Sedam mjeseci nakon što su Brennan i Booth napustili SAD, Caroline ih zove da se vrate u Jeffersonian institut kako bi spasili Cam od otkaza i riješili kontroverzni slučaj. Camilleina reputacija i karijera su u pitanju pa se Brennan i Booth ne dvoume vratiti kako bi riješili slučaj nepoznatog dječaka, a njegovoj obitelji donijeli toliko željeni spokoj. U forenzičkom timu izgubio se žar od kada su njegovi članovi krenuli u nove životne pothvate pa će ekipa trebati uložiti zajednički napor u otkrivanju dokaza kako bi slučaj priveli kraju.

Ljudske kosti pronađene su u nacionalnom parku pa tim mora otkriti identitet muškarca i žene te riješiti slučaj. Boothova djevojka i dopisnica iz Afganistana, Hannah Burley, iznenada se pojavi, što utječe na Brennan da ponovno procijeni svoj odnos s Boothom.

Raspadnuti ostaci tijela, koji su nađeni na obali Jerseya, identificirani su kao dijelovi 23-godišnjaka koji je noć prije tulumario u popularnom noćnom klubu. Brennan iznenadi svojem znanjem pop kulture nakon što je pogledala reality „Jersey Shore“, za koji vjeruje da je dokumentarac o New Jerseyu. I dok Boothova djevojka Hannah osvoja simpatije tima, Angela pokušava sakriti svoju trudnoću.

Lubanja i ostaci ruka pronađeni su na smetlištu. Žrtva je lovac na nagrade koji je bio u potrazi za Charlesom Bravermanom, optuženim za ubojstvo kolege. U međuvremenu, profesor Bunsen Jude zatraži Brennan da se pojavi kao specijalna gošća u epizodi dječjeg showa, koji se snima za Jeffersonian institute.

U betonu gradilišta pronađena je lubanja. Booth i Brennan ubrzo saznaju da je žrtva mlada plesačica koja je puno obećavala, ali je odlučila napustiti balet kako bi se posvetila hip hop plesu. Dokazi vode do osobe koja je s njom imala tajnu vezu. Hannah je na zadatku u opasnom gradskom kvartu i život joj se nađe u opasnosti.

Ljudski ostaci pronađeni su na 150 godina starom brodu Amalia Rose, kojim su se prevozili robovi. Te stare ostatke Booth i Brennan povežu s nedavnim ubojstvom, a tragovi ih vode do kruzera na kojem saznaju da je žrtva viđena nekoliko trenutaka prije smrti. Sweets se trudi održati neformalnu vezu s Daisy, a Cam otkrije iznenađujuću povezanost s brodom Ameila Rose.

Ljudski ostaci pronađeni su u velikom dućanu čokolade, koji je u vlasništvu ekscentričnog proizvođača. U međuvremenu, Cam se pokušavati pomiriti s odlukom kćeri da pohađa fakultet, koji, po njenom mišljenju, ne zadovoljava visoke standarde. Hodgins traži od Angele da organizira zabavu na kojoj bi objavila svoju trudnoću za koju ionako svi već znaju.

Mrtav muškarac s prostrijelnom ranom pronađen je na sjedištu zapaljenog kamiona. No tim otkriva da uzrok smrti nisu ni vatra ni metak, a ubrzo doznaju da supruga žrtve radi kao učiteljica u srednjoj školi. Daljnja istraga otkriva vezu između učenika i profesorice. U međuvremenu, Sweets odbija pomoći Daisy da prođe na na psihološkom testiranju koje provodi vlada, dok Hannah postaje bliska s Boothovim sinom Parkerom.

Briljantna kirurginja, zaokupljena karijerom poput Brennan, pronađena je u kvartu na zlom glasu s nekoliko ozljeda na glavi. Istražitelji ne mogu objasniti kako i zbog čega se doktorica tamo našla. Uz pomoć novog prijatelja na Jeffersonian institutu, čuvara Micaha Leggata, Brennan otkrije ponešto o sebi i nauči kako je ponekad u životu potrebno i riskirati.

Unakaženo tijelo pronađeno je pod tušem u domu čija je vlasnica djevojka koja pripada višoj klasi društva. Rekonstrukcija kostura i dokaza pronađenih u odvodu otkriju da se radi o Kineskinji koja je bila zaposlena kao prodavačica lažnih skupocjenih marki ženskih torbi i koja je toliko jako željela pripadati eliti. U međuvremenu, Angela i Hodgins razgovaraju o njihovom budućem domu te gdje žele odgajati djecu, a Booth otkrije Hanni što osjeća za Brennan.

Kada Heather Taffet, poznatija kao Gravedigger, po posljednji put zatraži žalbu prije nego bude osuđena na smrt, netko je ubije. Tim iz Jefferson instituta dobije zadatak odrediti točno mjesto s kojeg je snajperist uputio smrtonosni hitac. Sumnja padne na Brennaninog oca Maxa, pa čak i Bootha. U međuvremenu, Sweets se pokušava sabrati nakon neugodnog susreta s Gravedigger.

Skriveno u strašilu pronađeno je mrtvo tijelo s prostrijelnom ranom. Tim mora požuriti s istragom prije nego počne oluja i uništi tragove i dokaze na mjestu zločina. Ubijeni muškarac je imao tri žene, koje su sestre, pa je ljubomora među njima i borba za njegovu privrženost bila redoviti povod za svađe u kući. U međuvremenu, Cam je izgubila samopouzdanje u vezi, no njen izabranik i ona svjesni su da moraju svoj odnos staviti na prvo mjesto ukoliko žele uspjeti.

Mrtvo tijelo vozača BMX-a pronađeno je na krovu skladišta na kojem biciklisti izvode svoje akrobacije i pokazuju vještine. Kada Booth i Brennan nađu ukradeni bicikl žrtve, tim zaključi da je ubijen tupim predmetom. U međuvremenu, Sweets želi zaprositi Daisy pa potraži savjet od Bootha, a Booth učini veliku gestu kako bi pokazao Hanni da je ozbiljan u vezi njihovog odnosa.

Rastaljeni ostaci profesionalne organizatorice vjenčanja pronađeni su u njezinom domu na Valentinovo. Cam radi pritisak na tim da riješi slučaj što prije kako bi mogla otići na odmor sa svojim dečkom. U međuvremenu, Booth i Brennan izruguju se Valentinovu, dok Hodgins pokušava isplanirati romantični dan sa Angelom. Clark mu pomaže da shvati kako su najvažniji pokloni oni koji se poklanjaju srcem.

Nakon što je smaknuo Gravediggera, snajperist Jacob Broadsky opet je u akciji. Ovoga puta, žrtva je osumnjičenik, koji je uspio izbjeći pravdi. Booth će se morati poslužiti znanjem stečenim na vojnoj obuci kako bi mogao poraziti snajperista na njegovom terenu te se obveže da će učiniti sve što je potrebno kako bi ga spriječio u daljnjim nakanama. U međuvremenu, Angelin otac posjećuje Institut Jefferson i inzistira da svome nerođenom unuku da ime.

Nakon poplave, ljudska stopala isplivaju na obalu između Kanade i Sjedinjenih Država. Ona pripadaju tijelima, na kojima se istražuje na sveučilištu u blizini, no jedan par stopala istražitelji ne mogu identificirati. U suradnji s Brennanom, kanadski forenzičar doktor Douglas Filmore preuzme ostatke ljudskih tijela. Uskoro, skupi par tenisica vodi tim do ubojice. U međuvremenu, Cam pravi planove za studij svoje kćeri bez njenog znanja.

Ostaci voditelja televizijskog showa, koji se bavi razotkrivanjem mitova, pronađeni su u divljini. Izgleda da ga je ubila mitska zvijer Chupacabre, životinja koju je istraživao. Osumnjičeni je njegov kolega s rivalske TV stanice i pobornik kriptozoologije, no ugrizi na žrtvi govore da se radi o napadu nemilosrdne zvijeri. U međuvremenu, oporavljeni alkoholičar Vincent Nigel-Murray iskupi se kolegama i neočekivano se ispovijedi.

Ostaci zaštitara pomorskog muzeja pronađeni su u nacionalnom parku Everglades nakon propalog pokušaja krađe rijetkog fragmenta nautičke karte iz 17. stoljeća. Booth traži pomoć starog kolege, Waltera Shermana, bivšeg vojnika koji je služio u Iraku. Uskoro je pronađeno i tijelo žene, a tim otkriva poveznicu staru stoljećima, koja spaja žrtve i osumnjičenike za zločine. U međuvremenu, Brennan testira Shermana, a odnos Booth i Waltera se zahladi.

Kostur uspješnog marketinškog stručnjaka pronađen je u sadilici novog gradskog igrališta. Prije smrti muškarac se okrenuo novim životnim stavovima i postao je član radikalne grupe koja podržava iskrenost zbog čega su ga kolege, pa čak prijatelji i obitelj napustili. U međuvremenu, članovi instituta Jeffersonian pokušavaju što iskrenije međusobno komunicirati, što ne završi uvijek najsretnije. Angela i Hodgins počinju osjećati stvarne promjene zbog trudnoće.

Nepoznata gluhonijema petnaestogodišnjakinja pronađena je na ulici zamrljana krvlju i s nožem u ruci, što istražitelje navodi na zaključak da je počinila zločin. U međuvremenu, Angela još uvijek ne otkriva Hodginsu detalje o svojoj trudnoći.

Kada poludjeli snajperist Jacob Broadsky ponovno ubije, Booth je odlučniji nego ikada uhvatiti zločinca. On uspije izbjeći metak koji mu je bio namijenjen, ali taj usmrti nevinu žrtvu pa Booth ne želi stati dok Broadsky nije iza rešetaka.

Na završetku šeste sezone tim u kuglani istražuje tijelo smrvljeno do neprepoznatljivosti strojem koji postavlja čunjeve. Bez odgovora na hrpu pitanja i ikakvog traga, Booth i Brennan odluče promijeniti identitete i prijaviti se u kuglački tim jer misle da jedino tako mogu doći do istine. Na samom kraju Booth objavljuje veliku vijest!