布伦南被指控犯有谋杀罪，在其父亲马克斯·布斯（Max.Booth）的帮助下，她正在联邦调查局（FBI）的追捕中。杰斐逊团队确信，邪恶的科技天才克里斯托弗·佩兰特（Christopher Pelant）操纵了案件中的关键证据，将布伦南定为首要嫌疑人。然后，一个匿名的小贴士带领团队找到了一位高中指导顾问的遗体，这可能是证明布伦南无罪的关键。

杰斐逊团队调查了一位有很多敌人的高权力离婚律师的谋杀案。当团队发现律师的妻子和助手隐瞒了可能有助于破案的关键证据时，情节变得更加复杂。与此同时，布伦南在逃亡后试图适应生活，她和布斯之间的紧张关系开始加剧，因为他们三个月的分居开始产生影响。

当研究小组得知他们对一名男子命运的假设不正确时，对酒店车库爆炸后发现的遗骸的调查遇到了障碍。与此同时，斯威茨在联邦调查局找到了一个临时搭档。

该小组对一名动物博览会工作人员死亡的调查导致他们进入了非法动物交易的阴暗市场。与此同时，布伦南考虑她的政治抱负；斯威茨和黛西的关系发生了变化。

杰斐逊研究小组调查了一名女性的死亡，她的尸体被发现残废并丢弃在城市垃圾桶中。与此同时，布斯邀请斯威茨和布伦南住在一起，而斯威茨则在寻找新公寓。

布伦南对篮球的新迷恋和传奇教练菲尔·杰克逊对团队精神的思考促使她收集了她最好的五个“眯眯眼”来分析那些从未被发现的遗骸。

一名犯罪现场清理专家的遗体被发现密封在一个被冲到海滩上的神秘吊舱中。与此同时，安吉拉和霍金斯有理由相信卡姆有一个秘密情人。

一位街头艺术家在广告牌上贴作品时，掉进胶水里，掉到了一具尸体上，所以团队试图让他从遗体中脱身，同时他们也在努力辨认尸体。与此同时，布斯在一家俱乐部的公开麦克之夜尝试单口喜剧，寻找嫌疑人；安吉拉发现自己被这位街头艺术家吸引了。

一名灵媒加入了对一名小男孩死亡的调查，据信他的灵魂还活着，这促使团队成员反思他们对死后生活的信念。

杰斐逊团队调查了一名职业舞蹈家的死亡事件，她在参加一个流行舞蹈比赛节目的试镜前三天被谋杀。为了破案，布伦南和布斯作为舞蹈选手卧底，看看他们是否能找到潜在的嫌疑人。

该小组调查了一名知名考古学家的谋杀案，这位考古学家在去世前就发现了一项职业生涯中的重大发现。

霍金斯和安吉拉被下药后，醒来时发现一具血淋淋的尸体挂在他们的床上，花瓣围绕着他们儿子迈克尔的婴儿床，他们被迫相信佩兰特回来是为了报复霍金斯。尽管霍金斯想直接追击佩兰特，但布斯知道最好在体制内工作，不要违反协议。与此同时，当杰斐逊团队调查尸体时，他们发现受害者是一名特种部队特工，为世界上最大的雇佣军供应商工作，安吉拉和霍金斯为了家人的利益，决定在杰斐逊小组其他成员不在场的情况下展开调查。

杰斐逊团队调查了在同一墓地发现的两具尸体的遗骸：一具是女性癌症患者；另一位是癌症患者的“杜拉”，她正在指导她度过病痛的悲痛过程。与此同时，随着案件的曝光，布伦南和布斯开始讨论他们对死后安排的个人选择。此外，黛西·威克（Daisy Wick）在与斯威茨（Sweets）分手后第一次复出。

一名轮滑选手被肢解的尸体意味着安吉拉在溜冰场做卧底，寻找更多谋杀该女子的线索。在其他地方，Cam担心Booth要去的医生预约数量之多，并要求他提供详细信息。

当布伦南在杰斐逊实验室工作到深夜时被枪杀，她被紧急送往医院，情况危急。在医院时，她与母亲的幻觉作斗争，这些幻觉违背了她通常的逻辑。同时，所有证据表明，布伦南的袭击者可能与杰斐逊人有关。

杰斐逊团队调查了一名15岁男孩的遗体。尽管他的母亲和几个密友都认为他很聪明，社交能力很差，但研究小组发现，这个看似无辜的男孩实际上参与了非法活动，并在两周前参加了一个有毒品的高中聚会。当一名未成年女孩承认被强奸，而死者男孩的名誉受到损害时，调查出现了一个丑陋的转折。与此同时，随着案件的焦点集中在欺骗上，实习生芬恩·阿伯纳西（Finn Abernathy）打算告诉卡姆，她的女儿米歇尔周末要来镇上探望她。

杰斐逊团队调查了Symchay Conteh的死亡，这名年轻人的遗体被发现在一个危险废物处理设施的桶里。他们发现受害者是一名来自塞拉利昂的移民，为了维持生计，他们做了很多兼职工作。与此同时，随着调查小组深入调查，卡姆和阿拉斯托发现更难对他们的关系保密，布伦南和布斯试图决定度假目的地。

当杰弗逊团队调查一名前海军陆战队中士的死亡时，他们发现她在与另一名海军陆战队员拳打脚踢后被解雇。当布斯和斯威茨去质问另一名参与争吵的海军陆战队队员时，他们得知迪安娜痴迷于世界末日的想法，这导致团队跟踪了一批世界末日准备者，这些人成为她死亡的关键嫌疑人。与此同时，斯威茨认为他已经找到了梦想中的公寓，但布伦南和布斯并不相信他会真的搬走。

一名卧底警察正在调查一系列ATM抢劫案，结果在一辆面包车内死亡，在他残缺的尸体内发现了一袋钻石。所以杰斐逊团队必须弄清楚ATM劫匪是否也是凶手，或者警察是否是骗子。与此同时，布伦南是一部纪录片的拍摄对象，该纪录片旨在为杰斐逊人筹集资金，她努力在镜头上讨人喜欢。

杰斐逊团队调查了一名电视制作人的谋杀案。与此同时，布伦南很难接受克里斯汀可能是一个“普通”孩子的事实，因为她的女儿被指控咬了另一个同学。然后，霍金斯使用他在杰斐逊学院的所有工具，用化学方法重新制作了芬恩的特制辣酱。

杰斐逊团队调查了杰克·斯宾德勒的谋杀案，他白天是一家经纪公司的成功员工，但晚上是一名脱衣舞娘。当团队了解到斯宾德勒的兼职如何影响他的个人生活时，他们开始质问与他最亲近的人，包括他的脱衣舞朋友斯托姆。与此同时，布斯的母亲在他缺席24年后出现了，并向他提出了一个特别的要求。

杰斐逊研究小组在调查记者米娅·加勒特（Mia Garrett）被感染的尸体在生物危害设施被发现后被谋杀的案件时，急于防止病毒爆发。当杀死米娅的变异病毒感染杰斐逊实习生阿拉斯托·瓦齐里时，他们唯一能救他的机会就是破案。随着团队争分夺秒地寻找凶手和治愈方法，紧张和激情与日俱增。

当邪恶的科技天才克里斯托弗·佩兰特（Christopher Pelant）回到杰斐逊团队的最新调查中，他们发现发生的一系列谋杀案与布斯身边的FBI探员有关。与此同时，随着调查的展开，斯威茨意识到证据对他来说似乎太熟悉了，布伦南开始评估她与布斯的关系，因为有迹象表明他是佩兰特的潜在目标。