В премьерной серии команда Джефферсона расследует убийство Джейсона Сиделя, бухгалтера Государственного департамента, чьи останки были найдены в отеле, в блоке системы кондиционирования. Когда Бут находит своего старого армейского приятеля и агента ЦРУ, Дэнни Бека, который уничтожает улики на квартире жертвы, он начинает понимать, что в убийстве Сиделя больше подозреваемых, чем ожидала команда. Бут также разыскивает из своего военного прошлого друга и бывшего священника Альдо Клеменса, чтобы получить совет относительно его отношений с Брэннан, теперь, когда Пелант вбил между ними клин. Тем временем Брэннан должна решить, следует ли верить Буту или окончательно разорвать отношения с ним.

Команда Джефферсона расследует убийство Адама Пака, консультанта по вопросам управления, чьи останки были найдены и обглоданы рысями. Когда доказательства приводят команду к сайту брачного уединения, Бреннан и Бут идут под прикрытием, как «Рокси» и «Тони», чтобы попытаться найти больше доказательств. Там они встречают другую супружескую пару - Билла и Эвелин Шумахеров, чьи отношения кажутся чересчур совершенными. Между тем кто-то похищает личность доктора Сароян, а Свитс решает взять отпуск и отдохнуть от ФБР.

Команда Джефферсона расследует убийство Джейми Дель Кампо, члена банды Estrellas Locas ("Сумасшедшие звезды"), чьи останки были найдены в сожженном автомобиле. Тем временем, решив отдохнуть от ФБР после последнего нападения Пеланта на команду, Свитс в конечном счете решает помочь с расследованием, когда обнаруживает, что паренек из центра является сыном одного из членов банды.

Пелант вернулся, и члены Джефферсоновской команды хотят раз и навсегда положить конец его игре. Когда по последней воли покойного в институт для исследований доставлено его тело, команда разрабатывает план с помощью специального агента Хайеса Флинна, который заключается в том, чтобы представить труп как жертву Пеланта, тем самым завладев вниманием убийцы и дезориентировать его. Однако тщательно разработанный план имеет неприятные последствия, когда Пелант оказывается на шаг впереди, в результате чего погибает близкий человек Бута. Между тем Свитс возвращается из отпуска и убежден, что агент Флинн не тот человек, за которого себя выдает.

Команда Джефферсона расследует убийство Чарли МакКорда, директора средней школы, который несмотря на последнюю стадию рака создал сайт, на котором желающие могут приобрести воодушевляющие видеозаписи. Когда команда находит подозрительное видео, где Чарли ударяет в лицо бывшего чемпиона UFC в полутяжелом весе Чака Лиддела, оно приводит команду к предсмертному списку Чарли, который помогает им ближе подобраться к разгадке. Между тем Бреннан и Бут наконец начинают планировать свадьбу, а Свитс может быть заменен виртуальной системой профилирования.

Свадьба Брэннан и Бута уже близко, но убийство и семейные дела могут помешать торжеству. Тело найденное во время репетиции свадьбы угрожает отвлечь внимание Брэннан от праздника, поэтому Кэм и Анжела делают все возможное чтобы отвлечь Брэннан от расследования дела. Между тем, Макс приезжает в город на свадьбу, но привезенная сумка с деньгами указывает на то, что у него есть другие заботы кроме проведения невесты по проходу. А Ходжинс устраивает тотализатор на то, когда Бут и Брэннан отменят свадьбу.

Во время медового месяца в Буэнос Айрес, Бреннан и Бут не могут просто отдохнуть в отпуске. Итак, они решили помочь Рафаэлю Валенза - местному детективу и большому фанату книг Бреннан - раскрыть тайну нацистского преступника, чьи останки были найдены в исторической братской могиле. В это время в Вашингтоне Ходжинс и Энджела присматривают за Кристиной, пока Бреннан и Бут в отъезде.

Команда Джефферсона расследует убийство фотомодели Шона Нолана, из скелета которого бобры построили плотину. В процессе расследования выясняется, что убитый был преуспевающим донором спермы. Тем временем доктор Бреннан затевает "книжную войну" с другой писательницей, а Ходжинс полон решимости выносить личинок овода в своей шее.

Бреннан идет присяжной по делу профессионального футболиста Питера Кидмана, который обвиняется в убийстве своей жены. Когда она приходит к выводу, что подозреваемый не виноват, его лучший друг - человек, который является ключевым свидетелем по делу, оказывается мертв. Команда Джефферсона должна работать вместе, чтобы расследовать дело.

Команда Джефферсона расследует убийство диетолога, чьи останки были брошены в мясорубку, а позже были поданы в школьной столовой из банки тушеного мяса. Когда команда раскрывает продовольственное изобретение самого прогрессивного и прибыльного ученого, они также отслеживают след ревнивых конкурентов в многомиллионной пищевой промышленности. Тем временем Анджела планирует предсвадебный девичник Бреннан, который становится более сумасшедшим, чем планировался изначально.

Команда Джефферсона расследует убийство гимнастки, чьи останки были поражены молнией и разбросаны по всему общественному парку. Хотя улики указывают на подругу гимнастки, делая ее главным подозреваемым, Бреннан и Бут обнаруживают, что жертва вела двойную жизнь. Между тем Бут озадачен, когда Бреннан выказывает сочувствие отцу жертве. А Кэм противостоит женщине, которая украла ее личность.

Команда Джефферсона расследует смерть Ланы Брюстер, девушки, чьи останки были подброшены к дому Бута и Бреннан кем-то, кто не считает ее смерть восемнадцать лет назад случайной. Когда команда обнаруживает, что Лана была убита, а ее смерть была скрыта, люди из ее прошлого становятся ключевыми подозреваемыми, включая бывшего бойфренда, который к тому же был другом Ходжинса. Между тем Бреннан снова думает о злом гении Пеланте, и о более гнусном убийце, который может быть связан со смертью Ланы.

Команда Джефферсона расследует смерть Колина Хейнса, певца кантри, чьи останки были найдены в неглубокой могиле. Когда команда узнает о музыкальной карьере жертвы, они сталкиваются с его лейблом, который вел не совсем честные деловые отношения со своим клиентом. Между тем, когда Вендалл Брэй во время хоккейной игры ломает руку, Бреннан более тщательно рассматривает его травму и делает шокирующие открытия.

Когда команда Джефферсона обнаруживает тело известного шахматиста среди помоев, Свитс удивляет всех своими шахматными навыками и под прикрытием отправляется на поиски убийцы в мир профессиональных шахматистов. Кэм отмечена в научной публикации «Выдающаяся женщина науки», но не решается принять участие, так как не хочет обидеть Брэннан, которая полагает, что это ее должны чествовать. Между тем к большому раздражению Бреннан, доктор Дуглас Филмор, позитивный судебный ортопед из Канады, появляется в лаборатории в качестве стажера.

Команда Джефферсона расследует убийство похищенной Лорен Франки, чьи останки были найдены в парке. Но когда обнаруживается, что отношения Лорен с мачехой были натянуты, команда начинает подозревать, что убийцей может быть человек, который был ближе с девушкой, чем предполагалось вначале. Между тем Ходжинс раскрывает шокирующую тайну о своей семье. А Бут и Бреннан сталкиваются с общей дилеммой относительно их семейного бюджета.

Останки коллектора найдены в канализационном отстойнике, и команда Джефферсона должна объединиться, чтобы узнать личность убийцы. Когда команда узнает, что у жертвы было трудное прошлое, главные свидетели из его прошлых дней становятся подозреваемыми. В это время, симпатичный и обаятельный Рудольф Фуэнтес сбежал с Кубы, где он был судебным антропологом, и теперь нуждается в стажировке чтобы закончить свой ученую степень. Бреннан соглашается дать ему шанс как интерну на время дела, а также Бреннан и Бут обсуждают, должна ли Кристина получить религиозное воспитание.

Когда актер детского ТВ-шоу найден мертвым, команда Джефферсона попадает за сцену, чтобы узнать, кто убил всеми любимого персонажа "Морковку Билла". Но когда команда обнаруживает что актер был известен за свою распущенность, начинают появляться маловероятные свидетели. В то же время, Бут и Бреннан планируют праздник на первый день рождения Кристины, а Кларк спрашивает мнение команды о его только что написанном романе.

Когда Тодд, богатый коллекционер экспонатов, приходит на свои собственные похороны, команда Джефферсона должна выяснить, кому принадлежат кремированные останки на похоронах. Расследование осложняется, когда команда определяет что в урне находятся три разных набора останков. В то же время, Финн наслаждается своим новообретенным богатством от его с Ходжинсом затеи с острым соусом, но его сердце разбивается когда Мишель обращается к нему с сокрушительными новостями.

Команда Джефферсона расследует смерть девушки, исключенной из школы искусств и болеющей волчанкой, чьи останки были найдены в бревне в лесу. Когда команда узнает о том, что жертва использовала марихуану для облегчения боли, их открытие приводит их в аптеку в которой работала жертва, и раскрываются новые шокирующие подробности, которые могли привести к смерти. В то же время, интерн Вэндалл Брэй возвращается, начав лечение рака, и работая над делом, он начинает рассказывать о своей болезни ошеломляющие подробности. Также, Бут готовится к своим тестам на компетентность в ФБР.

Команда Джефферсона расследует убийство женщины, чьи останки были найдены в болоте. Когда команда выясняет, что её тело было криогенно заморожено перед тем как от него избавились, становится известно о центре криосохранения, где команда узнает больше о личной жизни жертвы. В то же время, Кэм настроена встретиться с родителями Арасту, а Буту представляется шанс на повышение, который может привнести разлад в его семью.

Команда Джефферсона расследует смерть Стефани МакНамара, дочери богатой семьи, чьи останки были найдены в национальном парке. Когда команда углубляется в обстоятельства смерти жертвы, улики ведут их к предположению, что она может быть последней жертвой Убийцы Призрака, и команда находит неожиданную связь с предыдущей жертвой. В то же время, заместитель директора ФБР проявляет особый интерес в высоко-профильном деле команды, а карьера Бута может подвергнуться изменениям.

Команда Джефферсона расследует смерть Брайана Томаса, главного тренера по плаванию в общинном колледже, чьи останки были найдены на дне колодца. Когда возможные подозреваемые сообщают Бреннан и Свитсу что Брайан возможно изменял своей жене, команда раскрывает подробности тайной жизни Брайана. В это время, Свитс заменяет Бута в расследовании, пока Бут готовится свидетельствовать перед подкомитетом Конгресса, а в команде Джефферсона появляется новый интерн, которая привлекает внимание Свитса.

В финальной серии команда Джефферсона расследует смерть Уэсли Фостера, блоггера, пишущего о теории заговора, который хотел встретиться с Бутом чтобы обсудить предыдущее дело, но преждевременно скончался. Понимая, что тот кто убил Фостера, не хотел чтобы тот поговорил с Бутом, команда должна попытаться вычислить, кто стоит за убийством, и насколько предыдущее дело связано с ним. В то время, как Бут и команда Джефферсона углубляются в разрастающийся заговор, окружающий смерть мужчины, становится очевидным ,что Бут ввязался в что-то выше его понимания, и что его будущее в ФБР ставится под вопрос.