Cam állása a törvényszéki kórboncnoki intézetben veszélybe kerül, amiért nem képes egyértelműen azonosítani egy nagy port felvert gyermekhalál áldozatát. Caroline úgy dönt, hogy azonnal összetrombitálja a csapatot, hogy siessenek Washingtonba, és mentsék meg Camet. Booth Afganisztánból, Brennan és Daisy Indonéziából, Hodgins és Angela Párizsból érkezik, Sweets pedig hosszabb szabadságát szakítja meg.

Egy nemzeti park egyik barlangjában két holttestet találnak: egy férfit és egy nőt, szinte még egymás karjaiban. Clark Edison, aki visszatért a Jefferson intézetbe, segít Brennan-nek kideríteni, hogy ki és miért lökhette le a párt egy szirtfalról. Booth-t is nagy meglepetés és öröm éri, amikor Hannah visszatér Afganisztánból, de mind neki, mind Brennan-nek meg kell tanulnia kezelni ezt az új helyzetet.

New Jersey partvidékén egy erősen oszló hullát találnak. Amikor Brennan és Booth nyomozni kezd az ügyben, kiderül, hogy az áldozat egy valóságshow körül csoportosuló bulizós csapat tagja volt. Brennan izgalmas lehetőséget lát az ügyben, de közben depresszióra hajlamos asszisztensét, Colin Fishert is bátorítania kell. Booth és Hannah elhatározza, hogy összeköltöznek, Angela terhességéről pedig tudomást szereznek a többiek is.

Két különböző helyszínen bukkannak rá ugyanannak a hullának a testrészeire. Az áldozat óvadéki fejvadász volt, aki egy gyilkosságért elítélt szökevényt üldözött. Brennannek nincs könnyű dolga, kénytelen elfogadni a Tudós Haver, a népszerű gyermekműsor házigazdájának az ajánlatát, aki hajlandó segédkezni az ügyben, cserében a következő műsorát a laborban forgathatja Bones vendégszereplésével.

Egy betontömbben elrejtett koponyára bukkannak. Hodgins és Angela ez alapján képesek rekonstruálni az egész csontvázat. Brennan pedig Arastoo közreműködésével kideríti a halál okát. Booth-nak is van miért és kiért aggódnia, mert az agilis Hannah-t egy riport-körútján lövés éri.

Két különös eset ügyében nyomoz a csapat, és mind a kettő a tengerrel kapcsolatos. Booth és Brennan egy fiatalember maradványai miatt kezd nyomozni, akit minden jel szerint egy középkorú nő ölhetett meg, Cam pedig Daisyvel együtt egy másfél százada elsüllyedt rabszolga-kereskedő hajó roncsai között talált csontokat azonosít.

Egy különleges csokoládékat készítő cég bemutatóján csokoládéból kerül elő egy meggyilkolt nő teteme. Booth és Brennan kiderítik, hogy a nő a cégnél dolgozott, és hamarosan felmerül, hogy a háttérben féltékenység, testvéri irigység, vagy ipari kémkedési ügy is állhat. Camnek eközben meg kell küzdenie saját érzéseivel is, amikor nevelt lánya, Michelle jövőjét és egyetemi felvételét próbálja egyengetni.

Washington környékén egy nagyon különös halálesetre bukkan az FBI: egy kiégett kocsiban az áldozat csontjai olvadtnak tűnnek. Brennan eleve kizárja ezt a lehetőséget, de Daisy segítségével hamarosan kideríti, hogy vagy egy golyó, vagy egy tőr végzett a férfival. A szálak egy gimnáziumba vezetnek.

Amikor a nagy vihar kidönt egy fát, kiderül, hogy a gyökérzet egy emberi holttest maradványait fonja körbe. Booth és Brennan nyomozni kezdenek az ügyben, amely Brennan számára személyesen is egyre megterhelőbbé válik. Kiderül ugyanis, hogy az áldozat szakmailag briliáns, ám az emberekkel nehezen kapcsolatot találó, magányos szívsebész volt. Brennan sok tekintetben önmagára ismer, és különösen erősen kezd kötődni az általa sosem ismert áldozathoz.

Egy gazdag, egyedülálló nő holtestére bukkannak a saját fürdőszobájában, az esetet az áldozat barátja fedezi fel. Booth és Brennan az Amerikában élő kínai kolónia tagjai között kezdi el keresni a tettest. A nyomozás során kiderül, hogy a vélelmezett áldozat nem halt meg, és a holttest az egyik ismerőséé. Booth-nak, Brennan-nek és Hannah-nak közösen kell elrendezniük hármójuk sajátságos kapcsolatát.

A sorozatgyilkos Sírásót, Heather Taffett-et éppen a fellebbviteli tárgyalására szállítják, amikor egy ismeretlen orvlövész végez vele. Booth azonnal nyomozni kezd, az alapján pedig, amit megtud, egyértelmű, hogy csak egy olyan profi mesterlövész lehetett a tettes, akit ő maga is ismert a seregből.

Egy kukoricaföldön találják meg egy vidéki gazdálkodó tetemét, akiről különös dolgok derülnek ki. A gazdának több felesége volt, és Booth hamarosan kideríti, hogy akár az asszonyoknak, akár egy bigott farmernek is lehetett indítéka a gyilkosságra. Cam magánélete nehezen alakul: mind a saját, mind pedig Paul munkája sokat kíván tőlük.

Brennan és Colin Fisher egy penészgombával borított holttest esetét vizsgálja, akiről Hodgins segítségével kiderítik, hogy BMX-es volt. A különös sérülések hatalmas esésre utalnak, de Fisher kideríti, hogy nem ez okozta a halált. Booth rájön, hogy a BMX-pályán kell keresni Dustin gyilkosát is.

Saját otthonában, a szoláriumban "szétfőve" találnak meg egy esküvőszervezőt. Mivel éppen Valentin-nap van, Cam nagyon sürgeti a csapatot, hogy le ne késse a megbeszélt esti randevúját Paullal. Booth és Brennan a szoláriumban kezdik a nyomozást.

Amikor meggyilkolnak egy profi pénzhamisítót, Brennan és Booth hamar rájönnek, hogy az elkövető a profi mesterlövész és Booth ellenlábasa, Jacob Broadsky volt. Kiderül, hogy az egyik szövetségi rendfenntartó szervnél beépített embere volt, aki ellátta a titkos adatokkal. Booth és Brennan, Caroline segítségével versenyt fut az idővel, hogy meg tudják akadályozni Broadsky következő akcióját, melynél ismét egy általa bűnösnek tartott ember a célpont.

Hatalmas havazás bénítja meg Washingtont, Booth és Brennan pedig kellemetlen helyzetbe kerülnek, amikor Booth lakóépületének liftjében, két emelet között éri őket az áramkimaradás. Telefonon tartják a kapcsolatot Cammel és Wendell-lel, s közben bőven van idejük saját kapcsolatuk újra-értékelésére is.

Amikor az amerikai-kanadai határon vet partra a folyó néhány emberi testrészt, Brennan-nek egy kanadai kollégájával kell együtt dolgoznia a hivatalos nyomozás során. A dolgot megnehezíti, hogy Brennan korábban meglehetősen érzéketlenül nyilatkozott Dr. Fillmore szakértelméről.

Nyugat-Virginia erdeiben szétmarcangolva találnak rá egy rámenős műsorvezetőre, aki babonák és tévhitek nyomába eredt. Brennan megdöbben, amikor a holttesten olyan nyomokat talál, amelyek egy rejtélyes, még sosem látott lény, a chupacabra megjelenésére utalnak. A nyomozás során különös dolgok derülnek ki.

Florida mocsárvidékén egy emberi hullára bukkannak, akiről Booth kideríti, hogy egy múzeum alkalmazottja volt. A múzeumból egy értékes térkép tűnt el, amelyen a spanyol kincses-flotta egyik elsüllyedt hajójának lelőhelye látható. Booth, ha vonakodva is, de felkéri egy volt katonatársát, hogy segítsen felkutatni a térképet. Walter Sherman nem csak iraki veterán, de végletesen paranoiás is, ugyanakkor szinte természetfeletti képességei vannak az eltűnt dolgok megtalálására.

Amikor a rendőrség egy kezében kést tartó kamaszlányra bukkan, komoly problémát okoz, hogy a lány nem tud és nem is akar kommunikálni. Brennan Sweets és egy gyermekvédelmis segítségével apránként kideríti, honnan került elő az ismeretlen lány, és hogy miért is ölte meg az áldozatot, akire csak később akadnak rá. Brennannek a saját, nevelőintézeti emlékeivel is újra meg kell birkóznia, hogy segíteni tudjon Amynek, akiről időközben kiderül, hogy nem is ez a valódi neve, illetve hogy önmaga is csupán áldozat.

Jacob Broadsky továbbra is szabadlábon van, miután kicsúszott Booth keze közül, és újabb akcióra készül. Ehhez előbb fegyvert kell szereznie, amihez egy volt bajtársa megölésén keresztül vezet az út. Amikor Booth a hullára rábukkanva Broadsky nyomába ered, a mesterlövész személyes bosszút forral, és egy érzékeny hőkereső kamera segítségével a laborban tartózkodó Booth-t akarja lelőni.

Amikor egy tekepályán megtalálják egy bowling-versenyző maradványait, Booth-nak és Brennannek Maxtől, Brennan apjától kell segítséget kérni, hogy fedett nyomozóként be tudjanak épülni. Angela eközben vajúdni kezd, de még a kórházi ágyról is segít Wendellnek felderíteni a gyilkost. Hodginsszal aggódnak a gyermekük látása miatt, de a Vincent emlékére elkeresztelt kisfiú szerencsére egészségesen születik. Brennannek nem kis meglepetést okozó, örömteli híre van: terhes, és születendő gyermekének Booth az apja.