Après des années d'internement dans un hôpital psychiatrique, Zack Addy est relâché et en profite pour kidnapper Bones. Mais Booth, qui connaît bien son mode opératoire, finit par les retrouver. Zack clame son innocence, et il pourrait dire vrai. En effet, le corps sectionné d'une nouvelle victime âgée de 20 ans est retrouvé. Quant au «Marionnettiste», il est apparemment toujours dans la nature...

Un spécialiste en intelligence artificielle est retrouvé mort dans des bois. Au cours de l'enquête, l'altruisme du scientifique est remis en question.

Les restes d'une personne âgée sont retrouvés dans une décharge sauvage de barils d'acide. L'enquête parmi les résidents de la maison de repos de la victime amène l'équipe du Jeffersonian à réfléchir à leur avenir personnel...

Un corps rongé par les rats est retrouvé dans un parc. Brennan l'identifie vite comme celui d'Aldo Clemens, un ancien sniper de l'unité de Booth devenu prêtre et qui semble avoir sombré dans la drogue. Aubrey a du mal à se concentrer sur l'affaire car son père, criminel en col blanc en fuite depuis des années, est de retour aux Etats-Unis...

Un corps est retrouvé dans un terrain vague, défiguré par cinq coups de fusil. L'équipe du Jeffersonian identifie la victime comme un tuteur particulier pour de futurs élèves d'universités prestigieuses...

Le corps d'une femme âgée sans histoire est retrouvé en forêt. En commençant à enquêter sur la vie de la victime, le FBI découvre qu'elle a été torturée par celui qui traque Booth pour avoir tué un tyran serbe en 1995. La famille de Booth est également visée, notamment Max Brennan et les enfants du couple...

Depuis la mort de son père, Brennan s'enferme dans le travail. Booth essaie de la soutenir mais une affaire l'oblige à partir pour le Canada, où une Américaine a été retrouvée morte échouée sur la côte. L'équipe du Jeffersonian s'inquiète de voir qu'au moment où Booth part, Tim Sullivan réapparaît dans la vie de Brennan...

Hodgins s'est replongé dans l'affaire Gormogon mais il est dans l'impasse et demande l'aide de la seule personne de confiance pour cette affaire, l'ex-psychiatre Gordon Wyatt. Le Jeffersonian travaille sur les restes d'un pilote de derby retrouvé déchiqueté par une moissonneuse...

Un réalisateur de films de seconde zone est retrouvé mort. L'équipe du Jefferson va enquêter sur ce meurtre avec l'aide en grande partie du docteur James Aubrey, auquel Booth a confié les rênes de l'enquête. Pendant ce temps, Brennan va se remettre en question sur son métier et cela va pousser Wendell, un de ses internes, à faire de même...

L'équipe célèbre le mariage de Camille et Arastoo, mais chacun a ses projets pour l'avenir : Aubrey pense à partir pour Los Angeles et Angela attend un 2e enfant. Le lendemain, l'équipe du Jeffersonian est appelée sur une affaire urgente : un corps a été retrouvé et tout indique que Mark Kovac, l'homme qui a tué Max Keenan, s'est évadé grâce à la victime et a une bombe...

Brennan, Booth, Angela et Hodgins ont survécu à l'explosion du laboratoire mais sont coincés dans les décombres...