Booth si sveglia dal coma, nel quale ha vissuto una vita parallela in cui amava Brennan. Al risveglio non riesce a capire fino a che punto i suoi sentimenti siano reali.

Booth e Brennan si dedicano a due casi di omicidio collegati fra loro, quello di un corriere russo di diamanti e di un analista della CIA.

Le ossa di Levi Yoder, un membro della comunità Amish, vengono ritrovate vicino a una linea ferroviaria. Booth e Brennan scoprono che Yoder era un brillante pianista e sospettano che il suo talento sia stata la causa della sua morte. Cam ha dei problemi con il suo nuovo ruolo di genitore e chiede consiglio a Booth per tenere in riga Michelle.

Brennan e Booth indagano su dei resti umani ritrovati durante una festa di quartiere. I due chiedono aiuto a Sweets quando si ritrovano con troppi sospettati a causa di motivi politici e scandali nel vicinato che collegano tutti a un movente o l'altro. Nel frattempo Parker, il figlio di Booth, cerca di trovargli una fidanzata.

Un gruppo di ecologisti radicali appende una mummia sul cancello di una centrale elettrica. Ben presto si scopre che la mummia è coperta di sangue...

I resti di un allevatore di polli vengono ritrovati sulla riva di un fiume e Booth e Brennan sono chiamati a investigare. La vittima, che era un attivista per i diritti degli animali, stava per ereditare una fabbrica di pollame e aveva molti nemici con altrettanti moventi per ucciderlo. Bones e Booth cercano di scovare il colpevole e assicurarlo alla giustizia.

Booth e Brennan si occupano dell'omicidio di un nano che in vita era una star del wrestling. Booth scopre che in seguito all'operazione al cervello, la sua mira da cecchino non è più quella di una volta e ha dei problemi ad superare i test dell'FBI. Inoltre una vecchia conoscenza fa ritorno in città.

Un agente immobiliare scopre dei resti umani mentre sta mostrando una casa a dei clienti. Il team indaga sul caso; nel frattemo il nonno di Booth si trasferisce da lui e lo segue durante le indagini...

Booth e Brennan sono chiamati a indagare sulla morte di un giocatore, il cui successo gli ha procurato non pochi nemici. Intatno Fisher fa amicizia con Hodgins e Sweets.

Bones e Booth indagano sulla morte di un uomo vestito da Babbo Natale che ha cercato di rapinare una banca. Intanto Max, il padre di Brennan, chiede a Margaret, una lontana parente, di trasacorrere il Natale con loro.

Il Jeffersonian viene requisito da un gruppo di agenti governativi che ordinano al team di scoprire la causa della morte di un cadavere top secret. Booth, con l'aiuto del suo capo, riesce a intrufolarsi nel laboratorio per scoprire cosa sta succedendo.

Brennan e Booth indagano su uno scheletro trovato in una trincea della Guerra Civile. Bones determina che i resti sono di un dentista del presesnte, ma una sostanza incollata alle ossa previene l'identificazione della causa della morte. Intanto il fratello di Booth, Jared, torna con delle novità.

Temperance e Booth indagano su dei resti sfigurati che hanno uno stranno collegamento con un testo biblico. Una volta identificata la vittima, che era un paziente in un ospedale psichiatrico, la squadra ha dei problemi a restringere il campo dei sospettati.

In seguito alla rottura di una condotta idrica, la metropolitana dove si trova Sweets viene investita dall'acqua, cosa che porta alla luce dei resti umani e uccide sul colpo un passeggero seduto al fianco di Lance.

Nel 100esimo episodio vediamo il primo incontro tra Bones e Booth nel passato e l'evoluzione della loro amicizia nonchè del loro rapporto professionale.

Booth e Brennan indagano su dei resti umani ritrovati nel liceo frequentato da Brennan, il Burtonsville High School. Angela identifica il corpo e si scopre che si tratta di un ex compagno di classe di Temperance. Per poter indagare liberamente, i due si fingono una coppia sposata durante una riunione di ex alunni.

Il team sta lavorando sul caso che coinvolge uno squalo nel cui stomaco hanno trovato dei resti umani. In aiuto alle indagini arriva un'esperta biologa marina che trova Booth molto attraente.

La squadra di Booth e Brennan si occupa di un omicidio avvenuto in un durante un raduno fantasy-rock&roll.

La squadra indaga su due corpi ritrovati nei boschi, uno appartenente a una vittima recente, l'altro vecchio di oltre 300 anni. Booth e Bones raccolgono indizi e prove, mentre Angela e Hodgins finiscono in prigione.

La squadra di Brennan lavora per assicurare prove sufficienti per far si che il processo del Becchino si risolva con una condanna.

Mentre il team indaga su dei resti, Booth e Brennan ricevono un'occasione che capita solo una volta nella vita, inoltre Angela riceve una visita da suo padre.