Il team deve risolvere uno dei suoi più grossi casi.

Mentre Aubrey e Miller approfondiscono la situazione di Booth e le sue intenzioni, viene alla luce una nuova prova che suggerisce un lavoro da insider.

Mentre Booth è alla ricerca delle ceneri del fratello Jared, Brennan e la sua squadra scoprono un traffico illegale di organi al mercato nero.

Il Jeffersonian Institute assume un nuovo cervellone.

La scoperta brutale di resti umani porta Brennan e Booth ad una caccia agli indizi, durante la quale incrociano il percorso di Ichabod Crane e Abbie Mills, anche loro in cerca di risposte.

La squadra fa una corsa contro il tempo per scoprire chi ha ucciso un senatore statunitense della Virginia prima di una conferenza stampa importante che può favorire l'assassino.

Il cadavere di un'artista in fuga viene trovato nei boschi; Booth e Brennan cercano di decidere se la fata dei denti debba far visita a Christine; Angela lavora sulla sua fotografia con Sebastian Kohl (Gil Darnell).

Un cronista politico viene trovato morto dopo aver scritto un articolo che ha messo in luce la corruzione nella NSA e Hodgins diventa paranoico quando è convinto che la sua ricerca sia strettamente monitorata. Nel frattempo, la squadra si riunisce per il Ringraziamento.

Booth e Brennan vanno sotto copertura ad una competizione di tiro in stile Old West. Angela e Hodgins parlano del futuro. Cam e Sebastian si avvicinano.

Il team indaga sull'assassinio di un ufficiale di polizia, e valuta cosa è realmente importante per il proprio futuro.

Sono già passate otto settimane di riabilitazione per Hodgins, dopo l'esplosivo finale dell’autunno, e ora è costretto a vivere la vita su una sedia a rotelle. Nel frattempo, la Brennan e Booth indagano sulla morte di un difensore d'ufficio che ha avuto in casi precedenti parecchi imputati che avrebbero un motivo per ucciderla.

Un nuovo caso costringe la Brennan a prendere in mano la situazione.

Il team indaga su più morti legate a un killer seriale.

Il team indaga sulla morte di un’ex detenuta in una casa di riabilitazione.

Il team indaga sulla morte di un “aggiustatutto”.

Il team indaga sulla morte di un cantante a cappella.

Il team deve servire e proteggere il presidente.

La troupe di un documentario va dietro le quinte di un caso di omicidio.

Il team indaga sulla morte di un famoso giocatore di hockey.

Il team deve scoprire la verità dietro un omicidio per proteggere uno dei suoi membri.

Il team indaga su un omicidio avvenuto per un diamante.

Il team ritorna a indagare su un serial killer del passato nel tentativo di trovare "Il Burattinaio", un individuo che vive con i corpi delle sue vittime prima di gettarli via. Nel frattempo, la Brennan si fa strada fra i sensi di colpa per essersi ritirata l'anno prima, biasimandosi per non aver fermato prima quel serial killer. Tuttavia, non sa che potrebbe finire nei guai.