随着卡姆的名声和职业生涯岌岌可危，团队从海外旅行，帮助她解决一名身份不明的年轻男孩的案件。法医人类学组在解散后失去了很大的活力，开始进行个人冒险，它将需要新团聚的团队的协作精神和知识来解开证据，并为这个未知男孩的家庭找到结束。在实验室中发现了新的线索并取得了意想不到的个人发现后，团队意识到他们应该回到华盛顿特区。

当一对夫妇的遗体在国家公园的一个洞穴中被发现时，团队必须拼凑出男人和女人的身份并解决犯罪问题。在审问了两名可行的嫌疑人后，该团队确定这名女子是一名营销主管，她也是她伴侣的AA赞助商，提供了线索，引导他们揭露真相。与此同时，布斯的女友和阿富汗战地记者汉娜·伯利（Hannah Burley）突然造访。在遇到伯利并感受到这对夫妇真正的幸福后，布伦南重新评估了自己与布斯的关系，他试图告诉她爱情并不总是合乎逻辑的。

当布斯和布伦南被要求调查在泽西海岸发现的腐烂遗骸时，该团队将受害者识别为里奇“V”Genaro，一名23岁的年轻人，前一天晚上在一家受欢迎的夜总会聚会。布斯和布伦南质疑吉纳罗的同龄人和俱乐部保镖，布伦南在观看了她认为是一部关于泽西海岸居民的纪录片后，令人惊讶地证明了她的流行文化悟性和人类学专业知识，但实际上是一个以泽西海岸为背景的真人秀节目。与此同时，在实验室里，团队越来越喜欢布斯的女朋友汉娜，安吉拉试图对她的怀孕保密。

在垃圾箱中发现头骨和腐烂的手后，团队不仅要解决犯罪，还要寻找受害者的其余遗体。受害者被确认为雷·拉明斯基（Ray Raminsky），原来是一名赏金猎人，正在寻找查尔斯·布雷弗曼（Charles Braverman），他因谋杀同事而被起诉。与此同时，“科学家伙”本生裘德教授（客串明星格里尔）问布伦南是否可以拍摄杰斐逊实验室的儿童节目，布伦南是他的特邀嘉宾。布伦南最初拒绝了他，但当他向她提出她无法拒绝的交易时，她感到惊讶，所以她把他当作一个新的“斜视”。当团队拼凑犯罪细节时，他们发现他们并不孤单地追捕布雷弗曼，并发现自己正在追捕一个意想不到的嫌疑人。

在建筑工地发现一名有前途的年轻舞者的头骨卡在混凝土中后，团队必须首先弄清楚受害者的骨骼结构发生了什么。在得知受害者退出芭蕾舞追求嘻哈之后，布斯和布伦南发现了另一层证据，将他们指向与受害者有秘密关系的嫌疑人。与此同时，当汉娜被派往镇上一个阴暗的地方执行任务时，她的安全受到威胁，她的生命处于危急之中。

当一艘拥有150年历史的奴隶船阿米莉亚·罗斯（Amelia Rose）的人类遗骸浮出水面时，过去和现在发生了碰撞。该团队的任务是给死者一个适当的葬礼，但有一个与最近的谋杀案有关的不可预见的发现。在调查过程中，布斯和布伦南被带到另一艘船 - “美洲狮”巡航 - 在那里他们得知他们的受害者在他去世前的片刻被看到。与此同时，甜蜜努力与黛西保持随意的关系，卡姆发现了与阿米莉亚玫瑰的惊人和情感联系。

当在世界上最大的巧克力棒中发现人类遗骸时，糖果制造商（韦恩·奈特）的事件变得痛苦;卡姆为女儿决定上一所不符合她高标准的大学而苦苦挣扎。

布斯和布伦南的下一个案件将他们带到了一个犯罪现场，在那里一具人类尸体已经融化在一辆烧焦的卡车的仪表板上。当小组调查此案时，他们发现受害者身上有枪伤，但得知火灾和子弹都不是受害者死亡的原因。其他线索将他们带到当地的一所高中，受害者的妻子是那里的老师。随着师生关系开始浮出水面，实验室中形成了一种模式，团队能够追踪凶器并解决犯罪问题。与此同时，斯威特斯抵制了诱惑，让他对黛西的感情干扰了帮助她通过政府的心理评估，汉娜试图打破僵局，对布斯的儿子帕克热身。

布伦南瞥见了她自己的生活，当时一位才华横溢、以职业为导向的外科医生的尸体在一个粗糙的社区被发现，她的头骨有多处骨折，没有迹象表明她是如何或为什么在那里的。虽然团队客观地调查了案件，但布伦南努力将自己的生活与受害者的生活分开，因为她对受害者的过去了解得越多，她就会感觉到他们之间的许多相似之处。与此同时，在犯罪现场发现的证据使团队更接近破案，但正是布伦南独特的视角促使她追溯受害者生命的最后事件。在新朋友和杰斐逊保安米卡·莱加特（Micah Leggat）的保证下，布伦南发现了自己，并吸取了关于冒险的教训。

在一栋属于年轻女性社交名媛的高档住宅的淋浴间里发现了一具身份不明的尸体。在多管闲事的专家和杰斐逊式的“斜眼”克拉克·爱迪生的帮助下，骨骼重建和下水道的证据显示，受害者是一名受雇于假冒手袋经销商的年轻女孩。该小组了解到，受害者向她的社交名媛熟人提供了假钱包，在审问了这位以自我为中心的社交名媛并筛选了隐藏摄像机上的镜头后，他们发现了将他们与凶手联系起来的证据。与此同时，安吉拉和霍金斯讨论了他们未来的家以及他们想在哪里养家糊口，布斯向汉娜敞开心扉讲述了布伦南对他的感情

在偏远的玉米地里发现了一具伪装成稻草人的尸体，身上有枪伤，团队被迫争分夺秒地工作，以避免风暴和可能影响证据的潜在并发症。布斯和布伦南审问了受害者的三个妻子，她们也是姐妹，并了解到姐妹之间的嫉妒和对丈夫关注的渴望导致了家庭的重大裂痕。布斯和布伦南还询问了一位不赞成受害者一夫多妻制的亲戚。与此同时，卡姆对她与随叫随到的医生男友的关系失去了信心，但他们都意识到他们需要将他们的关系放在首位。

在偏远的玉米地里发现了一具伪装成稻草人的尸体，身上有枪伤，团队被迫争分夺秒地工作，以避免风暴和可能影响证据的潜在并发症。布斯和布伦南审问了受害者的三个妻子，她们也是姐妹，并了解到姐妹之间的嫉妒和对丈夫关注的渴望导致了家庭的重大裂痕。布斯和布伦南还询问了一位不赞成受害者一夫多妻制的亲戚。与此同时，卡姆对她与随叫随到的医生男友的关系失去了信心，但他们都意识到他们需要将他们的关系放在首位。

一名小轮车骑手的遗体在自行车特技失败后在仓库的屋顶上被发现。当布斯和布伦南审问受害者的同伴时，霍金斯和新柔和的“斜视”费舍尔确定了受害者骨骼结构中的众多骨折，安吉拉重现了导致致命事故的一系列事件。与此同时，斯威特斯向布斯寻求有关他与黛西关系的建议，布斯就他与汉娜的关系做出了决定。

情人节那天，婚礼策划师的液化遗骸在她家的日光浴床上被发现，卡姆向她的团队施压，要求她及时破案，这样她就可以和男朋友一起庆祝节日。当“斜视”在实验室中不知疲倦地工作时，布斯和布伦南审问了一系列可能的嫌疑人，直到他们解锁受害者计算机中的机密文件，从而找到他们的主要嫌疑人。与此同时，布斯和布伦南淡化了情人节的意义，霍金斯试图为安吉拉计划一个浪漫的日子，但“眯眼”克拉克帮助他意识到最有意义的礼物来自内心。

狙击手雅各布·布罗德斯基干掉了一名从司法系统中逃脱的受害者;布斯利用他的军事训练试图在布罗德斯基再次出击之前阻止他;安吉拉的父亲拜访了杰斐逊主义者。

布伦南与加拿大法医足病医生合作，在美加边境发现八双脚后确定真正的受害者，但七双脚属于研究。在其他地方，卡姆越过了一个主要界限，剥夺了米歇尔选择自己大学的权利。

在荒野中发现了一位流言终结者电视节目主持人的遗骸，似乎是被神话中的丘帕卡布拉杀死的，这是一种爬行动物 - 哺乳动物杂交生物，其存在尚未得到证实。该团队很快了解到，受害者前往偏远的西弗吉尼亚州地区揭穿丘帕卡布拉神话，他们审问可能的嫌疑人，包括竞争对手的荒野频道主持人/密码动物学家/宠物通灵者。但是，当在犯罪现场找到磁带并在受害者的遗体中发现奇特的牙印时，研究小组了解到有关受害者死亡的细节，这些细节挑战了围绕他死亡的原始理论。与此同时，正在康复的酗酒斜视文森特·奈杰尔-默里（Vincent Nigel-Murray）对团队的每个成员进行了弥补，并做出了一些令人惊讶的坦白。

一名海事博物馆保安人员的遗骸在佛罗里达大沼泽地被发现，此前他们试图偷走用于寻找宝藏的过时的 17 世纪海图碎片。为了破案，布斯找到了沃尔特·谢尔曼，他是一名前伊拉克士兵，拥有挖掘任何人和任何东西的不可思议的天赋。在谢尔曼以及他的同事艾克·拉图利普（Ike Latulippe）和他的法律顾问利奥·诺克斯（Leo Knox）的帮助下，该团队被引导到纹身艺术家那里，为他们指出一个坚强的年轻女子的方向。但是，当这名妇女被发现被谋杀时，她的遗骸中残留着地图的残余物，该团队发现了与地图和犯罪嫌疑人有关的几个世纪的历史。与此同时，布伦南考验了谢尔曼的非凡技能，布斯对他的前战友怀有冷淡的感情。

该团队在新建的社区中心游乐场的场地上发现了一名成功的广告人的遗体。在检查受害者的家并审问他的前伴侣和雇主时，布斯和布伦南发现受害者通过对诚实采取侵略性态度烧毁桥梁，并且是一个激进的诚实支持小组的成员。与此同时，每个团队成员都试图采用一种更诚实的沟通方式，这种方式并不总是有助于建立良好的关系，安吉拉敦促霍金斯面对他们怀孕的现实。

当一名15岁的简·多伊（Jane Doe）在街上被发现时，布伦南，杰斐逊实习生阿拉斯托·瓦齐里（Arastoo Vaziri）和整个杰斐逊团队要弄清楚她的历史以及她是否应对最近的谋杀案负责。

流氓狙击手雅各布·布罗德斯基再次回归，声称又是一名受害者，并让布斯决心一劳永逸地将他赶走。

在第六季的大结局中，球队调查了一具令人不安的、无法辨认的保龄球手遗体，这些遗体被发现卡在保龄球馆的一个自动弹球器中。在此案陷入绝境后，布斯和布伦南决定卧底，加入一支竞争激烈的保龄球队，寻找答案。