Después de haber sido acusada de asesinato, Brennan está huyendo del FBI ayudada por su padre Max. Booth y el equipo del Jeffersonian están convencidos de que Christopher Pelant ha manipulado las pruebas en el caso, para así incriminar a Brennan como la principal sospechosa. Tras una denuncia anónima, el equipo investiga los restos de un miembro del consejo universitario, que podrían ser clave para probar la inocencia de Brennan.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un prestigioso abogado de divorcios con una gran cantidad de enemigos. La trama se complica cuando el equipo descubre que la esposa del abogado y su asistente han estado escondiendo una evidencia crucial que podría ayudar a resolver el caso. Mientras tanto, Brennan trata de adaptarse su la vida después de estar huida, y las tensiones comienzan a aumentar entre ella y Booth por el impacto de los tres meses de separación.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Jared Drew, un empleado de un zoo, y en el curso de su investigación entran en el mundo del tráfico ilegal de animales. Mientras tanto, Brennan piensa que sería una excelente candidata presidencial, y Sweets y Daisy asumen un gran cambio en su relación.

El equipo investiga la muerte de un empleado de un parque de animales, y el caso los lleva a introducirse en el mundo del tráfico de animales.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de una mujer cuyo cuerpo se encontró mutilado y desechado en un contenedor de basura de la ciudad.

Tras quedar fascinada con el baloncesto y el concepto de trabajo en equipo, Breenan recluta a cinco de los mejores para reconocer unos restos sin identificar.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de un hombre cuyos restos quedan sellados en una cápsula que aparece varada en la playa.

Un artista callejero que está trabajando en un cartel, se ve atrapado en su pegamento y en los restos de un cuerpo, así que el equipo intenta sacarlo mientras identifican a la víctima. Mientras tanto, Booth prueba comedia de stand-up en un club de micrófono abierto para buscar sospechosos. Angela se encuentra atraída por el artista callejero.

Un psíquico se une a la investigación de la muerte de un pequeño cuya alma se cree todavía sigue viva, haciendo que los miembros del equipo reflejen sus creencias de la vida después de la muerte.

El equipo del Jerffersonian investiga la muerte de un bailarín profesional que fue asesinado tres días antes de su audición para una competencia de baile. Para resolver el caso, Brennan y Booth van de encubierto como bailarines de la competición para ver si pueden encontrar sospechosos.

El equipo investiga la muerte de un reconocido arqueólogo con una reputación questionable, que hizo un descubrimiento importante justo antes de su muerte.

Al despertar, Angela y Hodgins encuentran un cadáver sangriento colgado sobre la cama y deciden comenzar una investigación sin participar al equipo del Jeffersonian.

El equipo del Jeffersonian investiga los restos de dos cuerpos de mujer encontrados en el mismo sitio: una de las cuales padeció cáncer, acompañada de su "doula" (rol dentro de las creencias brahmánicas), quien fue su guía a través de su proceso de duelo con la enfermedad. El caso saca a la luz lo que cada cual -Brennan y Booth- ha dispuesto como arreglos posteriores a la muerte. Asimismo, Daisy Wick, la ex-novia de Sweet, regresa para su primer caso después de su ruptura.

Brennan y Booth investigan la muerte de una patinadora cuyo cuerpo fue desmembrado. Para obtener respuestas, Angie irá de incógnito como patinadora en un derby.

Cuando a Brennan le disparan mientras trabajaba tarde en el laboratorio del Jeffersonian, llega al hospital en condición crítica. Mientras está allí, lucha con visiones de su madre que desafía lo lógica usual. Mientras tanto, todas las evidencias sugieren que el atacante de Breenan puede estar vinculado con el Jeffersonian.

El equipo del Jeffersonian investiga los restos de un adolescente aparentemente inocente que, en realidad, estaba involucrado en las drogas y en actividades ilegales.

Llega un nuevo interno al equipo de Brennan. Con una gran formación académica, el Dr. Oliver Wells (Brian Klugman) desafía a Brennan con sus excéntricas observaciones sobre lo estrecha de mente que es, lo que hace que se plantee tratar de ser más abierta sobre ciertas cuestiones científicas. Mientras tanto, Booth se preocupa cuando Brennan acepta la posibilidad de que se pueda viajar en el tiempo como elemento dentro de la investigación de asesinato.

El equipo del Jeffersonian investiga la muerte de Symchay Conteh, un joven cuyos restos fueron encontrados en un barril en una empresa de eliminación de residuos peligrosos. Pronto descubren que la víctima era un inmigrante de Sierra Leona que tenía varios empleos basura. Mientras el equipo se adentra más en la investigación, Cam y Arastoo encuentran aún más difícil mantener su relación en secreto. Paralelamente Brennan y Booth discuten sobre su destino de vacaciones.

Un cadáver carbonizado en un búnker lleva al FBI hasta un infante de marina licenciado y hasta un grupo de supervivencia. La manera en que se produjo la explosión es la clave para descubrir al culpable. Mientras tanto, Sweets puede haber encontrado un nuevo apartamento.

Un policía encubierto que estaba investigando una serie de robos a cajeros automáticos aparece muerto, y el equipo debe desentrañar si los ladrones son también asesinos.

El equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de Jack Spindler, un exitoso corredor de bolsa de día, pero es desnudista de noche. Cuando el equipo descubre como el trabajo nocturno afectaba en su vida personal, empiezan a dudar de la gente cercana a él, incluyendo su novia desnudista, Storm. Mientras tanto, aparece la madre de Booth luego de 24 años de ausencia en su vida y le hace un pedido especial.

El equipo del Jeffersonian se apresura para prevenir una epidemia viral mientras investigan la muerte de una periodista, Mia Garret, luego que su cuerpo infectado fuese encontrado en una instalación de peligro biológico. Cuando el mutado virus que mató a Mia contagia al pasante Arastoo Vaziri, su única chance de salvarlo es resolviendo el asesinato. Tensión y pasión se muestran a medida que el equipo compite contrarreloj para encontrar al asesino, y una cura.

Christopher Pelant reaparece y asesina a varios agentes del FBI que compartieron pasado con Booth. Sweets se da cuenta a través de las evidencias de que algo le resulta familiar, y descubre que se está basando en unos documentos inéditos escritos por él. Brennan reevalúa su relación con Booth, temiendo que él sea su objetivo final, por lo que cambia su manera de pensar respecto a su situación de pareja.