Mija 3 miesiące od czasu, jak Bones uciekła przed aresztowaniem. W tym czasie jedynie Angela nieustannie bada dowody, które miałyby oczyścić przyjaciółkę. Podczas swej ucieczki w miejscowości, w której uczył się Christopher Pelant, Bones odkrywa zwłoki zamordowanej przed laty kobiety. Razem z ojcem anonimowo informują o znalezisku FBI. Szczątki ofiary wskazują na dzieło Pelanta, a Angie odkrywa kod, dzięki któremu udowadnia, że nagrania z kamery obwiniające Bones zostało spreparowane. Bones zostaje oczyszczona z zarzutów. Pelant zostaje zwolniony, okazuje się, że najprawdopodobniej spreparował całą swoją przeszłość i oficjalnie jest… Egipcjaninem.

W hotelowym garażu wybucha bomba-pułapka zabijając mężczyznę. Jednak Boot zostaje odsunięty od śledztwa przez prokurator Julian, która poleca mu przygotowanie prezentacji budżetowej. Jeśli Boothowi się powiedzie, ma obiecany awans i podwyżkę. W tej sytuacji śledztwo musi poprowadzić dr Sweets wraz z Olivią Sparling, początkującą agentką FBI. Sparling początkowo odnosi się do Sweetsa lekceważąco, dopiero z czasem nabiera przekonania do jego umiejętności. Ofiara wybuchu okazuje się przypadkowa – mężczyzna miał brata bliźniaka, o którym nie wiedział. Sprawczynią jest żona, która odkrywając, że mąż chce przeznaczyć wszystkie pieniądze na sektę, postanawia wynająć zamachowca. Booth w ostatniej chwili zrzuca przeprowadzenie prezentacji na dr. Saroyan, co kosztuje go utratę awansu. Sam udaje się ze Sweetsem i Sparling, by złapać mordercę. W trakcie strzelaniny Sparling postrzeli Sweetsa, a między tymi dwojga zaczyna powstawać chemia.

Skłócona para której samochód ugrzązł w błocie w makabryczny sposób odkrywa płytko zakopane ciało. Okazuje się, że życie ofiary wywróciło się do góry nogami po utracie rodzinnego interesu, przez co musiał podejmować się prostych prac poniżej swoich kwalifikacji. Podczas, gdy Bones rozważa plusy i minusy pomysłu o swojej kandydaturze na prezydenta USA, Sweets i Daisy mają zamieszkać razem. Sweets zdaje sobie sprawę z tego, że wspólne mieszkanie to ważny krok dla Daisy. Sam nie jest pewny tej decyzji i dlatego podejmuje decyzję o rozstaniu.

Operowy kierowca śmieciarki i jego kolega odkrywają zwłoki ukryte w jednym kubłów. Okazuje się że ofiara prowadziła wraz ze wspólniczką małą przetwórnię owoców w klasycznej rzemieślniczej dzielnicy. Zmasakrowane zwłoki prowadzą ekipę z Jeffersonian do odkrycia drugiego życia ofiary. Podejrzanym jest lekarz, u którego leczyła się kobieta i jej tajemniczy wielki ochroniarz. Sweets cierpi po rozstaniu z Daisy, wprowadza się do Bones i Bootha i jednocześnie szuka nowego mieszkania.

Dr Brennan zaprasza stażystów do udziału w nowym zadaniu, którym jest zidentyfikowanie jak największej liczby nieznanych zwłok. Młodzi antropolodzy sądowi rozpoczynają pracę w laboratorium. Okazuje się, że jedno z ciał to prawdopodobnie człowiek, który został ranny podczas ataku terrorystycznego na Pentagon 11 września 2001 roku. Booth jest wstrząśnięty, bo uświadamia sobie, że mógł znać ofiarę. Być może walczyli razem podczas Pustynnej Burzy. Agent specjalny FBI dociera też do akt policyjnych, które pomagają w identyfikacji ciała.

Na zaśmieconej plaży zostaje znaleziony plastikowy kokon wypełniony ludzkimi szczątkami. Antropolodzy ustalają tożsamość ofiary. To Charles „Lucky” Milner – profesjonalny czyściciel miejsc zbrodni. Jego kochanka, Renee Mitchell, sugeruje śledczym, że mordercą Charlesa może być jego czwarta żona, Lisa. Śledczy przesłuchują także Melvina Carville'a, rywala zmarłego w interesach. Jednak żaden z tropów nie okazuje się być tym właściwym. Śledztwo utyka w martwym punkcie.

Uliczny artysta, który potajemnie zakleja billboardy swoimi dziełami, spada z dużej wysokości na kubeł kleju i ludzkie szczątki. Strzała w głowie denata sugeruje, że doszło do morderstwa. Ślady po operacji szyi pomagają ustalić, że ofiara to Morgan Donnelly, zaginiony przed trzema dniami pracownik firmy telekomunikacyjnej. Booth odwiedza jego byłą dziewczynę. Ta reaguje głośnym śmiechem na wieść o tragedii. Dr Brennan ustala, że Morgan został dotkliwie pobity. Okazuje się, że ofiara była komikiem, Booth musi wziąć udział w wieczorze talentów kabaretowych. Angela odkrywa, że przyklejony do szczątków dziwak, to ukrywający swoją tożsamość pod pseudonimem Zed, utalentowany artysta. Robi on na Montenegro wielkie wrażenie.

W opuszczonej szklarni znaleziono czaszkę. Brennan ze smutkiem stwierdza, że to część ciała dziecka płci męskiej. Do instytutu przychodzi medium. Kobieta uważa, że wezwała ją dusza ofiary. W trakcie badań wychodzi na jaw, że chłopiec miał około 14 lat i został zamordowany. Dopasowanie w bazie zaginionych wskazuje, że ofiara to zaginiony przed dwoma laty Colin Gibson. Brennan i Hodgins analizują dziwne przebarwienia na jego kościach. Gdy okoliczności śmierci chłopca zostają wyjaśnione, medium twierdzi, że Colin pragnie coś przekazać.

W trakcie programu reality show łowca duchów w poszukiwaniu zjawisk paranormalnych zapuszcza się do groty, w której znajduje kościotrupa świecącego w ciemnościach. Badanie kości sugeruje, że ofiarą jest biała kobieta. Uwagę dr Brennan przykuwają uszkodzenia obu stóp. Inne cechy anatomiczne dowodzą, że zmarła była gimnastyczką lub tancerką. Okazuje się, że niedawno zaginęła dziewczyna, która profesjonalnie ćwiczyła taniec towarzyski. Wszystko wskazuje na to, że zamordowano ją trzy dni przed przesłuchaniem do popularnego telewizyjnego show. Booth i dr Brennan decydują się wystąpić w konkursie tańca, by ustalić, kto zamordował dziewczynę. Angela przechodzi kryzys związany z pracą w instytucie, brakuje jej piękna sztuki. Pod wpływem Hodginsa Cam zmniejsza wymiar etatu Angeli, by ta mogła zając się malarstwem.

Spadochroniarz zawisł na dużej wysokości. Na czubku drzewa zauważa szkielet w białym kokonie. Ofiara to James Sutton – osławiony podróżnik i archeolog, znany jako autor popularnych powieści przygodowych. Wdowa po nim, Marina, przychodzi do biura FBI. Wręcza Boothowi klucz do magazynu, gdzie jej mąż schował przywiezione z Rosji kości. Jedne należą do neandertalczyka, a drugie pochodzą od Homo sapiens. Temperance znajduje trzeci szkielet, który może świadczyć o tym, że Sutton dokonał epokowego odkrycia.

Gdy Jack i Angela budzą się z głębokiego snu, zauważają nad łóżkiem wiszące krwawiące ludzkie zwłoki. Uświadamiają sobie, że wrócił Pelant – psychopata, który wcześniej prześladował Brennan i Bootha. Przy łóżeczku dziecka Hodginsów szaleniec zostawił kwiaty, które oni znajdowali na miejscach jego poprzednich zbrodni. Na rozkaz Bootha w laboratorium zostaje zainstalowane dodatkowe zabezpieczenie. Pracownicy instytutu wiedzą, że Pelant sprofanował szczątki ofiary tak, by były dla nich komunikatem. Pelant włamuje się do tajnych systemów FBI i kontroluje działania ekipy z instytutu. Hodgins używa do porozumiewania się z Boothem Enigmy, by nie korzystać z elektroniki. Okazuje się, że Pelant uzbroił wojskowego drona i skierował go na szkołę dla dziewcząt w Afganistanie. Podczas przekierowywania lotu drona, z kont Hodginsa zaczynają znikać pieniądze, Jack musi dokonać wyboru: pieniądze albo życie dzieci. Podczas akcji w siedzibie agentów namiestników – Serpentus, ciężko ranny zostaje Hayes Flynn, agent FBI, który pomaga Boothowi. Pelant postrzelony przez Bootha w twarz, znów ucieka.

Kobieta jadąca na segwayu przez nieuwagę upada wprost na fragment czaszki wystający z ziemi. Bones przeprowadzając oględziny odkrywa że w ziemi znajdują się dwie ofiary. Dzięki identyfikacji okazuje się że jedną z nich była śmiertelnie chora kobieta chcąca być pochowana w naturalny sposób. Temperance i Booth podczas prowadzenia śledztwa rozmawiają o swoich testamentach. Sweets i Daisy spotykają się po raz pierwszy po rozstaniu. Oboje wciąż coś do siebie czują, ale nie zmieniają wcześniej podjętej decyzji.

Jeden z policjantów wezwanych do zgłoszenia w starej rzeźni wpada na ciało. Po przybyciu na miejsce specjaliści z Jeffersonian odkrywają, że ofiara została zamordowana zaledwie kilka godzin wcześniej, a zwłoki musiały zostać w czymś rozpuszczone. Trop prowadzi do grupy niezwykle brutalnych wrotkarek biorących udział w wyścigach roller derby. Ofiara miała dość bogate życie erotyczne. Podejrzanym jest zazdrosny mąż. Booth w tajemnicy odwiedza szpital. Cam i Angela martwią się o jego zdrowie. Okazuje się, że Seeley charytatywnie pomaga dzieciom chorym na neurofibromatozę.

W parku narodowym New River Gorge, na skałach pod mostem znaleziono ciało mężczyzny. Charakterystyczne złamania kości sugerują, że sam odebrał sobie życie. Samobójstwo szybko zostaje wykluczone. Ciało zostało zrzucone po tym, gdy doszło u ofiary do ataku serca. Po kłótni z Boothem Brennan wraca do laboratorium. W ciemności ktoś do niej strzela. Booth znajduje ją ranną kilka minut później. Gdy Brennan trafia do szpitala, jest już nieprzytomna. A wkrótce potem jej stan się pogarsza. Na terenie instytutu zostają znalezione zwłoki strażnika. W ciele Brennan nie ma pocisku, Hodgins przypuszcza, że mógł być zrobiony z lodu. W stanie śmierci klinicznej Bones spotyka się ze swoją matką, która przekazuje wiadomość dla Maxa.

Bezdomny wyłowił z rzeki walizkę. Gdy chce ją sprzedać w lombardzie, okazuje się że w środku znajdują się zwłoki piętnastoletniego chłopca. Ofiara to zaginiony przed dwoma tygodniami Manny. Po raz ostatni nastolatek był widziany, gdy wybierał się na imprezę, na której była jego przyjaciółka Kat. Badania toksykologiczne wskazują, że chłopiec przed śmiercią zażył narkotyk. Okazuje się, że dorabiał, naprawiając telefony i komputery. Booth i Sweets odwiedzają kolegów Manny'ego. Ci zapewniają, że unikał on używek. Okazuje się, że chłopak był zakochany i próbował ratować swoją koleżankę przed gwałtem. Finn Abernathy w tajemnicy przed Cam spotyka się z Michelle, która przyjechała z uczelni tylko do niego. Nie wytrzymuje napięcia i wyjawia wszystko szefowej.

Na polu rolnik znalazł zwłoki bez głowy. Szczątki spoczywały w płytkim grobie. Obecność chrząszczy świadczy, że do morderstwa doszło przed pięcioma dniami. Ofiara to Benji Garcia. Chciał on być naukowcem i miał zostać pierwszą osobą w rodzinie, która ukończy college. Jego brat, Alex Garcia, właściciel warsztatu samochodowego, przekonuje Bootha i Sweetsa, że ktoś mógł zabić Benjiego dla zabytkowego auta, które ten naprawił. Angela przegląda komputer Benjiego. Odkrywa, że mężczyzna interesował się fizyką i miał obsesję na punkcie czasu.

Do laboratorium zostaje przywieziona beczka ze szczątkami zatopionymi w mydle. Akcja odcinka toczy się wokół środowiska afrykańskich imigrantów, a za śmiercią ofiary wydaje się stać jeden z uchodźców. Okazuje się, że chłopak w czasie wojny domowej w Sierra Leone był dziecięcym żołnierzem. Na wystawie zdjęć z tego okresu, zauważył coś, co doprowadziło do jego śmierci. Relacje Arastoo i Cam zaczynają być widoczne w trakcie ich pracy. Pod wpływem wspomnień wojennych Arastoo, decydują się ujawnić swój związek.

Kobieta zostaje znaleziona w spalonej szopie. Okazuje się, że zginęła od wybuchu. Z jej śmiercią powiązana jest grupa osób przygotowującą się do przetrwania nadejścia końca cywilizacji. Wybudowali schron, w którym chcieli przetrwać koniec świata. Daisy odkrywa, że ofiara była chora na kiłę. Sweets postanawia się w końcu wyprowadzić od Bootha i Bones.

Znaleziono wyschnięte zwłoki na opuszczonym placu. W żołądku były diamenty. Okazało się, że to policjant pracujący jako tajniak w salonie jubilerskim. Jego przełożony broni honoru zmarłego policjanta i nie wierzy w kradzież klejnotów. Podejrzani stają się złodzieje, których rozpracowywał. W trakcie śledztwa kręcony jest film o Instytucie. Każdy chce zaistnieć w dokumencie. Twórca filmu, a jednocześnie kamerzysta zakochuje się w pani prokurator od pierwszego wejrzenia z wzajemnością.

Szukając wskazówek zostawionych przez znajomych para odnajduje czaszkę zasypaną ziemią w opuszczonym budynku. Ofiarą jest asystentka sędziny z telewizyjnego show. Hodgins zjada ostatnią butelkę sosu zrobionego przez zmarłą babcię Abernathy'ego. Finn jest zrozpaczony. Hodgins postanawia naprawić ten błąd, tworzy sos od podstaw. Christine ugryzła w żłobku koleżankę. Brennan nie wierzy w jej winę.

Po wyburzeniu budynku operator koparki wydobywa z gruzów ciało maklera-striptzera. Okazuje się, że ofiara bez skrupułów narażała swoich klientów na straty finansowe. Jako striptizer, mężczyzna był również ryzykantem, przespał się z panną młodą na wieczorze panieńskim. Bootha niespodziewanie odwiedza matka, która zostawiła go w dzieciństwie. Seeley na początku bardzo się cieszy ze spotkania. Jednak dowiaduje się, że matka jest w związku i chce wyjść za mąż. Musi zdecydować, czy jej wybaczy.

Z zakładu utylizacji przywieziono szczątki kobiety zarażone nieznanym wirusem. Okazuje się, że ofiarą jest blogerka, która rozpracowywała nielegalne mutacje wirusów w jednym z instytutów farmaceutycznych. Została zakażona wyjątkowo zjadliwą mutacją wirusa z Afryki. Arastoo podczas przenoszenia szczątków, zakłuwa się igłą i zostaje zarażony. Jego organizm szybko słabnie, po dwóch godzinach jest już w stanie krytycznym. Tylko szybkie odnalezienie winnego pozwoli na uratowanie jego życia. Hodgins i Brennan na podstawie afrykańskiej medycyny ludowej tworzą lek roślinno-zwierzęcy, który podają Arastoo. Stan stażysty poprawia się na jakiś czas, jednak wirus jest silniejszy. Cam robi, co może, by uratować ukochanego. Podejrzaną staje się kobieta, która pracowała kiedyś z wirusami. Niespodziewanie okazuje się, że mutacje stworzyło laboratorium Simatech ecolab. Jego szef nie chce oddać antidotum. Brennan chwyta strzykawkę z wirusem i wbija ją w szyję dyrektora laboratorium.

Na szlaku odkryto ciało z dwunastoma postrzałami. Szybko okazuje się, że za morderstwem stoi znany już widzom seryjny zabójca – Christopher Pelant. Ofiarą jest agent FBI, z którym kiedyś pracował Booth. Kolejną ofiarą jest kolejny agent. Okazuje się, że ma to związek z masakrą w Crystal Creek. Pelant wykorzystuje córkę jednego z zabitych tam agentów, wysyłając do niej video maile od ojca. Dziewczyna ma zabić Sweetsa. Mimo niesprzyjających okoliczności Bones oświadcza się Boothowi. Seeley jest bardzo szczęśliwy. Przerywa to Pelant szantażując Bootha. Jeśli się ożeni z Bones, to on zabije pięć niewinnych osób. Booth nie może powiedzieć Brennan prawdy. Temperance bardzo cierpi.