Un teschio viene lanciato da un cavalcavia e si schianta sul parabrezza di un'auto: Booth convince Bones a tornare a investigare sul campo con lui, visto che da tre mesi rimaneva chiusa in laboratorio per coprire i turni di Zack, partito per l'Iraq, che lei non riesce a sostituire.

L'omicidio improvviso di una madre di famiglia è uno spunto inaspettato per spingere Bones a rivalutare il suo rapporto con il padre e le intenzioni di lui nei suoi confronti. Booth, seguendo le indagini, scopre che l'omicidio è l'ultimo strascico di un caso aperto ben 3 anni prima e di cui si era occupato il suo mentore.

Il team indaga su un omicidio nel torbido mondo del sesso fetish.

Il team scava per risalire all'omicidio di un contadino.

In un parco dei divertimenti, all'interno di una delle attrazioni, viene trovata una mummia che purtroppo non è un fantoccio, ma un vero cadavere. Gli eventi si svolgono a ridosso della notte di Halloween e il gruppo di lavoro del Jeffersonian, che la sera sarà impegnato in una festa di rappresentanza, si trova a gestire l'indagine in abiti e situazioni fumettistiche.

In un inceneritore vengono scoperti i resti di una ragazza interna dell'istituto. Si incomincia ad indagare e tutti vorrebbero affibbiare il delitto al serial killer ma Booth lo esclude a priori e lentamente emergerà una torbida storia di amore, prestigio e contrabbando. Bones è amareggiata nello scoprire che l'assassino è proprio uno degli scienziati del Jeffersonian.

Il team indaga sul ritrovamento di un corpo in una capsula del tempo in un liceo.

La lotta al "figlio della vedova" continua.

Il team investiga sulla morte di un babbo natale.

I resti di un pilota di moto sono trovati in una sorgente termale. Il team cerca il killer.

Booth e Brennan indagano sulla scena del ritrovamento di un'automobile uscita di strada. Il corpo della vittima è stato deliberatamente incediato per evitarne il riconoscimento.

Mentre Booth e Bones si apprestano a iniziare una nuova indagine, Caroline va a informarli che sta per iniziare il processo per omicidio a carico di Max, il padre di Temperance. Durante il processo, per accusa e difesa ci saranno alti e bassi : la giuria ha bisogno di un « uomo nero » da incolpare per l'omicidio e quello nero, potrebbe darglielo proprio Bones.

Brennan e Booth investigano su'omicidio di un giovane aspirante cantante il cui corpo è stato rinvenuto sul margine di una strada di campagna.

Al Jeffersonian viene ritrovato un osso mascellare umano. Brennan e il team capiscono al volo che il serial killer Gormogon ha colpito ancora.