בפתח העונה השנייה, בונז מתחילה לעבוד עם בוס חדש, מתמקדת ברכבת שירדה מהפסים בעקבות רכב, ומנסה להבין מדוע נמצאה ברכב גופתו של איש עסקים עשיר.

בונז ובות' חוקרים את שרידי גופתה של נשואה טרייה שהיתה בהריון בעת מותה, ושהיעלמותה הפתאומית עשתה כותרות ברחבי המדינה. בות' כועס כשחברתו לשעבר נותנת לבנו לבלות עם בן זוגה החדש.

גופת ילד צעיר מתגלה כשמשאית זבל מתהפכת על מקומה. ילדה ממשפחת אומנה הופכת החשודה המרכזית בפרשה, ואז כולם מאשימים את המערכת ומצליחים להרגיז את בונז, שגדלה בעצמה בתוך משפחות אומנה.

בונז ובות' בוחנים שרידי ילדה שכנראה נרצחה בידי רוצח סדרתי שכבר נתפס. סימנים על הגופה מצביעים על הקורבן הבא, והצוות יוצא למרוץ נגד הזמן למנוע את הפגיעה הנוספת.

הצוות מוצא אדם באמבטיית כימיקלים ומגלה שהיה נשוי לשתי נשים עם ילדים, ושאף היתה לו חברה נוספת, הרה. החקירה מסתבכת כאשר מסתבר שלשני החשודים מניע זהה.

בות' ובונז חוקרים מקרה מוות מפיצוץ בבית מלון. חקירתם מסתבכת משום שלחשוד המרכזי יש חסינות דיפלומטית.

הצוות חוקר את מקרה מותה של מתמודדת בת 9 בתחרויות יופי. החשודים העיקריים הם משפחות המתמודדות האחרות. בונז עושה טעות כשהיא מחפשת מידע בכיתת סטפס.

שרידי גופתו של תובע מחוזי מתגלים במדבר והצוות סבור שמדובר במאפיה. כשגופה נוספת מתגלה לא הרחק משם, בות' ובונז נגררים לעולם האפל של אלימות והימורים.

הצוות עולה על עקבות רוצח שקובר את קורבנותיו לפני שהוא מבקש כופר. במהלך החקירה, בונז ועמיתה לעבודה הופכים בעצמם לקורבנות שלו ונאלצים לפתור את המקרה מתוך קבר תת-קרקעי.

בות' ובונז נקראים לזירה כשגופת אדם במצב מזעזע נמצאת תלויה על גג בניין. הראיות בשטח קושרות את המקרה לפרשה אחרת לפני יותר מ-30 שנה, שאביה של בונז היה מעורב בה.

בות' ובונז מגלים שרוצח סדרתי ברח מהכלא. הוא מבקש לנקום באופן שיכול לסכן את בנו הצעיר של בות' וגם את בונז עצמה, הזקוקה להגנת האף-בי-איי. חיי קאם בסכנה אחרי שאיפת רעל במעבדה.

בות' נאלץ ללכת לטיפול פסיכולוגי ובונז מקבלת שותף חדש לעבודה. השניים חוקרים מקרה מוות של סטודנטית שהשתתפה בסרט פורנוגרפי וגופתה נתגלתה אח"כ בבטן תנין.

בונז נמצאת בדילמה חמורה כשהיא מגלה שהודג'ינס עבר על החוק והסתיר ראיות קריטיות בתיק רצח, מתוך רצון להגן על עצמו. בות' נאלץ להמשיך בטיפול הפסיכולוגי.

רב המכר שחיברה בונז מעורר מהומה, כשנמצאות שלוש גופות ומסתבר שהמתים נרצחו בדומה לתיאורי הרצח בספרה. בונז חוששת שהמדובר בשלושה רוצחים שונים, מה שמסבך מאוד את החקירה.

הצוות חוקר את מקרה מותה של אישה אסיאתית, שגופתה נמצאה ללא עצמות. בונז מקבלת הצעה לא צפויה.

בבית קברות ישן שעבר הצפה, בונז מזדעזעת לגלות גופות חדשות, אחרי שנמסר לה כי למעלה מחמישים שנה לא נקברו במקום מתים.

שלד נמצא מוסתר בתוך בטון. בות' ובונז פותחים בחקירה ומסתבכים עם ראש משפחת הפשע בעיר. כאשר בות' נחטף, בונז נאלצת לעשות את הבלתי ייאמן על מנת להציל את חייו, וגם את חייה.

גופת אדם נמצאת אחרי נפילה מסתורית מהשמיים. בות' ובונז מנסים לגלות מי האיש, ואילו הודג'ינס מפתח תיאוריות על חייזרים. כאשר זהות המת מתגלה, נפתחת פרשת רצח שקשורה לאסטרונאוטים.

בונז והצוות נלחצים לגלות עצמות זוהרות בבית אבן, ומנסים להבין את פשר התופעה המוזרה. רק לאחר שזהות האיש נחשפת, הצוות מתחיל לפענח את התעלומה.

בפרק האחרון לעונה, בונז מסתבכת בחקירת גופה של אישה צעירה הנמצאת בעגלת קניות, משום שהעצמות מזוהות בטעות כעצמות אישה בת 80. אביה של בונז מופיע ובפיו מידע חדש על עברה.