Nakon što je joj je namješteno ubojstvo koje je počinio Christopher Pelant, Brennan je već nekoliko mjeseci u bijegu od FBI-ja. I dok se ona skriva, ostatak tima je u potjeri za ubojicom. Uskoro su otkriveni dokazi koji ukazuju na Brennaninu nevinost i krivnju Pelanta.

Novi slučaj Booth i Brennan odvodi na mjesto ubojstva poznatog odvjetnika specijaliziranog za razvode, koji je i sam prolazio kroz brakorazvodnu parnicu. Za vrijeme intervjua i istrage, Booth i Brennan se suočavaju s problemima zbog njihove odvojenosti zadnja tri mjeseca.

Tim iz Jeffersoniana istražuje ubojstvo muškarca koji je stradao u eksploziji na parkiralištu hotela. U međuvremenu, Booth ne radi na slučaju, već na budžetu odjela koji treba uskoro ići na odobrenje, ali i na svojem unapređenju. Sweets i novak u FBI-ju, Olivia Sparling, preuzimaju slučaj i vode istragu. Žrtva je prvo identificirana kao Carlson, no otkriju da se radi o njegovom bratu blizancu. Naime, dječaci su bili odvojeni pri porodu i dani na usvajanje u različite obitelji.

Smrt Jareda Drewa, zaposlenika na izložbi životinja, Jefersonian tim vodi u svijet ilegalnog krijumčarenja životinja. U međuvremenu, Brennan razmišlja o tome kako bi bila izvrstan predsjednički kandidat, dok Sweets i Daisy doživljavaju veliku promjenu u vezi.

Jefersonian tim istražuje smrt žene čije je tijelo masakrirano i bačeno u kantu za otpad. U međuvremenu, Booth poziva Sweets da ostane s Brennan i s njim dok traži novi apartman.

Zaintrigirana Jacksonovim menadžment stilom, Brennan okupi sve interniste te im postavi izazov – identificirati ostatke tijela za koje se utvrdilo da se ne mogu identificirati. No utvrđivanje kome pripadaju pokaže se kao lakši dio jer istraga pokaže da kosti pripadaju nastradalom u terorističkom napadu na Svjetski trgovački centar. Pitanje je: radi li se o žrtvi ili počinitelju zločina?

Tim iz Jeffersoniana istražuje smrt stručnjaka za čišćenje scena zločina, čije tijelo je pronađeno u čahuri koja je isplivala na obalu. U međuvremenu, Angela i Hodgins doznaju da Cam ima tajnu romantičnu vezu.

Ulični umjetnik upadne u ljepilo koje koristi za postavljanje svojih plakata i shvati da su se dijelovi raspadnutog tijela zalijepili za njega. Tim iz Jefersoniana identificira tijelo i otkrije da je žrtva bila komičar. Booth kreće u klub komičara kako bi ispitao osumnjičene, a Angela osjeti privlačnost prema umjetniku.

Istražujući ubojstvo dječaka, tim dozvoli Avalon Harmoniji da se približi tijelu jer tvrdi da dječakova duša nije napustila ovozemaljski život. Ovo otkriće uzdrma vjerovanje znanstvenika o životu nakon smrti.

Jedan od plesača na natjecanju je ubijen pa Booth i Brennan odlaze na tajni zadatak i prijavljuju se kao natjecatelji. U Jefersonianu Hodgins i Wendell imaju poteškoća maknuti kristale dijamanta s ostataka kostiju žrtve, a Angela propituje svoju karijeru i poželi se vratiti umjetnosti.

Brennan i tim rade na odgonetavanju slučaja arheologa, pronađenog u čahuri na drvetu. Arheolog je izdavao knjige koje su pokrivale istraživanja da bi kasnije prodavao predmete o kojima je pisao. Brennan i Edison natječu se tko će analizirati kosti, koje su navodno pripadale žrtvi prvog zločina iz mržnje. U međuvremenu, Brennan odluči odbaciti svoje loše navike strahujući da će ih njegova kći Cristina naslijediti. .

Kada se probude, Angela i Hodgins dožive šok vidjevši tijelo kako visi iznad njihovog kreveta. Uskoro shvate da ga je postavio Pelant, motiviran osvetom. I dok je Hodgins spreman direktno mu se suprotstaviti, Booth ga uvjeri da ne žuri, već da slučaju valja pristupiti uobičajenim policijskim metodama. Jeffersonian tim otkrije da tijelo pripada agentu specijalnih snaga, a Angela i Hodgins se posvete osobnoj istrazi kako bi zaštitili obitelj.

Dva tijela pronađena su na istom grobnom mjestu. Identifikacijom se otkrije da je jedna preminula osoba bila smrtno oboljela, a druga joj je pomagala da što humanije proživi zadnje dane. Daisy se vraća u laboratorij te, pri put nakon prekida, ponovno radi sa Sweetom, što je za oboje neugodno.

Zbog novog zločina - raskomadanog tijela skejterice, Angela odlazi u tajnu istragu kako bi doznala više o okrutnom ubojstvu. U međuvremenu, Cam se brine jer Booth posjećuje mnogobrojne doktore te ga pritišće da mu otkrije detalje.

I dok Brennan vrijedno radi prekovremeno u laboratoriju, nepoznata osoba na nju otvara paljbu. Istragom tim doznaje da je osoba s pištoljem povezna s Jeffesonian institutom. U međuvremenu, u bolnici, Brennan pokušava pomiriti razlike – nelogične vizije majke i svoju potpunu vjeru u znanost.

Tim iz Jeffersoniana istražuje ostatke 15-godišnjaka. U javnosti je imao reputaciju inteligentnog i nedruštvenog dječaka, no tim otkriva da je, iako naoko nevin, bio upleten u ilegalne poslove te da je dva tjedna prije smrti bio na tulumu na kojemu se konzumirala droga. Štoviše, istraga otkriva da je maloljetna djevojka tada bila silovana.

Novak u Jefersonianu, doktor Oliver Wells brzo napreduje, a sa svojim ekscentričnim i nedvojbeno točnim opažanjima, uspije impresionirati čak i Brennan, koja promijeni znanstveni način gledanja na neke stvari. U međuvremenu, Booth se brine da je Brennan pretjerala kada je prihvatila mogućnost putovanja kroz vrijeme kao način rješavanja ubojstva.

Booth i Brennan istražuju smrt imigranta iz Sierra Leonea, čije tijelo je pronađeno u bačvi na otpadu smeća opasnom po zdravlje. U laboratoriju, Cam i Arastoo su na tragu otkrića, dok Booth i Brennan prave planove za odmor.

Pougljeni ostaci otpuštenog marinaca vode tim do grupe koja se priprema za dolazak apokalipse. U međuvremenu, Booth i Brennan pomalo su tužni kada Sweets, koji je konačno pronašao apartman za iznajmljivanje, odlazi.

Policajac koji je na tajnom zadatku trebao razotkriti pljačkaše bankomata pronađen je mrtav, a u njegovom tijelu skrivena je vrećica dijamanata. Tim iz Jeffersoniana mora otkriti jesu li pljačkaši odgovorni za ubojstvo. U međuvremenu, Jeffersonian institut je tema dokumentarnog filma Andrewa Jursica. I dok se Brennan brine da će ispasti antipatična, Jursic pokaže interes za Caroline Julian.

Tim istražuje smrt Tv producenta, za to vrijeme Brennan se čudi kako je njena kćerka napravila problem u školi.Hodgins se dosađuje i istaružuje kako napraviti ljuti umak.

Naizgled obično ubojstvo preraste u opasnost od bio-terorizma jer je tijelo pronađeno na odlagalištu opasnih otrova zaraženo smrtonosnim virusom. Jedan od internista slučajno stupi u dodir s ostacima žrtve. Cijeli tim se nađe u dosad nepoznatoj situaciji te mora ubrzano raditi kako bi identificirao virus, riješio slučaj i spriječio širenje virusa.

Dok tim otkriva da je serija ubojstava FBI agenata povezana s Boothom, zli genij Christopher Pelant ponovno se poigrava s timom iz Jeffersoniana. U međuvremenu, Sweetu se dokazi koje istražuju učine jako poznatima, dok je Brennan zabrinuta kada se pojave znakovi koji pokazuju da bi sljedeća Pelantova meta mogao biti Booth.