Il corpo di una donna viene ritrovato sotto un campo da giochi e porta più domande che risposte, soprattutto perché non si riesce a scoprire la sua identità. Per quanto riguarda Booth e Brennan stanno imparando a condividere i loro spazi e la pancia di Temperance che sta crescendo.

Un nuovo elemento, un genio dal passato criminale, si unisce al team del Jeffersonian, collaborando alle indagini sul ritrovamento del cadavere di una campionessa di "gare di cibo"…

La scoperta di un direttore di un'azienda di giocattoli impacchettato insieme ai suoi prodotti dà a Boothe e Sweets libero accesso alla compagnia mentre sono a caccia dell'assassino. Intanto Brennan è preoccupata per il suo ruolo come madre mentre Sweets è alle prese con la sua certificazione per il possesso di un'arma da fuoco.

Il team del Jeffersonian indaga sull'orrido ritrovamento fatto da alcuni impiegati delle poste: pacchi postali pieni di pezzi di cadavere. Intanto Booth riceve una notizia scioccante…

Il corpo di un appassionato di tornado viene ritrovato dopo che un twister ha sconquassato l'area e durante le ricerche viene rinvenuto un video che mostra un colpevole diverso dalla tempesta di Madre Natura. Angela e Hodgins si rivolgono al padre di lei per avere aiuto, mentre Brennan deve affrontare le ansie di Booth che si preoccupa per ogni suo spostamento.

Il team indaga su una scena del crimine nei pressi di un monumento nazionale. L'unico indizio lasciato è un messaggio in codice scritto con sangue umano che dà inizio a una caccia alla soluzione, omaggio dell'ultimo killer incontrato dalla squadra che ha una passione per i codici e la tecnologia. Intanto Brennan e Booth sono alla ricerca di una casa.

I resti di un evaso vengono ritrovati in una fogna ma l'esame delle condutture, indica che l'omicidio è avvenuto all'interno della prigione. Brennan insiste nel volersi occupare del caso nonostante Booth le chieda di prendersi del tempo per riposare. I due rimangono scioccati dall'arrivo imprevisto e poco ortodosso della loro piccolina.

È il primo giorno di lavoro per Brennan dopo le otto settimane di maternità e decide di rimanere in laboratorio mentre Booth continua a lavorare con Genny Shaw. Cam intanto non è felice del fatto che Michelle stia uscendo con Finn.

Un corpo viene ritrovato dipinto di blu e Arastoo Vaziri trova il modo di eliminare i danni prodotti al cadavere per identificare la vittima. Bones continua a non sentirsi ancora a suo agio con il suo corpo dopo aver partorito e Booth decide di fare qualcosa per farla sentire meglio con sé stessa.

Il corpo di un camionista viene ritrovato nei boschi, Booth e Brennan interrogano il figlio della vittima e dopo si recano nella palestra di karate che la vittima frequentava per cercare un movente. Hodgins intanto si sta occupando di acquistare nuove attrezzature tecniche per il laboratorio. Il figlio di Booth, Parker, ritorna dall'Europa e Brennan è ansiosa su come accoglierà la nuova sorellina.

Un altro corpo viene rinvenuto nei boschi e si scopre che la vittima era coinvolta in una profonda faida tra due famiglie. Brennan è riluttante a servirsi di suo padre come babysitter ed è costretta ancora una volta ad affrontare il suo passato per risolvere il problema.

Christopher Pelant, un sospettato in un vecchio caso di Brennan e Booth, torna in tribunale per un appello. Sapendo di quello che è capace, i due avvisano il giudice che è il sospettato in due casi di omicidio. Booth e Bones si recano sulla scena di un altro omicidio e si rendono conto che la vittima è amica di Brennan.