クーパーが片腕の男を連れ、グレート・ノーザン・ホテルの捜索が始まるが、ベンジャミン・ホーンが入ってくると、片腕の男は苦しみだして失神してしまう。ハロルドはドナにだまされたことにショックを受け、自殺をしていた。そんな折、紙くずの中からローラの日記が見つかるが、それを読んだクーパーはホーンを保安官事務所に連行する。するとそこにマーガレットが現れ、クーパーに謎めいたメッセージを残す。

ジョシーはハリーに、香港時代の恩人で愛人でもあったエッカートに、香港に戻るよう脅されていたと告白する。一方、クーパーの部屋に、ウィンダム・アールの次のチェス問題とテープが届く。さらに彼の車からはコカインが見つかり…。そんな中、ジョシーは夫・アンドルーを殺したのがエッカートであることをキャサリンに告げようと、ブルー・パイン・ロッジを訪れる。ジョシーが去るとキャサリンの前に死んだはずのアンドルーが現われ…。

ジョシーの死後、ハリーは深く落ち込んでいた。ジョシーの死体は疑問に包まれていた。一方、アールは引き分けのステイルメイトを目指すクーパーのチェスに激怒し、ドク・ヘイワードの旧友の名をかたってドナに小さな箱を渡す。その頃、ダイナーのダブルRでは、店主ノーマの妹・アニーが修道院から戻ってきていた。クーパーは彼女に好意を持つが……。そしてある晩、エッカートのアシスタントの女性がハリーのベッドに潜り込み……。

ハリーが寝てる間にジョーンズに襲われるが、何とか難を逃れ、クーパーもようやく停職が解ける。その頃、森の小屋では、アールがレオに3枚のカードを引かせていた。クローバーのクイーンはドナ、ダイヤがオードリー、スペードがシェリー、そしてスペードのキングはクーパーを表すと告げるアール。さらに、ハートのクイーンであるミス・ツイン・ピークスには死が待っていると予告し……。そんな中、クーパーはバーで出会ったアニーの手首に、傷跡があることに気づく。

クーパーはハリーに、恐怖がジョシーの死を招いたのだと話すが盗聴していたアールはそれを聞いて喜びの表情を浮かべる。一方、ミス・ツイン・ピークスのコンテストで行うスピーチに悩んだアニーは、クーパーの部屋を訪れる。そしていよいよ、ロードハウスではミス・ツイン・ピークスの選考が始まる。アニーはスピーチを評価されて見事に栄冠に輝くが、その瞬間、会場の明かりが消える。それと同時に変装したアールが現われ……。

アールに誘拐されたアニーは森の赤いカーテンの向こうへ連れ去られていた。一方、これまで謎だった“フクロウの洞窟”の絵が森の地図だと判明し、クーパーたちは絵を頼りにグラストンベリー・グローヴに向かう。ようやく目的地に到着したクーパーは、ひとりでブラック・ロッジの赤い部屋に入っていくが、その部屋には、なぜかクーパーの知り合いが大勢いて……。翌日の夜、クーパーとアニーは赤い部屋から解放されるが……。

ローラ・パーマーがクーパー捜査官に「２５年後に会いましょう」と告げたまさにその２５年後。ツイン・ピークスでは副所長になったホークに丸太おばさんから「クーパーと関係する何かが行方不明」と連絡が入る。同じ頃、全米各地で怪事件が発生し…。

不倫相手の殺害容疑で逮捕されたウィリアム。Mr.Cはウィリアムの秘書から“何かの座標”の情報を掴もうとするが、手下の二人は裏でMr.Cを殺そうとしていた。一方、赤い部屋ではローラがクーパーに「もう行っていい」と告げる。

リチャードはひき逃げの目撃者ミリアムを襲う。さらに告発の手紙もチャドに捨てられ、犯人は分からずじまいに。ダンカンはカジノのミッチャム兄弟に、放火で全焼した彼らのホテルの保険金が、ダギーのせいで下りないとウソを伝え…。

ゴードンらはウィリアムの案内で少佐に会った場所を訪れ、捜していた“あるもの”を発見。車内にいたウィリアムは突然撃たれるが、ダイアンは車に近づく妙な男を見る。ラスベガスではミッチャム兄弟がダギーを殺そうとする。

ジャコビーの演説に感銘したネイディーンはエドを解放、遂にノーマと結ばれる。Mr.Cはフィリップの声と再会しジュディの正体を尋ねるが、ある数字を告げられる。ダギーは映画の言葉「ゴードン・コール」に反応しフォークをコンセントに挿し…。