Sześć tygodni po finale czwartej serii Bones dzięki medium Brennan i Booth odnajdują ludzkie szczątki pod fontanną. Szczątki wszystkich ofiar zawierają truciznę, jednak jedna z nich nie zginęła w wyniku otrucia, bo trucizna nie zdążyła zadziałać. Okazuje się, że ofiara ta została zastrzelona z kuszy. Śledztwo Bootha i Bones doprowadza ich do grupy religijnej „Harbingers of a New Day”, której członkowie chcą żyć w podwodnej utopii. W dochodzenie zaangażowani są też Angela, Caroline i Sweets. Booth wyznaje Bones, że ją kocha… jak partnerkę z pracy. W odcinku gościnnie pojawi się Cindy Laupert jako Avalon Harmonia (medium), która z kart wyczyta uczucia Brennan i Bootha, w co Bones nie uwierzy.

Brennan i Booth badają sprawę ciała mężczyzny zamordowanego z powodu nieujawnionej zawartości jego nesesera (teczki). Początkowo dowody prowadzą zespół do podejrzanych w służbach specjalnych, a ich teorię potwierdza fakt znalezienia ciekłych zwłok agenta CIA w bagażniku samochodu. Kiedy Booth i Brennan przesłuchują zastępcę dyrektora CIA, zostaje podważona ich lojalność wobec USA. W tym samym czasie najlepiej sprzedająca się książka Brennan odnosi finansowy sukces i jest przyczyną sporu z Boothem… Stażysta Wendell Bray traci swoje stypendium, a zespół stara się znaleźć inny sposób, by zatrzymać go w Instytucie.

Sprawa dotyczy śmierci nastoletniego amisza, który zginął podczas Rumspringi*. Brennan postrzega amiszów jako wierzących w zabobony głupców, ale ich tradycja ją fascynuje. Wychodzi na jaw, że chłopiec był utalentowanym pianistą i tuż przed śmiercią miał mieć przesłuchanie do National Conservatory**. B&B przesłuchują jego rodzinę i przyjaciół, których poznał po opuszczeniu społeczności. Powraca przybrana córka Cam – Michelle. Michelle i Cam kłócą się. Rozmawiają o seksie i Michelle mówi, iż Cam nie jest jej matką, a jedynie sprawuje nad nią opiekę po śmierci jej ojca, więc niech nie próbuje być kimś więcej. To rani Cam, ale później obie kobiety dochodzą do porozumienia.

Trwa hawajski piknik na przedmieściach. W piecu przygotowywana jest świnia. Nagle zaczyna dziać się coś dziwnego i sąsiedzi odkrywają ukryte pod zwierzęciem ludzkie szczątki. Zespół z Instytutu Jeffersona stwierdza z całą stanowczością, że mężczyzna nie żył już przed upieczeniem. Brakuje tylko jednego mieszkańca osiedla, więc ofiara zostaje od razu zidentyfikowana. Mężczyzna i jego żona nie byli zbyt lubiani wśród sąsiadów z powodu korzystania z wiatraka, który, choć przyjazny dla środowiska, był brzydki, hałaśliwy i nie pasował do zadbanej okolicy. Wkrótce jednak wychodzą na jaw sprawy o wiele poważniejsze, z powodu których ktoś faktycznie mógł zabić Kurta – otrucie przez niego psa, romans z żoną i córką jednego z sąsiadów, wyłudzanie pieniędzy…

Na ogrodzeniu zostaje znaleziona współczesna mumia. Booth robi listę podejrzanych i wypytuje personel czy nikogo nie brakuje. Booth ma nowego szefa, Andrew Hackera, który pyta go, czy wie, że umówił się z dr Brennan. Chce się upewnić, czy to nie zakłóci współpracy między nim, a dr Brennan. Booth zaprzecza.

Harcerki znajdują nad rzeką ludzkie szczątki. Zabezpieczają dowody i przewożą wszystko do Instytutu Jeffersona. Brennan nie jest zachwycona faktem, że dzieci naruszyły miejsce znalezienia ciała. Rekonstrukcja wykonana przez Angelę sugeruje, że mężczyzna był człowiekiem-kurczakiem… W dodatku Hodgins znajduje w ciele pasożyty, które zwykle występują u kur. Niedługo później okazuje się, że ofiara była właścicielem znienawidzonej przez mieszkańców miasteczka i ekologów kurzej fermy.

Kiedy zawaliła się jedna z waszyngtońskich ulic, na dnie dziury odkryto ludzkie szczątki, które nie dość, że zielone, są mniejszych rozmiarów niż zazwyczaj. Dr Brennan od razu stwierdza, że należały do karła. Wygląd kości sugeruje, że miał on świetną kondycję fizyczną i prawdopodobnie uprawiał zapasy. Odnajdują ofiarę w Internecie, ale okazuje się „Żelazny Skrzat” nadal walczy. Wniosek może być tylko jeden – inny karzeł podaje się za „Żelaznego”. Okazuje się, że takie działania w świecie zapasów są na porządku dziennym. Trop prowadzi do szefa ofiary – kobiety, z którą zapaśnik miał romans.

W domu wystawionym na sprzedaż agentka nieruchomości znajduje spopielone ludzkie szczątki. W dobrym stanie pozostaje tylko stopa i fragment ręki. Badając stopę, zespół z Instytutu Jeffersona stwierdza, że ofiara była kobietą, która ważyła niewiele ponad 50 kg, czyli o wiele za mało, jak na tyle popiołu. Zatem w łóżku musiały znajdować się dwie osoby. Booth i Brennan zaczynają więc poszukiwać partnera kobiety. W tym celu trafiają, między innymi, do klubu, w którym przede wszystkim cenione są puszyste panie – takie, jaką jeszcze do niedawna była ofiara.

Podczas porządkowania odpadów z restauracji, pracownicy znajdują w pojemniku ludzkie szczątki. Zostaje wezwana ekipa z Instytutu Jeffersona, Booth zawiadamia Bones, która stwierdza, że nie jest potrzebna – nie ma tam kości. Jednak w czasie przenoszenia zwłok, z nieboszczyka ześlizguje się skóra… Szybko udaje się ustalić, że ofiara była listonoszem. Wkrótce zostaje ustalona jego tożsamość. Żona mężczyzny opowiada Boothowi i Brennan, że mąż ostatnio został mistrzem w grze „Punky Pong”, co mogło rozzłościć wiele osób. Zwycięska gra na automacie została przesłana sędziemu nagrana. Angela i Brennan dochodzą do wniosku, że listonosz oszukiwał i tak naprawdę ktoś inny przeprowadził zwycięską grę. Asystentem tygodnia jest Fisher, któremu udaje się zdobyć bilety na najnowszy kinowy przebój Jamesa Camerona Avatar. Na pokaz zaprasza Hodginsa i Sweetsa.

Do banku przychodzi Święty Mikołaj i pokazuje, że pod ubraniem ma bombę, każe zapakować sobie pieniądze. Radiowozy w okolicy dostają wezwanie o napadzie. Na miejscu zdarzenia najszybciej zjawia się Booth. Mikołaj wychodzi z banku, próbuje coś powiedzieć Boothowi i… wybucha. Ranne są przy tym dwie osoby, trochę cząstek zostaje też na Boothie (staje się zatem dowodem). Okazuje się, że wybuch spowodowały fale radiowe pochodzące z zaparkowanej nieopodal taksówki. Booth podejrzewa, że sprawcą wybuchu może być autor niezależnej audycji radiowej rozpoczynającej się w chwili, gdy Mikołaj wyszedł z banku. Razem z Brennan wyruszają na poszukiwania. Stażystką jest Daisy. Wszyscy w Instytucie planują święta. Bones zamierzała spędzić je w Salwadorze, ale ostatecznie postanawia zostać z ojcem i kuzynką (w tej roli Zooey Deschanel), zaprasza też Bootha. Daisy nie chce świętować ze Sweetsem, bo przyjmuje, że Jezus urodził się w marcu. Natomiast Michelle postanawia wyjechać z koleżanką i zostawić Cam samą.

Jedna ze spraw prowadzi Brennan i Bootha do Nowego Meksyku, gdzie mają oni zbadać ludzkie szczątki wykazujące cechy pozaziemskie. Ofiara zostaje zidentyfikowana jako miejscowy fanatyk UFO, znany wszystkim w miasteczku jako niestrudzony poszukiwacz obcych form życia. Znalezione przez niego „dowody” zmuszają nawet Bootha i Brennan do przemyśleń nad możliwością istnienia innych form życia. Tymczasem miejscowy szeryf odmawia wydania szczątek i wysłania ich do Jeffersonian, dlatego zespół jest zmuszony do pracy za pośrednictwem satelity. Angela i Wendell mówią wszystkim o swoim związku…

Mr White i jego zespół rządowych agentów zamykają Laboratorium Jeffersonian i nalegają, aby Brennan i jej zespół naukowców określił przyczynę śmierci niezidentyfikowanych, ale wysoko sklasyfikowanych kompletnych ludzkich szczątków. Zespół rozpoczyna pracę, a wkrótce zaczyna podejrzewać, że bada jedno z najsławniejszych prezydenckich morderstw w historii. Tymczasem szef Bootha Andrew Hacker pomaga mu włamać się do laboratorium i określić motywy tajemniczego śledztwa. Sfrustrowana Cam martwi się o Michelle; sądzi, że ta coś przed nią ukrywa.

Gdy ludzki szkielet odkryto w okopach pola bitewnego wojny secesyjnej, Brennan i Booth zostają wezwani do sprawy. Mimo że jest to miejsce historyczne, Brennan szybko identyfikuje szczątki, należące do Dan Pinard, lokalnego dentysty. Kiedy Booth przesłuchuje podejrzanych, w tym byłego chłopaka ofiary, Hodgins w laboratorium wraz z Vincentem Nigel-Murrayem pracują wytrwale nad czyszczeniem kości z pozostałości gliny, która uniemożliwia zespołowi określenie przyczyny zgonu. Tymczasem Jared, brat Bootha, wraca z podróży z zaskakującą wiadomością.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie wyjątkowo zniekształconych szczątek alegoryzujących biblijny tekst. Kiedy dowiadują się więcej na temat ofiary, pacjenta dr. Adama Copelanda z Sanatorium Havenhurst, spotykają podejrzanych, których trudno scharakteryzować jako dobrych lub złych. Tymczasem w Jeffersonian stażysta Arastoo Vaziri ujawnia tajemnicę o swojej przeszłości.

Booth i Brennan powracają pamięcią do pierwszej wspólnej sprawy sprzed sześciu lat. Na wysypisku znaleziono zwłoki dziewczyny. Booth ukrył przed Brennan prawdziwą tożsamość ofiary i okoliczności jej śmierci oraz nazwisko domniemanego sprawcy, który jest tak wpływową osobą w Waszyngtonie, że nawet agent federalny potrzebuje niepodważalnych dowodów, by go o coś oskarżyć. Agent nie docenił jednak inteligencji Brennan i pasji w poszukiwaniu prawdy.

Podczas randki para (homoseksualna) znajduje czaszkę. Według legendy w lesie mieszka duch, który opętuje ludzi i zmusza ich do zabijania. Brennan wychowała się w tych stronach. Za jej szkolnych czasów w ten sam sposób zamordowano jej koleżankę. Sprawcy nigdy nie znaleziono. Okrzyknięto go rzeźnikiem z Burtonsville. Głównym podejrzanym był woźny, Ray Buxley. Mieszkał na odludziu, był małomówny i tylko Brennan darzyła go sympatią. Obecnie ona nadal wierzy w jego niewinność, chociaż ważne dowody świadczą przeciw niemu.

We wnętrzu martwego rekina odkryto ludzką kończynę. Ślady na kościach dowodzą, że człowiek został zaatakowany przez kilka drapieżników ze strefy tropikalnej. Miejscem zbrodni jest oceanarium. Brennan i Booth znajdują w ogromnym akwarium czaszkę i kręgosłup. W trakcie śledztwa wychodzi na jaw, że do zabójstwa musiało dojść w czasie, gdy w oceanarium była szkolna wycieczka. Badacze ustalają tożsamość ofiary. Jest nią kontrowersyjny naukowiec, który zdobył sławę, głosząc, iż po poważnej kontuzji doznał ozdrowienia w morzu.

W bębnie hotelowej pralki znaleziono zwłoki. Szkielet uległ poważnemu uszkodzeniu, więc określenie przyczyny śmierci będzie trudne. Brennan i Arastoo odkrywają na kościach uszkodzenia, których ofiara musiała doznać w wyniku ryzykownych zachowań. Okazuje się, że zaginął biznesmen Richard Cole, który w wywiadzie wspomniał, że planuje udział w „Obozie fantazji”. Wśród szczątków wydobytych z pralki Hodgins znajduje fragment kła mamuta.

W lesie strażacy gaszą pożar domu. W szafie odkrywają szkielet kobiety w sukni ślubnej. Stalowe ściany kapsuły uchroniły szczątki przed ogniem, w przeciwieństwie do innych zwłok odkrytych na pogorzelisku. Okazuje się, że ofiary zmarły, zanim płomienie ogarnęły chatę. Analiza szkieletu kobiety w sukni ślubnej dowodzi, że jej kości wydobyto z grobu i ponownie połączono. Wykryte na nich obrażenia przypominają ślady tortur, którym poddawano niewiasty podejrzewane o czary w XVII wieku.

Rozpoczyna się proces Grabarza – seryjnej zabójczyni, która porywała i mordowała ludzi, zakopując ich żywcem. Ponieważ oskarżona była prokuratorem federalnym, sama broni się w sądzie przed zarzutami, m.in. zamordowania kilkuletniego chłopca. Ciała nigdy nie odnaleziono. Z powodu błędów proceduralnych, które Brennan świadomie popełniła przed rokiem, by ratować Bootha i Hodginsa, oskarżona może wyjść na wolność. Przyjaciele z instytutu Jeffersona muszą ponownie przeanalizować ślady w sprawie porwania dziesięciolatka.

Pewien chłopak ma wrażenie, że śnieg zaczyna padać w jego sypialni. Niespodziewanie sufit spada mu na głowę. Wraz ze stosem śmieci zsuwa się ludzki szkielet. Ofiara to mężczyzna, który z powodu choroby psychicznej zamienił mieszkanie w magazyn śmieci. Ślady na czaszce świadczą o tym, że został zaatakowany. Angela i Hodgins są bardzo szczęśliwi. Ojciec Angeli zjawia się nagle w mieście. Zleca Hodginsowi, by wykradł jego wóz z parkingu należącego do gangu szalonych motocyklistów.