Uplynulo už niekoľko mesiacov a Dr. Brennanová je ešte stále na úteku pred FBI, pretože geniálny zločinec Christopher Pelant na ňu nastražil falošné dôkazy, podľa ktorých je vrahyňou. Na úteku jej pomáha otec Max. Zvyšok jeffersonského tímu a agent Booth sú presvedčení, že Pelant zmanipuloval kľúčové dôkazy, ale nevedia to zatiaľ dokázať. Napokon ich anonymný tip privedie k pozostatkom vysokoškolského poradcu, ktoré môžu byť kľúčom k dokázanie Brennanovej neviny...

Agent Booth vyšetruje prípad spáleného tela. Obeťou je rozvodový právnik, ktorý mal veľa nahnevaných či nespokojných klientov. Je treba hľadať páchateľa medzi nimi? Dr. Brennanová, ktorá bola niekoľko mesiacov na úteku pred FBI ako podozrivá z vraždy, sa už vrátila domov. Falošné dôkazy, ktoré na ňu nastražil geniálny zločinec, aby vyzerala ako vrahyňa, vedci z jeffersonského ústavu spochybnili a dokázali, že sú podvrh. Booth s Brennanovou skúšajú žiť spoločne pod jednou strechou. Majú plno nedorozumení a sporov ohľadom pravidiel spoločného života či chodu ich spoločnej domácnosti. Sú to nové skúsenosti pre oboch z nich a chvíľu potrvá, kým si na nové pravidlá zvyknú.

Pri explózii auta v podzemných garážach zahynie muž. Na mieste činu ostane nepopísateľný neporiadok, zápach a špina. Po identifikácii mŕtveho však Dr. Brennanová a agent Booth zistia, že obeť výbuchu je stále nažive, nemá najmenší škrabanec a darí sa jej dobre. Napokon vysvitne, že ide o dvoch rôznych mužov, sú to však identické dvojčatá, ktoré o sebe nevedia a nikto z nich netuší o existencii toho druhého. Okrem zarážajúcej podoby majú spoločnú ešte jednu životnú črtu. Obaja sú nešťastne ženatí, ich despotické dominantné manželky ich držia pod papučou, týrajú ich, ponižujú a jedna z nich sa dokonca ani netají, že by svojho manžela Roberta Carlsona rada videla mŕtveho...

V zoologickom parku Animal Expo zavraždia zamestnanca Jareda Drewa. Dr. Brennanová a agent Booth vypátrajú, že sa zaplietol do pašovania a nezákonných obchodov s exotickými zvieratami. Medzitým sa Dr. Brennanová vážne zaoberá myšlienkou, že by z nej bola skvelá kandidátka na post prezidenta. Kým napätie a rozbroje medzi Brennanovou a Boothom sa už konečne upokojili, Dr. Sweets a Daisy nie sú spokojní s úrovňou ich vzťahu a dohodnú sa, ako situáciu vyriešia. Prijmú závažné rozhodnutie o zmene v ich vzťahu...

Jeffersonský tím vyšetruje smrť ženy, ktorej telo našli zmrzačené a odhodené v mestskom kontajneri. Medzitým agent Booth ponúkne Dr. Sweetsovi, ktorý je frustrovaný z rozchodu s Daisy, aby býval uňho a Dr. Brennanovej, kým si nenájde nový byt. Nikto z trojice netuší, aké problémy to prinesie...

Dr. Brennanovú fascinuje basketbal a základné koncepcie filozofie „tímovej práce" Phila Jacksona, ktoré sa za ním skrývajú,. Preto povolá päť svojich najlepších stážistov – Clarka Edisona, Finna Abernathyho, Colina Fishera, Wendella Braya a Arastooa Vaziriho a vyzve ich, aby identifikovali pozostatky, ktoré sú považované za neidentifikovateľné. Počas vyšetrovania stážisti odhalia identitu muža, ktorý zomrel na následky teroristických útokov z 11. septembra. Odhalenie poháňa Jeffersonský tím, aby zistil, či šlo o páchateľa alebo obeť...

Jeffersonský tím vyšetruje smrť odborníka na čistenie miesta činu, ktorého pozostatky našli tajomne zapečatené do nepreniknuteľného krytu, ktorý more vyplavilo na pláž. Medzitým sa Angela s Hodginsom dozvedia o tajnom milostnom romániku, do ktorého je zapletená Cam...

Jeffersonský tím vyšetruje smrť mladého chlapca, ktorého duša sa s nimi rozpráva, akoby bol stále nažive. Navštívi ich Angelina psychotronička a médium Avalon Harmoniaová a tvrdí, že obeť si ju zavolala, aby pomohla s vyšetrovaním. Pokúsi sa pomôcť duši zosnulého prejsť na druhú stranu. Každý z tímu začne pochybovať o svojej viere a uvažovať o živote po smrti...

Jeffersonský tím vyšetruje smrť profesionálnej tanečnice spoločenských tancov, ktorú zavraždili tri dni pred konkurzom do populárnej tanečnej šou. Agent Booth s Dr. Brennanovou chcú preniknúť medzi súťažiacich, pretože predpokladajú, že niekto sa chcel zbaviť konkurentky. A tak sa v prestrojení za tanečníkov zúčastnia súťaže, aby mohli slobodnejšie hľadať potenciálnych podozrivých. Temperance Brennanovej sa tancovanie mimoriadne zapáči...

Jeffersonský tím vyšetruje vraždu známeho archeológa s pochybnou reputáciou, ktorý tesne pred smrťou urobil veľký objav. Dr. Brennanová a Dr. Edison sa hádajú o opatrovníctvo starých kostí, ktoré nie sú len vedeckou kuriozitou, ale tiež predstavujú záhadu tisíc rokov starej vraždy. Temperance je frustrovaná, pretože malá Christine nemá záujem o hru, ktorú pre ňu vymyslela, čo vedie Sweetsa k obavám, že Brennanová je príliš súťaživí a na dcéru bude vyvíjať príliš veľký tlak...

Hodginsa a Angelu niekto zdrogoval a oni sa prebudili so skrvavenou mŕtvolou visiacou z baldachýnu ich postele a okolo postieľky ich syna Michaela našli roztrúsené okvetné lístky, uverili, že sa Pelant vrátil, aby sa pomstil Hodginsovi. Aj keď chce Hodgins ísť po Pelantovi priamo, agent Booth vie, že najlepšie je pracovať v súlade so systémom a protokolom. Medzitým Jeffersonský tím zistí, že mŕtvy bol agentom špeciálnej jednotky pracujúcej pre svetovo najväčšieho dodávateľa žoldnierov. Angela a Hodgins sa rozhodnú vyšetrovať bez zvyšku Jeffersonského tímu v záujme svojej rodiny...

Jeffersonský tím vyšetruje pozostatky dvoch tiel, ktoré našli pochované v rovnakom hrobe. Jedno z tiel patrí pacientke s rakovinou a druhé jej „ošetrovateľke", ktorá ju sprevádzala vo všetkých štádiách jej choroby. Dr. Brennanová a agent Booth na základe vyšetrovaného prípadu začnú preberať svoje individuálne možnosti posmrtného vyrovnania každého z nich...

Na jatkách nájdu rozštvrtené telo mladej ženy. Podľa identifikácie ide o šampiónku súťaže v korčuľovaní. Dr. Brennanová a agent Booth rozbiehajú vyšetrovanie a Angelu v prestrojení za korčuliarku prihlásia na derby, aby získali viac odpovedí. Medzitým sa Cam snaží odhaliť, čo sa skrýva za Boothovými tajnými návštevami nemocnice...

Dr. Brennanová pracuje v noci v Jeffersonskom ústave a postrelí ju votrelec. V kritickom stave ju prevezú do nemocnice. Temperance bojuje nielen o svoj život, ale v stave klinickej smrti bojuje s víziami svojej zosnulej matky, čo sa vzpiera jej zvyčajnej logike. Jeffersonský tím sa ponáhľa, aby čo najskôr prípad vyriešil a odhalil páchateľa. Dôkazy jasne naznačujú, že útočník môže byť niekto, kto je v spojení s ústavom...

Jeffersonský tím vyšetruje pozostatky 15-ročného chlapca. Hoci ho jeho matka a blízki priatelia vnímali ako inteligentného mladíka so zlými spoločenskými schopnosťami, tím zistí, že zdanlivo nevinný chlapec bol v skutočnosti zapletený do ilegálnych aktivít a pred dvoma týždňami sa zúčastnil stredoškolského večierka, kde brali drogy. Vyšetrovanie naberie obrat k horšiemu,, keď sa neplnoleté dievča prizná, že ju znásilnil. Michelle medzitým presviedča zdráhajúceho sa stážistu Finna Abernathyho, aby pred Cam zatajil jej víkendovú návštevu...

Do Jeffersonského inštitútu nastúpi veľmi vzdelaný stážista, Dr. Oliver Wells. Jeho rýchle učenie a nadšenie vybudí Dr. Brennanovú natoľko, že sa jej dostane pod kožu svojimi výstrednými, ale nepopierateľnými postrehmi, čo spôsobí, aby skúsila byť vnímavejšia ohľadom mnohých vedeckých otázok. Agent Booth má obavy, že môže zájsť až príliš ďaleko, keď prijme možnosť cestovania v čase ako fakt pri vyšetrovaní vraždy...

Jeffersonský tím vyšetruje smrť Symchaya Conteha – mladého muža, ktorého pozostatky objavili v bareli na likvidáciu nebezpečného odpadu, plnom mydla. Zistia, že Conteh bol černoch vyrastajúci v Afrike, detský vojak z občianskej vojny, imigrant zo Sierra Leone, ktorý v USA pracoval na viacero čiastočných úväzkov, aby sa uživil. Prežil vo vojne v Sierra Leone, prečo neprežil v USA? Keď sa tím ponára hlbšie do vyšetrovania, Cam a Arastoo prichádzajú k záveru, že je čoraz ťažšie udržať ich vzťah v tajnosti. Dr. Brennanová a agent Booth sa snažia vybrať si lokalitu na dovolenku. Každý chce totiž niečo iné...

Keď Jeffersonský tím vyšetruje vraždu bývalej námornej seržantky, ktorej pozostatky našli spálené, zistí, že ju prepustili z armády po pästnom súboji s iným príslušníkom námorníctva. Agent Booth spolu s Dr. Sweetsom vojaka nájdu a vypočujú. Muž tvrdí, že Deanna bola posadnutá myšlienkou na apokalypsu, čo vyšetrovateľov privedie ku skupine ľudí pripravujúcich sa na súdny deň, ktorí sa stanú hlavnými podozrivými... Sweets si myslí, že konečne našiel svoj vysnený byt, ale Dr. Brennanová s Boothom nie sú presvedčení, že sa od nich skutočne odsťahuje...

Člena policajného zboru, ktorý v prestrojení vyšetroval sériu bankomatových lúpeží, nájdu mŕtveho v dodávke s balíkom diamantov v jeho znetvorenom tele. Jeffersonský tím teda musí zistiť, či vykrádači bankomatov sú aj vrahmi, alebo bol tajný policajt nepoctivý. Dr. Brennanová je medzitým subjektom dokumentu určeného na zvýšenie finančných zdrojov pre ústav a s ťažkosťami usiluje o to, aby pred kamerou pôsobila sympaticky. A pre prokurátorku Caroline Julianovú možno vo vzduchu pláva láska...

Keď sa nájde telo pochované na kope húb v pivnici, stopa vedie k „Sudkyni Trudy", slávnej televíznej sudkyni, a Jeffersonský tím začne s vyšetrovaním. Dr. Brennanová medzitým odmieta prijať fakt, že Christine môže byť úplne obyčajné dieťa, keď v škôlke pohryzie iné dieťa. Dr. Hodgins použije všetky svoje prístroje a nástroje v ústave, aby chemicky rozobral Finnovu špeciálnu ostrú omáčku...

Jeffersonský tím vyšetruje vraždu Jacka Spindlera, úspešného zamestnanca maklérskej firmy cez deň, a striptéra v noci. Jeho pozostatky našli na demolačnej ploche a členovia tímu uvažujú, prečo Jack, ktorý mal takú úspešnú kariéru, vzal druhú prácu. Keď sa však dozvedia, ako jeho práca ovplyvňovala Jackov osobný život, začnú vypočúvať jeho najbližších ľudí, vrátane kamaráta, striptéra Storma. Medzitým sa nečakane objaví Boothova matka po dvadsiatich štyroch rokoch absencie v jeho živote a vznáša nezvyčajnú požiadavku...

Čiastočne skvapalnené telo nájdu vo vreci na biologický odpad vo veterinárnej odpadni. Je možné, že je nakazené niektorým z virulentných patogénov. Pre jeffersonský tím to znamená, čo najrýchlejšie zistiť, či hrozí smrteľne nebezpečná vírusová epidémia...

Keď sa zločinecký génius Christopher Pelant vráti, aby sa pohral s Jeffersonským tímom pri ich najnovšom vyšetrovaní, tím odhalí, že séria vrážd úzko súvisí s agentmi FBI, blízkymi k Boothovi. Dr. Sweets si postupom času uvedomí, že dôkazy sa mu zdajú akési povedomé. Dr. Brennanová začne objavovať znamenia, že najbližším Pelantovým cieľom je pravdepodobne Booth a zhodnocuje svoj vzťah s Boothom...