaii. Cooper gjør seg klar til å forlate Twin Peaks. Borgermester Milford har innvendinger mot sin brors forlovelse til en yngre kvinne.

Mrs Briggs snakker om sin ektemanns forsvinning i skogen. Nadine begynner på brytelaget, hvor hun faller for Mike Nelson. James blir ansatt av en mystisk og rik kvinne ved navn Evelyn Marsh. Dick tar den unge, foreldreløse Nicky under sin vinge.

Ben tar Bobby under sin vinge i et forsøk på å knuse Hank og Jean, men Bens mentale helse er i ferd med å kollapse. Cooper ønsker å kjøpe fast eiendom. Major Briggs' overordnede avslører at Briggs undersøkte radiosignaler fra skogen.

Major Briggs husker ingenting om hvordan han ble bortført, men har nå en merkelig tatovering på halsen. Andy og Dick bryter seg inn for å finne Nickys arkivdokumenter. Mike og Nadine innleder en affære. Shelly og Bobbys kjærlighet er anstrengt. Evelyn ber James om å drepe ektemannen hennes.

Windom Earle har tatt sitt første offer i det dødelige sjakkspillet. Audrey forteller Bobby at de må redde Ben fra sin borgerkrigsfantasi. Leo våkner og angriper Shelly, men Bobby klarer å avverge det.

Politiet ser etter James for drapet på Marsh. Bobby og Shelly forteller Truman at Leo har flyktet, og Bobby avslører at han så Hank skyte Leo den kvelden møllen brant ned. Albert vender tilbake til Twin Peaks med informasjon om Windom Earle.

Truman setter Hank i fengsel for drapsforsøket på Leo, mens Hank beskylder Josie for drapet på Andrew Packard. Albert avslører at Josie skjøt Cooper. Ben ber om hjelp av John Justice Wheeler for å legge en stopper for Ghostwood-planene.

Harry faller inn i en dyp depresjon etter Josies død. Josies lik gir flere spørsmål enn svar. Normas vanskeligstilte søster Annie ankommer Twin Peaks. Wheeler og Audrey finner tonen. Coopers patt ergrer Earle.

Harry blir angrepet av Jones mens han sover. Audrey og Wheeler innleder et forhold. Gordon Cole vender tilbake med en rapport om at Windom Earle samarbeidet med major Briggs på Prosjekt Blåbok. Cole får Cooper gjeninnsatt i FBI.

Cooper og gjengen finner den mystiske helleristningen. Windom Earle blir venn med en ung rock 'n' roll fyr og forteller historier om steder som heter White og Black Lodge. Pete hjelper Catherine med den første pusleesken.

Bobby og Shelly bestyrker sin kjærlighet. Cooper samler Shelly, Donna og Audrey for å advare dem mot Earle. Briggs viser Cooper et opptak av Windom Earles rapport om hans søken etter den sorte stuen.

Windom Earle setter "Miss Twin Peaks"-konkurransen som sitt mål. Lucy velger en far for spedbarnet sitt. Leo blir straffet når han slipper fri major Briggs. Cooper finner nøkkelen til å tre inn i den sorte stuen. Annie og Dale forplikter seg til hverandre.

Sesongavslutning - Agent Cooper følger Windom Earle og Annie inn i den sorte stuen. Store-Ed og Norma blir sjokkert når Nadine får en hodeskade. Andrew og Pete åpner Eckhardts siste pusleeske, mens Audrey planlegger sivil ulydighet.