Na estreia da temporada de BONES, a equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Jason Siedel, um contador do Departamento de Estado cujos restos mortais foram encontrados no ar condicionado de um hotel.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Adam Pak, um consultor de gestão cujos restos mortais foram encontrados comidos por linces.

Pelant está de volta, e a equipe do Jeffersonian quer colocar um fim no controle que ele teve sobre eles, de uma vez por todas.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Charlie McCord, um diretor escolar que, depois de descobrir ter câncer terminal, criou um website onde as pessoas poderiam pagar por seus vídeos motivacionais.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Nancy Handelman, cujo corpo foi descoberto na hora do ensaio para o casamento de Brennan e Booth.

Em sua lua-de-mel em Buenos Aires, Brennan e Booth não conseguem relaxar. Então, ao invés disso, eles decidem ajudar Raphael Valenza, um detetive local e fã dos livros de Brennan.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Sean Nolan, um modelo cujo corpo foi encontrado em uma represa feita por castores.

Brennan está no júri do caso do jogador de futebol profissional Peter Kidman, que é acusado de assassinar sua esposa.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de um cientista de alimentos cujos restos mortais foram jogados em um moedor de carne e misturados em alimentos servidos no restaurante de uma escola.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de uma ginasta internacional, cujos restos mortais foram atingidos por um raio e espalhados por um parque público.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Lana Brewster, uma garota cujos restos mortais foram entregues na casa de Brennan e Booth por alguém que acredita que sua morte, 18 anos antes, não foi um acidente.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Colin Haynes, um cantor country cujos restos mortais foram encontrados em uma cova rasa.

Quando a equipe do Jeffersonian descobre o corpo de um famoso mestre do xadrez com poucos amigos em um tanque de comida para porcos, Sweets surpreende a equipe com suas habilidades no jogo e se disfarça no mundo do xadrez.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de Lauren Frank, uma vítima de sequestro cujos restos mortais foram encontrados enterrados em um parque.

Quando um informante da CIA é encontrado morto, Booth e o agente da CIA Danny Beck devem trabalhar juntos para encontrar um terrorista afegão.

Os restos mortais de um homem são encontrados em uma fossa séptica, e a equipe do Jeffersonian deve trabalhar para descobrir quem é o assassino.

Quando um ator de programa infantil é encontrado morto, a equipe do Jeffersonian visita os bastidores para descobrir quem assassinou o personagem favorito de todos, "Carrot Bill".

Quando Todd, um rico colecionador, caminha em seu próprio funeral, a equipe do Jeffersonian deve descobrir a quem os restos mortais cremados pertencem.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de uma jovem mulher que consumia maconha medicinal e trabalhava em um dispensário. Booth, que desaprova todo uso de drogas, acha este caso problemático.

A equipe do Jeffersonian investiga o assassinato de uma mulher cujo corpo foi encontrado em um pântano. A equipe percebe que o corpo estava congelado criogenicamente antes de ser descartado.

Um corpo encontrado na floresta pode ser a mais recente vítima do Assassino Fantasma, e Brennan fica furiosa quando Cam não a deixa trabalhar neste caso.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Brian Thomas, o treinador-chefe de natação da faculdade comunitária, cujos restos mortais foram encontrados jogados no fundo de um poço.

A equipe do Jeffersonian investiga a morte de Wesley Foster, escritor em um blog de conspiração que tinha uma reunião com Booth para discutir um caso anterior logo antes de sua morte.