失踪してから3か月、ブレナンは未だ父と幼い娘と共に逃亡生活を送っていた。ある日、白骨遺体が見つかる。遺体は、10年前に行方不明になった高校のカウンセラーで、その高校にはペラントが通っていたことが判明する。一方ブースは、ペラントを執拗に付け回していたのだが…。

ホームレスが、焼けた肉の臭いを辿って焼死体を発見、心臓手術の痕から、離婚弁護士のリチャード・バートレッドと判明する。リチャードは非情な男で顧客から恨まれていたと妻が証言、殺害当日に会っていたカーマイケル夫妻に聴取すると彼らはすっかり仲直りしていた。

駐車場で大爆発が起こる。キャロリンから昇進をちらつかされたブースは、デスクワークに専念する。スイーツは、新人の女性捜査官スパーリングと組むことになり、復顔作業から判明した被害者ロバート・カールソンの妻に訃報を伝えに行くが、そこへカールソン本人が現れる。

ぬかるみにはまった車のタイヤの下から、遺体が発見される。被害者のジャレッド・ドリューは、ペット博の清掃をしており、排泄物から希少なアムールトラの上皮細胞が見つかる。ペット博の責任者ニーブリングは、ペット博は合法で被害者のことは知らないと言い張る。

ゴミ回収車が、体中に切り傷のあるむごい遺体を発見する。アンジェラが削り取られた顔の断片を分析するとアップル・ソース店の経営者の一人ジェシカ・ピアソンと判明する。共同経営者のブルックは、精肉店のアダムが、ジェシカにつきまとっていたと証言するのだが…。

ブレナンは、実習生のフィッシャー、バジリ、フィン、ウェンドルの4人と考古学博士のエジソンの実力を見込んで、無数の行方不明者の身元特定を指示する。バジリが選んだのは、撲殺されたホームレスだったが、この被害者が怪我を負ったのが2001年9月11日だと判明する。

海岸でゼラチン化した遺体が発見される。遺体は事件現場を清掃する仕事に就くチャールズ･ミルナーと判明。妻の連れ子でミルナーを手伝っていたデイビーに疑いがかかる。彼はミルナーの浮気の事実を知っていた上に、事件現場の清掃を手伝い証拠を消すのに慣れているのだ。

看板荒らしが足を滑らせ、運悪く腐乱遺体の上に落ちる。接着剤のせいで遺体が背中から剥がれずそのままラボへ。遺体は剝がされ、被害者は電話セールスのモーガン･ドネリーと判明。彼の上司は、ドネリーが自分の元カノと付き合っており、彼女が怒鳴り込んできたと証言する。

温室ハウスで遺体が発見された。被害者の頭蓋骨を置いたラボにアンジェラが霊能者のアバロンを連れてくる。彼女は、被害者の声が聞こえ、皆を見ていると言うが、ブレナンは信じない。復顔から１４歳のコリン･ギブソンと判明、さらに１年ほど前に遺体は移動させられていた。

採石場でダイヤに包まれた遺体が発見される。骨修復の痕からアスリートだと推測、ダンサーのカタリーナ･ワーズと判明。彼女は、TV番組の選考会に出場予定だった。かつてダンス教師だったと豪語するブースは、ブレナンと共にダンサーのバック&ワンダとして潜入捜査する。

繭に包まれた遺体が発見され、冒険家で考古学者の作家、ジェームズ・サットンと判明する。チェチェン共和国で結婚した身重の妻は、サットンがロシアから何かを持ち込んだ後様子がおかしくなったと言う。ブースとブレナンが保管庫に行くと、何千年も前の人骨が保管されていた。

ジャックとアンジェラ夫妻の寝室の天井から無残な遺体が見つかる。ジャックたちは通気口からガスを入れられ眠り込んでいた為、侵入者に気がつかなかった。皮膚を剥ぎ、そして花を残す手口からペラントの仕業と推定される。骨の形跡から、被害者は特殊部隊にいたことがわかる。

散歩中の夫婦が白骨遺体を発見するが、検証中にもう一つの遺体も見つかる。遺体の一つは、肺がんで亡くなったモニカ・クレイグと判明。その場所は自然葬を行う会社が借りていた土地で、モニカは埋葬されていた。もう一つの遺体は、モニカの葬式コンサルトと判明するが…。

食肉処理場でバラバラ遺体が発見される。ブリッジの製造番号から３２歳のメリンダ・パーキンスと判明。彼女は、殺害場所と同じ施設内にあるローラーゲーム・チームのメンバーだった。アンジェラがメリンダの後釜を決めるテストに挑戦し、潜入捜査することになる。

橋の下で男性らしき遺体が見つかった。ブースと喧嘩したブレナンは、夜遅くにラボに戻り被害者の死因を検査していた。挨拶に来た警備員のハルと話をした直後、ブレナンは何者かに撃たれてしまう。心配して来たブースが発見するが、ブレナンは生死をさまよい亡き母と出会う。

ホームレスが川辺で拾ったスーツケースから遺体が出てくる。被害者は、２週間前に失踪した１５歳のマニーと判明。部屋からは不相応な大金が見つかる。ガールフレンドのキャットが、最後に彼に会ったのは２週間前のパーティーで、渋る彼を説得して連れて行ったと言う。

危険廃棄処理施設のドラム缶から遺体が見つかる。失踪届けが出ていた西アフリカ出身のシムチェイ・コンテと判明、一人暮らしだが、部屋で誰かが寝た形跡があった。シムチェイが弁護士事務所で難民支援をしており、2年前に不法滞在の男を追い返したことが判明するが…。

バージニアで焼死体が発見される。遺体は損傷が激しく頭も切断されていた。被害者は、ディアナ・バルピエソと判明。元海軍の軍曹で、１２か月前に友人との喧嘩が原因で除隊していた。調べをすすめると、ディアナが終末に備えて自衛準備をするサバイバリストだと判明する。

組織が乾燥し顔が変形した死体が放置された車の中で発見される。腹部を開くと胃の中から、ダイヤの入った袋が出てきた。復顔画像から被害者の身元が割れた。Q.コールズと呼ばれた被害者は、犯罪歴があるのにダイヤの卸業者「オスカー・ダイヤ」で警備員として勤務していた。

廃墟ビルで頭蓋骨が発見される。復顔と行方不明者の写真がマッチし、ＴＶプロデューサーのレベッカ・ピアーズ２５歳と判明する。彼女は本物の裁判を放映するテレビ番組｢市民法廷｣を担当していた。レベッカは番組で過激な演出をしており、私生活でもトラブルを抱えていた。

ビルのがれき処理の最中、掘削機に遺体がひっかかる。面ファスナーとＴバックから男性ストリッパーと推定される。ふくらはぎに入っていたインプラント製造番号から投資会社に勤めるジャック・スピンドラーと判明。ジャックは無欠勤で優秀な社員で、報酬も十分にもらっていた。

ジェファソニアン研究所の施設に獣医療廃棄物と一緒に遺体が放棄されていた。感染症の疑いがあり、施設は封鎖され、厳戒態勢になる。身元の特定は難航したが、ブロガーのミア・ギャレットと判明。その矢先、遺体を動かそうとしたバジリの指に顕微針が刺さって感染してしまう。

閉鎖していた国立公園のピクニック場で遺体が発見される。復顔とFBIのデータから、ブースの新人時代の相棒でFBIを退職したアラン・フリードランダーと判明。犯行を誇示する一連のやり方はペラントの仕業と思われた。新たな殺人が起き、またしても被害者はFBI捜査官だった。