Dr. Csont első ügye egy tóból kihalászott, ismeretlen csontvázhoz kapcsolódik, amiről rögtön megállapítja, hogy hány éves, illetve hogy teniszezni is tudott. Olyan "finomságokra" is rögtön fény derül, mint hogy a lányt szándékosan fogyókúrára fogták, minden bizonnyal azzal a céllal, hogy a holttest örök időkre a víz mélyén maradjon.

Egy évvel korábban eltűnt fiatal nő hulláját találják meg egy tengeröbölben, és Booth azonnal nyomozni kezd, mivel a nő férjét korábban is gyanúba fogták, de nem találtak ellene bizonyítékot. A vizsgálatok során kiderül, hogy a nővel együtt ölték meg magzatát is, de hiába tűnik minden egyértelműnek, nem sikerül bizonyítékokat találni a feltételezett tettes ellen. Booth-nak eközben saját kisfiával, és annak édesanyjával kapcsolatban is döntésre kell jutnia.

Oszlóban levő fiatalember hulláját találják meg egy balesetet szenvedett kukásautóban. A nyomozás kideríti, hogy az illető jó családból származó fiú volt, aki egyetemre készült. Barátnője, a nevelőszülőknél élő Kelly lesz az első számú gyanúsított. Brennan azonban, egykori állami gondozottként utálattal szemléli, ahogy a többiek azonnal készek elítélni az "utcagyereket" bizonyíték nélkül is.

Azonosítatlan hullára bukkannak egy erdőben, s Brennan a nyomokból arra következtet, hogy kezét-lábát összekötözve kínozták meg. Amikor kiderül, hogy az áldozat szőke, fiatal lány volt, Booth-szal rádöbbennek, hogy a módszer Howard Epps-re vall, a sorozatgyilkosra, akit akaratukon kívül is megmentettek a kivégzéstől. Mivel ő börtönben ül, nem lehetett a tettes, de amikor Booth felkeresi, hogy információt kapjon tőle, a bosszúszomjas Epps kegyetlen játékba kergeti őket, ha meg akarják találni a következő áldozatot, mielőtt túl késő lenne.

Maró savas anyaggal teliöntött kádban találnak egy férfi alig azonosítható hullájára. A nyomozás során Booth és Brennan apránként rájönnek, hogy a férfinak két felesége is volt két különböző városrészben, majd felbukkan egy harmadik lány, akinek szintén viszonya volt vele. Fény derül arra is, hogy Larry tetemes összeget sikkasztott megbízójától, egy építési vállalkozótól. Egyre gyűlik azoknak a száma, akiknek indítékuk lehetett eltenni láb alól a férfit, s a halál pontos bekövetkeztének okát is sűrű homály fedi.

Egy szennyvíztisztító műben kerül elő egy hónapokkal korábban eltűnt kislány oszlóban levő holtteste. Hamarosan kiderül, hogy az alig 9 éves Brianna rendszeresen gyermek-szépségversenyeken indult, és a győzelem érdekében ő, valamint anyja mindent bevetett és vállalhatónak tartott. A kegyetlen szépségipar kulisszái mögött nyomozva Booth és Brennan több olyan fiatalt és felnőttet is talál, akiknek érdekében állhatott a versenyen győzelemre esélyes Brianna eltüntetése.

Egy öt évvel korábban meggyilkolt ügyész csontjaira talál a rendőrség a Las Vegas melletti sivatagban. Amikor Booth és Brennan a helyszínre érkeznek, hamarosan felfedeznek a közelben egy másik hullát, melyet csak pár nappal korábban vihetett oda a tettes. A kaszinók és a pénzdíjas, vérre menő bokszmeccsek világába aláereszkedve Booth-nak is rá kell döbbennie, hogy aki itt emeli a tétet, az mindent kockára tesz.

Egy légmentesen zárt fémtartályban két mumifikálódott holttestet találnak. A nyomozás során kiderül, hogy egy magát "Sírásó"-nak nevező férfi élve temeti el áldozatait, és így csikar ki váltságdíjat a hozzátartozókból. Amikor Brennan és Hodgins a vizsgálat során túl közel kerülnek a megoldáshoz, egyszer csak arra térnek magukhoz, hogy egy autóban vannak, élve eltemetve a föld alatt.

Fej nélküli hullára bukkannak egy sűrű erdő mélyén, amelyben a helybéli legendák szerint egy boszorkány kísért, akit 200 évvel korábban lefejeztek, és ezért jár vissza. A hulláról kiderül, hogy egy filmfőiskolás diáké, aki társaival együtt dokumtumfilmet forgatott a szörnyű jelenésről. A szemtanúk beszámolói összefüggéstelenek, és a helyszínen talált nyomok sem egyértelműek. Indítéka ráadásul többeknek is lehetett.

Booth-nak egy harminc évvel korábbi bűnügy aktáit kell újra megnyitnia, amikor egy volt FBI-ügynök elszenesedett holttestére bukkannak. Hamarosan kiderül, hogy politikailag is kényes darázsfészekbe nyúlt, s hogy az FBI egyes ügynökei szeretnék eltussolni az ügyet. Ennél is megrázóbb azonban, hogy a jelek szerint Brennan bujkáló apja, az egykori bűnöző is érintett a dologban, aki több életjelt is ad magáról az ügy kapcsán.

Howard Epps, a halálos ítélete végrehajtását váró sorozatgyilkos, akit Brennan segítségével juttattak rács mögé, tüzet okoz a börtönben, és a felfordulásban megszökik. Hamarosan újabb hullák jelzik az útját, ráadásul halálos játékba kezd: immár nem csak Brennant, hanem munkatársait is célba veszi. Cam súlyos sérülést szenved, és Zack csak kis híján marad életben Epps egyik csapdájába sétálva. A gyilkos még Booth kisfiát is megkeresi.

A floridai Everglades-mocsárban egy aligátorban találják meg egy eltűnt egyetemista lány maradványait. Brennan azonnal a helyszínre siet, de nélkülöznie kell Booth társaságát, akit egy agresszív kitörése után az FBI pszichiáterhez rendelt, mielőtt ismét fegyvert adnának a kezébe. Brennan eleinte idegenkedve dolgozik együtt az ismeretlen FBI-ügynökkel, de hamar megkedvelik egymást. A nyomozás során le kell merülniük az olcsó internetes szexoldalak világába, és fel kell tárni a csillogás mögött rejlő kegyetlen valóságot.

Otthonában találják meg egy gazdag vállalkozó bomlófélben levő hulláját, aki egy ifjúsági központot vezetett, ahol problémás gyerekeket igyekeztek a jó útra terelni. Kiderül, hogy az egyik kábítószer-árus fiútól, akitől elvette a heroint, szintén megölték. Hamar egyértelművé válik, kinek lehetett indítéka, de nem lendíti előre az ügyet, hogy Hodgins eltitkolja, korábban intim kapcsolatban volt az egyik gyanúsítottal.

A kikötő vizében talált hulláról hamar kiderül, hogy pontosan úgy gyilkolták meg, és rejtették el, ahogyan azt a Brennan legújabb könyvében szereplő sorozatgyilkos tette. Brennan felelősséget érez az áldozat halála miatt, és bűntudata csak nő, amikor újabb tetem kerül elő, ismét csak pontosan a könyvben leírt módon elrejtve. A kép nehezen áll össze, mert sorozagyilkostól szokatlan módon az elkövetés módja eltérő vonásokat mutat. Booth mellett Sully is segít nyomozni, ez azonban Brennan-ben felemás érzéseket kelt.

Egy folyóba dobott ládában igen szokatlan tetemet találnak: az összeesett bőr alól valaki az ismeretlen nő minden csontját eltávolította. A nyomozás során kiderül, hogy a fiatal lány Kínából érkezett az Egyesült Államokba egy menyasszony-közvetítő cégen keresztül, de végül nem ment férjhez választottjához. Booth és Brennan egy professzor segítségével fényt derít egy bizarr kínai hagyományra, mely az elhunytakkal kapcsolatos, és mely az eset felgöngyölítésében is segítségükre lehet. Eközben Brennannek át kell gondolnia Sullyval való kapcsolatát is.

Egy plébánia temetőjében több különös holttest is a felszínre kerül. A helyi pap állítása szerint már évtizedek óta nem temettek ide embereket, a megtalált férfi azonban mindössze három éve halhatott meg. A hívők felismerik a halottról készült fantomképről az eltűnt atyát, akit a hívők pedofiliával vádoltak. A gyilkos kihasználta az alaptalan szóbeszédet és a hatalmát a közösségen belül.

Egy lebetonozott területen cementbe öntött hulla maradványaira bukkannak, amelyet később egy veszélyes bérgyilkos holttesteként azonosítanak. A nyomozás során Booth rájön, hogy a halott bérgyilkos hírhedt társa mégis él. Egykori "kollégájáról", akit halottnak hisznek, egy bizarr incidens után kiderül, hogy talán mégis él. Booth az illető nyomába ered, de kiderül, hogy a tapasztalt szökevény még egy kemény FBI-ügynökön is képes kifogni. Közben ismét felbukkan Brennan apja, aki segít megmenteni Booth életét.

Felismerhetetlenségig szétzúzódott holttestre talál egy farmer a földjén, ami az égből zuhant le nagy sebességgel. Hodgins, az összeesküvés-elméletek híve biztos abban, hogy a válaszokat a NASA-nál kell keresni, a 130 évesnek tűnő áldozat ugyanis csak űrhajós lehetett. A vizsgálatok meglepő eredményt hoznak, kiderül ugyanis, hogy a halott űrhajós ritkuló csontozatát egy nem létező, ismeretlen eredetű implantátummal gyógyították.

Egy elhagyatott fészerben titokzatosan fénylő csontvázat találnak, amelyről patkányok rágták le félig a húst. Az első ijedtség után kiderül, hogy a tetem nem radioaktív, és Cam nekilát az azonosításnak. Kiderül, hogy az elhunyt nő sztárszakács volt, ráadásul Brennan ismerőse is. Az étteremtulajdonos nő férje és legjobb barátjuk is gyanúba keveredik, mert kiderül, hogy mindkettőnek lett volna oka végezni Carlyval.

Egy leeresztett víztározóban gyermekholttestre bukkannak, az arcát azonban Angela egy korai öregedést okozó betegség miatt idős asszony arcaként rekonstruálja. A nyomozás során hamar a szellemileg visszamaradt lány gondozójára terelődik a gyanú, amely azonban nagyon gyenge lábakon áll. Ismét felbukkan Brennan apja, és ezzel komoly dilemma elé állítja lányát, de Booth-t is. Eközben Hodgins és Angela gőzerővel szervezik esküvőjüket, ám az oltár előtt igen váratlan fejlemény történik.