アンジェラと親しい霊能者アバロンから、噴水の下に遺体が埋まっていると聞いたブレナンとブース。半信半疑で調べたところ、地中から12体の遺体とディスクが発見される。

空港の駐車場でひき逃げされた上、右手が切断された遺体が見つかる。身元を示すものは何もなく、ラボでは骨折の治療跡などから、ロシア人スパイではないかと考える。

線路の上でバラバラ遺体が発見される。ブレナンが骨を調べると、現代人の生活の痕跡が全く見つからず、19世紀の人間のようだった。やがて被害者がアーミッシュの少年リーバイだと分かる。

郊外の住宅地で開催されていたバーベキュー・パーティの最中に、コンロの中から黒こげの遺体が発見される。遺体が着けていたサングラスから被害者は住民のカートだと判明。ブレナンたちはパーティに参加していなかった妻のケリーから話を聞く。

発電所のフェンスに遺体が張り付けられているとの通報を受け、ブレナンたちは現場に向かう。なんと遺体は3000年前のミイラで、新しい血痕が付着していた。ミイラは首が切り落とされ、胸には何かを入れていたような穴があった。

ガールスカウトの少女たちが川で発見した遺体がジェファソニアンに運ばれてきた。ブースは国防総省の研究者の中に行方不明者がいたため、アンジェラに復顔を依頼。するとまるでニワトリのような顔をした人物像が浮かび上がる。

水道管の破裂跡から白骨死体が発見される。背は低いが成人男性で、遺体の側に古い金貨が落ちていた。被害者はその骨格から小人レスラーのアイアン・レプラコーンことブライスだと判明。だが死んだはずの彼は何故かリングに上がっていた。

売り出し中の家の寝室で灰になった遺体が発見された。ブースは不動産業者のケイティに見学者リストを提出するよう依頼。ラボの調べで遺体は2人分あると判明、遺留品から一人はホームセンターの店員メグだと分かる。

レストランの廃油タンクの中から男の遺体が見つかる。油に2週間ほど浸かっていたせいで、肉組織は原型を留めてなく、どろどろに溶けてしまっていた。骨に残された特徴から被害者は郵便配達人のスティーブと判明する。

爆弾を装着してサンタの扮装をした男が銀行を襲撃した。ブースは現場に急行するが、男は「呼ばれただけ」という言葉を残し、自爆する。

ロズウェルの砂漠で、宇宙人のような腐乱死体が発見される。調査の結果、被害者は宇宙人マニアの女性であることが判明。遺体は屍蝋化していて、頭蓋骨の中にベアリングの玉を撃ち込まれていた。

突然ラボに政府関係者が現れ、ある遺体の死因を特定するようブレナンたちに指示する。特定が済むまでラボは閉鎖され、その場にいたスイーツもブレナンたちと共に拘束されてしまう。

カトリック系の教会で、尾と角がある焼死体が発見される。ブレナンが調べたところ、角は本物の骨だと言う。やがて遺体の身元がニールという青年だと判明。彼は最近入院していた精神病院から失踪していた。

スイーツは電車の中で白血病を克服したばかりの少年とひょんなことから言葉を交わす。その矢先、大きな地震が起こり、電車が脱線した結果、その少年だけが命を落としてしまう。さらに事故現場からは腐乱した遺体が見つかり、ブレナンたちも現場に駆けつける。

スイーツが出版予定のブレナンとブースの関係を分析した著書を読んだ2人は、初めての事件は別のものだと指摘。慌てたスイーツに頼まれ、2人は本当の最初の事件について語る。

ブレナンが通っていた高校がある街で切断された頭部が発見される。保安官のベッキーはブレナンの同級生で、ブレナンにはあまりいい印象を持っていなかった。やがて近くで残りの遺体も見つかり、ブレナンは高校時代に起こった未解決殺人事件と同一犯の可能性を指摘する。

海岸に打ち上げられたサメの体内から人の足が見つかったため、海洋大気局のブライアー博士がジェファソニアンに鑑定を依頼する。ブレナンは骨に複数の種類のサメの歯型を発見、ブースたちは全ての種族が揃う水族館に向かう。

ホテルの業務用洗濯機の中から遺体が見つかる。遺体は損傷でバラバラになっていたが、残留物の中から睾丸のインプラントが見つかり、その製造番号から被害者が不動産業者のコールだと判明する。

火事で全焼した家の焼け跡から2体の白骨死体が発見される。1体は古いドレスを着せられ、もう1体は家の持ち主であるシェリという女性だった。ドレスを着た遺体には複数の傷跡があり、それはセイラムの魔女裁判で使用された拷問の傷と酷似していた。

ブレナンやホッジンズ、ブースを襲った誘拐殺人犯、“墓掘人”ことヘザー・タフェットの裁判が開廷。ブレナンはいまだに恐ろしい悪夢に悩まされていたが、ブースや研究所の仲間と共に法廷に臨む。

突然あるアパートの天井が崩れ落ち、大量のガラクタとともに白骨化が進んだ遺体が発見される。被害者のマーフィの部屋にはおびただしい数のゴミがあふれ、床には大量の血痕が残っていた。