Brennan viene chiamata per il deragliamento di un treno…e scopre di avere un nuovo capo!Il treno su cui viaggiava un famoso senatore viene deragliato da una macchina parcheggiata sulle rotaie. Brennan scopre perchè il cadavere di un ricco imprenditore era stato messo nella macchina. E nel frattempo continua a cercare suo padre.

I detective esaminano i resti di una donna e del feto che portava nel suo ventre.

Un incidente ad un camion della spazzatura rivela il corpo di un ragazzo scomparso da 3 settimane. Quando l’indagine rivela che una ragazzina in affido e’ il principale sospetto, Brennan si deprime vedendo come tutto il resto del team getta facilmente la colpa al sistema degli affidi di cui lei ha esperienza diretta.

Booth e Brennan dissotterrano i resti di una giovane ragazza.

Il corpo di un elettricista viene ritrovato in un sito dove si stanno costruendo dei condomini dentro una vasca da bagno piena di liquidi corrosivi.

I resti di una ragazzina vengono trovati nel sistema di filtrazione di una centrale per il trattamento delle acque. Le indagini porteranno Booth e Brennan nel preoccupante mondo dei concorsi di bellezza per bambini.

Booth e Brennan sono a Las Vegas per indagare sullo scheletro di un procuratore federale morto cinque anni prima. Nella stessa zona trovano i resti di una ragazza morta da una settimana, uccisa con le stesse modalità del procuratore. Scopriranno che sono stati entrambi uccisi da una banda che organizza combattimenti a mani nude clandestini.

Si indaga su un serial killer, che chiede un riscatto in cambio della libertà delle sue vittime, sepolte vive.

Si indaga sulla morte di uno studente di cinema, che girava un documentario sulla leggenda di una maga.

Mentre indaga sull'omicidio di un vecchio agente dell'FBI, la squadra scopre una decina d'anni di cospirazioni. Il padre di Brennan potrebbe esservi invischiato...

I cari di Brennan sono il bersaglio di un serial killer fuggito di prigione.

Booth viene mandato da uno psichiatra dopo avere scaricato la sua pistola in pubblico senza alcun motivo. A Brennan viene così affidato un altro compagno, l'agente dell'FBI Sullivan.

Brennan e la sua squadra indagano sulla morte di un ricco donatore che conosceva Hodgins. Intanto la storia d'amore tra Brennan e Sully si fa sempre più intensa.

Le indagini sono incentrate su una serie di omicidi, che somigliano a quelli descritti in un romanzo. Booth e Sully cercano l'assassino tra i suoi appassionati lettori, misteriosi frequentatori di siti internet.

Booth interrompe le vacanze di Brennan quando il cadavere di una donna, privo di ossa, viene trovato in un fiume.

Il team indaga su un omicidio avvenuto nei sotterranei di una chiesa cattolica.

I resti di un corpo vengono scoperti dentro un blocco di cemento e Booth ha la sensazione che la vittima fosse legata a un boss del crimine organizzato.

Il team indaga sulla morte di un astronauta, che sembra essere caduto sulla Terra da un'altitudine molto elevata.

Si indaga su delle ossa lucenti, trovate in una vecchia casa in pietra. La squadra tenta di scoprire se il corpo è entrato a contatto con degli elementi radioattivi.

Il corpo di una bambina con una rara malattia che induce all'invecchiamento precoce, viene ritrovata in una zona abbandonata, una sorta di palude.