W premierowym odcinku sezonu trzeciego czaszka wbija się w przednią szybę samochodu nastolatków. Podczas oględzin czaszki Brennan i Cam znajdują ślady ludzkich zębów, które wskazują na kanibalizm. Dane ofiary pomagają Bones i Boothowi iść dalej i znaleźć dziwną kanibalistyczną społeczność. W międzyczasie Angela i Hodgins zatrudniają prywatnego detektywa, by znalazł męża dziewczyny. Zack wraca do instytutu z Iraku, pomaga znaleźć dowody mogące ułatwić rozwiązanie sprawy.

Brennan i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie śmierci mamy młodej piłkarki. Kobieta zginęła w wybuchu, zapalając samochód. Dziwne jest to, że ktoś chciał zabić spokojną kurę domową. Wkrótce odkrywają, kim była zamordowana – June była członkiem radykalnej organizacji z lat 70., o nazwie Narodowa Armia Wolności. Była też poszukiwana przez FBI, by zeznawała w sprawie morderstwa, co dało motyw mordercy. W międzyczasie Brennan odwiedza ojca w więzieniu.

Booth i Brennan oglądają rozkładające się zwłoki, znalezione przez parę nastolatków. Okazuje się, że ofiarą jest Franklin Curtis, który zajmował się organiczną żywnością. Brennan odkrywa, że ciało mężczyzny zostało wcześniej ugotowane. Booth i Brennan przepytują ludzi na farmie Curtisa. Wkrótce zostaje znalezione kolejne ciało. W międzyczasie Booth i Brennan zaczynają chodzić na terapię partnerską.

W trakcie zabawy halloweenowej zostają znalezione zmumifikowane zwłoki dziewczyny. Booth i Brennan prowadzą śledztwo i są zszokowani tym, że ofiara była martwa już od roku. Wszystko to czyni sprawę jeszcze okropniejszą. Drugie ciało zostaje znalezione w halloweenowym parku rozrywki. Tym razem ofiara nie żyje już dwa lata. Booth i Brennan muszą znaleźć kolejną dziewczynę, zanim morderca zabije i ją.

W piecu instytutu zostają znalezione szczątki. Podejrzenie spada na pracowników Jeffersonian. Pierwszym motywem wydaje się praca ofiary z artefaktami Gormogona. Jednak sprawa jest bardziej skomplikowana, gdy wychodzi na jaw uczuciowy związek między pracownikami instytutu. Booth musi udawać chłopaka Cam na obiedzie u jej rodziny.

Kapsuła czasu, zakopana w 1987 roku, zostaje wykopana po 20 latach. Wszyscy są zszokowani, gdy wewnątrz odnajdują zwłoki. Booth i Brennan dowiadują się, że ofiara była outsiderem i uczniem szkoły. Muszą cofnąć się do przeszłości absolwentów, by znaleźć mordercę.

Zostaje znalezione ciało arcybiskupa. Jego rzepki kolanowe zostały chirurgicznie usunięte. Wszystko wskazuje na powrót Gormogona.

Booth i Brennan badają sprawę św. Mikołaja, nazwiskiem Kris Kringle, który został znaleziony martwy przez dwa elfy. W ciągu śledztwa Mikołaj wydaje się coraz bardziej prawdziwy. W międzyczasie Bones stara się załatwić ojcu i bratu rodzinne święta w więzieniu. Prokurator Caroline zgadza się pod warunkiem, że Booth i Brennan pocałują się pod jemiołą, w usta.

Ciało zostaje odkryte w Homestead Natural Hot Springs w błotnistym źródle. Booth i Brennan badają sprawę i dowiadują się, że ofiarą był Tripp Goddard, przystojny kierowca motocyklowy, który został zamordowany około dwóch tygodni wcześniej, po wyścigu. Pojawia się dziewczyna Sweetsa.

Cała ekipa pracuje nad identyfikacją szczątków młodego sportowca. Po identyfikacji Booth i Bones rozmawiają z siostrą ofiary. Angela i Hodgins przeprowadzają poważną rozmowę. Zack poświęca całą swoją uwagę rekonstrukcji połamanego szkieletu.

Samochód młodej kobiety zjeżdża z drogi. Dziewczyna ginie, ale jej dziecko cudem przeżywa. Booth i Brennan jadą do rodzinnego miasta dziewczyny, by dowiedzieć się, kto jest winny jej śmierci. Bones, z pomocą Bootha, zajmuje się dzieckiem aż do wyjaśnienia sprawy.

Ojciec Brennan, Max Keenan, jest sądzony za morderstwo dyrektora FBI, Kirby'ego. Cały zespół, oprócz dr Brennan, jest wzywany na świadków oskarżenia. Brennan wspiera obronę i musi wykorzystać wszystkie sposoby, by pomóc ojcu.

Tommy Sour, marzący o karierze piosenkarza, zostaje znaleziony martwy. Śledztwo doprowadza Bootha i Brennan do Checker Box Restaurant, gdzie Tommy śpiewał. Pojawia się kilku podejrzanych. Bones prezentuje swoje umiejętności wokalne przed całą ekipą, jednak występ przerywa dramatyczne wydarzenie. Szalona kobieta, zakochana w Boothie, strzela do Brennan. Booth ratuje życie Bones, kula trafia go w klatkę piersiową.

Gormogon, seryjny zabójca, powraca. Z instytutu znika srebrny szkielet. Wszyscy pracownicy są podejrzani. Ktoś z nich współpracuje z Gormogonem.