Drie tieners zitten stoned in een auto wanneer er plotseling een schedel door hun voorruit vliegt, hetgeen een kettingbotsing tot gevolg heeft. Op het laboratorium houdt Booth sollicitatiegesprekken. Brennan en Booth beginnen de zoektocht naar het lichaam van het slachtoffer, in de hoop diens identiteit te achterhalen. Ondertussen huren Angela en Jack een privé-detective in om Angela's echtgenoot op te sporen. Er wacht de speurder een zware opdracht : Angela kan zich de naam van haar man niet meer herinneren...

Brennan en Booth onderzoeken de dood van een vrouw die om het leven kwam bij een bomaanslag. Restanten van een tatoeage helpen het team een motief voor de aanslag te vinden. Als ook duidelijk wordt dat de vrouw op het punt stond zichzelf aan te geven voor een misdaad die zij in haar radicale tijd heeft gepleegd, stapelen de raadselen zich verder op.

When a body that appears to be cooked is discovered, the clues lead Booth and Bones to an organic farm co-op. Meanwhile, the two of them must meet with Lance Sweets, an FBI psychologist who must determine if they should continue to work together.

On Halloween, two mummified bodies are discovered and found to be people reported missing the past two Halloweens. When Booth and Bones learn about a missing girl, linked to the suspect of the previous murders, the race is on to save her life.

The team suspect their own colleagues after the burnt remains of an intern at the Jeffersonian are discovered. Meanwhile, Booth poses as Cam's boyfriend at her family get-together.

On the 20th anniversary, the Foothill High School, class of '87 alumni unearth the time capsule they buried to discover the remains of one of their classmates inside. Booth and Bones investigate the past lives of his classmates in an effort to discover the truth.

After the body of an archbishop is found, missing the kneecaps, the team concludes the murder is related to the Widow's Son case.

Drie dagen voor kerstavond onderzoeken dr. Brennan en Booth de dood van een man in een kerstmanpak. Brennan bezoekt haar vader in de gevangenis. Kringle werkt bovendien het hele jaar rond als kerstman voor een uitzendkantoor. Ook de doodsoorzaak van de man is opmerkelijk : Zack ontdekt dat Kringle om het leven kwam door een zware klap op het hoofd, mogelijk zelfs door het hoef van een rendier...

A body discovered in a hot spring turns out to be that of Tripp Goddard, a sexy motorcycle racer who had disappeared two weeks earlier. Sweets talks Booth and Bones into going out with him and his girlfriend.

All team members are working to identify the bones from a college athlete who suffered a lot of fractures. After the body is identified they talk to his sister and somebody who acted as a sort of an adviser for the deceased. Angela and Hodgins have an important talk. Zack is overwhelmed by having to reconstruct the crushed bones to form a skeleton.

A woman's car is run off the road and she is killed, but her baby miraculously survives the accident. Booth and Brennan go to the woman's hometown to try to find out who's responsible for running her car off the road. Bones, with help from Booth, takes care of the baby until the team finds out who killed the mother.

Brennan's father Max Keenan is on trial for the alleged murder of FBI Deputy Director Kirby. Everyone on the team, except for Brennan, is called as a witness for the prosecution during the trial. Brennan on the other hand is the forensics advisor for the defense, and she must rely on both her dedication to her family and her skill as an anthropologist to help free her father.

A wannabe singer Tommy Sour was found on a grassy location. The investigation leads Brennan, Booth, and Cam to the Checker Box Restaurant where Tommy used to sing. There are several suspects who took part in the open mike contest there, with talent scouts in the audience. The group comes together with a startling revelation for Brennan.

The Gormogon serial killer is back again, and the silver skeleton from the basement vault has gone missing. All the Jeffersonian employees become suspects, with the scary possibility that one of their own is working with Gormogon.