Jósnő segítségével a csapat tömegsírra bukkan egy városi szökőkút talapzatánál. Brennan persze nem tudja megemészteni, hogy egy jós vezette őket a tett színhelyére és egyértelműen a potenciális gyanúsítottak közé sorolja. Pláne, miután kiderül, hogy a jósnő egykori testvére is az áldozatok között van.

Gyilkosság történik, melynek során eltűnik egy aktatáska. Az áldozat ukrán gyémántfutár, így mindenki azt feltételezi, hogy drágakövek voltak nála. Majd kisvártatva egy újabb áldozat is előkerül, méghozzá egy CIA-ügynöké. A csapat eljut Lena Brodsky-hoz, a gyémánt konszern vezetőjéhez és a CIA központi vezetését is megszorongatja. Egy ipari kamera felvételéből kiderül, hogy a futár a diplomata kapun érkezett az országba, noha nem élvezhetne diplomáciai mentességet.

Amish fiú maradványai kerülnek elő egy vasútállomáson. Ezen a nyomon elindulva Booth és Bones eljutnak a Yoder családhoz, akik hónapokkal korábban bejelentették fiuk eltűnését. Az amish közösségekben tilos a hangszeres zene, az ifjú Levi mégis megismerkedett a zongorával és hamarosan kiderült, hogy rendkívüli tehetség. Tervei közt szerepelt, hogy kilép a közösségből és zenei konzervatóriumba jelentkezik, ahová minden esélye megvolt, hogy felvegyék, ám az élet vagy inkább a halál közbeszólt.

Egy kertvárosi összejövetelkor, az éppen készülő malacpecsenye alatt egy elégett holttestre bukkannak. A közösség tagjai rendre egymásra mutogatnak, de mint kiderül, majd mindenkinek volt indítéka eltenni láb alól egyik szomszédjukat. Bones és a csapat a maradványok rekonstruálása során egyre komolyabb kételyekbe ütközik, különösen a gyilkos fegyver, vagy fegyverek megléte kapcsán. Elsődleges feladatuk tehát azoknak felkutatása, és az indítékok számba vétele. Ezen a vonalon haladva el is jutnak ahhoz a három emberhez, akiket már gyanúsíthatnak is a gyilkosság elkövetésével.

Egy elektromos védelmi kerítésen találnak rá egy megégett holttestre, amelyről Brennan hamar kideríti, hogy több ezer éves egyiptomi múmia. Amikor kiderül, hogy meggyilkolták a Jefferson intézet egyik kurátorát is, aki az egyiptomi anyag kiállításáért volt felelős, felmerül a gyanú, hogy anyagi érdekből történt az emberölés. Egy különleges eljárás segítségével megoldódik a rejtély, miért volt annyira fontos a múmia, hogy öltek is érte.

Kiscserkész-csapat bukkan rá egy emberi holttestre. Az áldozat arca megdöbbentő, mintha csirkét emberrel kereszteztek volna. A nyomok egy csirke-feldolgozóba vezetnek, ahol kiderül, hogy az üzem ellen már régóta hevesen tiltakoznak a helybeliek. Mivel az áldozat a gyár egyik vezetője volt, több radikális tiltakozó is gyanúsítottá válik, köztük a halott felesége is.

Csőtörés nyomán kerül a felszínre egy csontváz, amely a föld mélyén, egy törmelékkupac alatt hevert. Brennan hamar megállapítja, hogy az illető törpe növésű volt, Angela pedig kideríti, hogy profi pankrátorként kereste a kenyerét. Több olyan gyanúsított is képbe kerül, akinek lehetett indítéka megölni az illetőt, és Booth-nak kell kiderítenie, hogy a pénzéhség, a szakmai törtetés, vagy a féltékenység motiválta a tettest.

Egy eladásra váró ház hálószobájában emberi hamvakat és egy félig elszenesedett lábat találnak. Booth azonnal nyomozni kezd az ügyben, de közben megérkezik látogatóba idős nagyapja. Booth számára komoly érzelmi hullámvasutat jelent a látogatás, hisz a nagyapja nevelte fel. Nem csak gyermekkori traumáival és emlékeivel, de Brennan iránti érzelmeivel is szembe kell néznie.

Brennan és Booth egy meggyilkolt postás esetét vizsgálja, akiről kiderül, hogy egy 80-as évekbeli népszerű játék megszállottja, és egyben világbajnoka is volt. A játékosok világában komoly hírnévnek örvendett, de éppen ebben a körből kerülnek elő egymás után az ellenségei is. Hodgins és Sweets eközben Fisher kezdeményezésére fergetegesnek ígérkező közös szórakozásba vágnak.

Karácsony előtt néhány nappal Mikulás-jelmezbe öltözött férfi rabol ki egy bankot, majd amikor Booth az utcán elkapja, felrobbantja magát. Brennan és a Jefferson-intézet munkatársai kiderítik, hogy a robbanószerkezet külső hatásra indult be, és hogy a Mikulásnak öltözött rablót valaki el akarta tenni láb alól. Brennan apja, Max eközben azon ügyködik, hogy karácsonyra Washingtonba hívja Brennan másodunokatestvérét.

A mexikói határ mellett, a sivatagban egy kissé zavaros fejű ufóvadász rémületes külsejű holttestre bukkan, amelyről a környéken elterjedő pletyka miatt sokan hiszik, hogy földönkívülié volt. Booth és Brennan dolgát a helybeli seriff sem könnyíti meg, aki ragaszkodik ahhoz, hogy a maradványokat csak helyben vizsgálhatják meg. A nyomozás kideríti, hogy a maradvány nagyon is emberi, halálához pedig semmiféle ufónak nem volt köze.

A kormány titkos szervezetének emberei váratlanul megjelennek a Jefferson intézetben, és egy lezárt koporsót hoznak magukkal, benne csontmaradványokkal. Hermetikusan lezárják a labort, Brennannek és társainak pedig megtiltják a távozást. Közlik a megdöbbent tudósokkal, hogy csak akkor mehetnek el, ha megállapították az illető halálának okát. Booth, akit Sweets értesít, megpróbál a helyszínre menni, és segíteni barátain. Cam és Brennan megdöbbentő eredményre jutnak: lehetséges, hogy a csontok John F. Kennedy elnök maradványai.

Egy hagyományőrző egylet az amerikai polgárháború egyik csatájának újrajátszása közben csontvázra bukkan. Kiderül, hogy az illető nagyon is a modern korban élt, és fogorvos volt. Booth nyomozni kezd az ügyben, és indítékként felmerül a féltékenység, a homoszexualitás és természetesen a kapzsiság is.

Egy templom oltárán lángoló elszenesedett hullát találnak. A pap rémülten fedezi fel, hogy az emberformájú lénynek szarvai vannak. Többen azt hiszik, hogy ez a gonosz műve. Brennan és társai nyomoznak a különös ügyben.

Booth és Brennan Sweets-szel beszélgetnek, aki hamarosan befejezi könyvét, melyet kettejük különös, egyedien szoros és egyedien távolságtartó kapcsolatáról írt. Booth és Brennan elhatározzák, hogy elmesélik neki azt az esetet, amikor először dolgoztak közösen egy ügyön, és amiből egymáshoz való személyes viszonyuk is fakadt.

Brennan régi gimnáziuma mellett egy szétszabdalt női holttestet találnak. Amikor Brennan Booth-szal együtt a helyszínre érkezik, éppen a saját osztályának érettségi találkozója tart. A holttestet azonosítva kiderül, hogy a valamikori osztály egyik legcsinosabb és legsikeresebb tagja volt az áldozat, és hogy talán a tettest is a régi iskolatársak között kell keresni.

A mélytengeri akvárium egy cápájának a gyomrából emberi maradványok kerülnek elő. Bones búvárruhában merül le a vízbe a veszélyes ragadozók közé, hogy további bizonyítékokat találjon. A bűnügyet a gyönyörű biológus, Catherine Bryar jelenti be, aki teljesen elvarázsolja Booth-t.

A szállodai mosoda egyik hatalmas mosógépében darabokra szakadt hullát fedeznek fel, akiről Brennan kideríti, hogy a hotelben megrendezett rocktábor egyik résztvevője. A sikeres ingatlanfejlesztőt többen is szívesen látják holtan. Booth elemében van, mivel maga is rock-rajongó Bonse legnagyobb megdöbbenésére.

Egy porig égett családi ház romjai között Booth és Brennan kísérteties nyomokra bukkan, többek közt egy több száz éves csontvázra. Az illetőről nemsokára kiderül, hogy a XVII.század végi salemi boszorkányperek egyik érintettje volt, a házban halálra égett másik nő pedig egy nagyon is mai boszorkány, akit valaki éppen ezért akart eltenni láb alól.

Elérkezik a Sírásó, azaz Heather Taffett ügyének tárgyalása, aki egykor Brennant, Booth-t, és Hodginst is elrabolta. Mindhármuknak meg kell küzdeniük a borzalmas emlékekkel, a tárgyalóteremben pedig Taffett-tel is, aki tapasztalt egykori ügyészként nagyon megnehezíti a dolgukat.

Egy bérházban levő lakás plafonja beszakad, és a résen át lezuhan a fönti lakó holtteste. Közben Booth-t felkéri a hadsereg, hogy egy évre menjen Afganisztánba kiképzőtisztnek. Daisy egy indonéziai kutatásban kap ösztöndíjat, és Brennan is úgy dönt, hogy vele tart.