布斯和布伦南离开职业生涯六个月后失踪，但一桩与这对夫妇有关的案件将布伦南拉回到了法医分析的世界，这让她与布斯的一名家庭成员和阿拉斯托·瓦齐里（Arastoo Vaziri）取得了联系，后者在杰弗逊本科（Jeffersonian）缺席期间担任校长。与此同时，联邦调查局正在调查布斯的失踪，但一名特工的战术对团队士气不利。

布斯仍然下落不明，但小组得知米勒探员隐瞒了他的行踪和身体状况。与此同时，一位数字法医学家帮助安吉拉试图破译有关布斯位置和失踪情况的信息；阿拉斯托做出的决定将改变他和卡姆的个人和职业关系。

在布伦南和布斯回到杰斐逊大学和联邦调查局各自岗位的第一个正式日子里，当在一个养鱼场发现可疑情况下的遗骸时，事情变得令人兴奋，促使他们进行调查。在发现有人在受害者被倒入水中之前采集了他的几个内脏器官后，安吉拉追踪了器官的买卖双方，试图揭开案件中的重要细节。与此同时，布斯重新调整自己在联邦调查局的位置，发现奥布里已经接管了他的旧办公室；霍金斯推动安吉拉展示她的摄影作品；卡姆决定选择工作，而不是与阿拉斯托的关系。

当房地产经纪人贾斯汀·罗斯（Justin Ross）的遗骸在一片森林中被发现，似乎已被郊狼-狼的杂交种所摧毁时，布伦南请另一位杰出的法医人类学家贝丝·梅耶（Beth Mayer）博士协助调查。除了职业成就，梅耶尔对梦幻足球世界的了解令人惊讶，这是罗斯过去的一个关键环节，可以为寻找凶手提供重要信息。当布斯和奥布里深挖罗斯梦幻般的足球联赛历史时，他们发现他积极参与了与NFL球星卢·迪弗斯（Lou Divers）在Twitter上的争执，还欠了联盟专员一大笔钱，这让他们每个人都怀疑。与此同时，布伦南拒绝竞争，因为梅耶尔以她的专业知识和数十年的成就给团队留下了深刻印象。

这是杰斐逊大学的万圣节时间，团队得到了艾比·米尔斯中尉和伊查博德·克兰中尉的惊喜访问，他们从幽灵小镇睡谷赶来，帮助调查一名年轻女子的谋杀案，她的尸体被发现在一名18世纪的将军的无头尸体上。新的四人组必须找出如何合作，以发现这具200岁的无头尸体是谁，以及这两起谋杀案是如何联系在一起的。与此同时，布斯和布伦南想出了终极的万圣节恶作剧来捉弄对方。《沉睡谷》S03E05《死人不讲故事》（II）继续进行跨界。

一对滑稽的环卫工人在一辆街道清扫车上发现了一具被撕碎的美国参议员尸体，这辆车将布伦南、布斯和团队带到国会山，他们在那里会见了美国参议员兼多数党鞭海莉·温特斯和受害者的办公室主任埃里克·莫拉莱斯，以弄清这起政治谋杀案的真相。与此同时，当奥布里开始与眯眯着眼的杰西卡发展关系时，他审视她的过去，以确保没有任何事情会损害他对政治未来的梦想

该小组调查了一名政治记者的高风险谋杀案，该记者在最近发表了一篇揭露国家安全局腐败的文章后被发现死亡。由于调查的性质，当球队意识到他们的一举一动都在被监视时，霍金斯的偏执症开始了。与此同时，布伦南秘密地试图为布斯策划一个惊喜，整个团队一起庆祝感恩节。

布斯和布伦南在一场老西部风格的射击比赛中被掩护；安吉拉和霍金斯谈论未来；卡姆和塞巴斯蒂安越来越近了。

该小组调查一名警官的谋杀案，并决定什么对他们的未来很重要。

霍金斯因瘫痪康复八周，被迫在轮椅上生活。与此同时，布伦南和布斯对一名公设辩护人的死亡进行了调查，该辩护人曾有多名前几起案件中的被告，他们有杀害她的动机。

该小组调查了一起车祸中发现的一具尸体，遗体属于一名男子权利组织的创始人，他可能是家庭虐待的受害者。随着布伦南对受害者组织的信条有了更多的了解，该组织声称中年白人男性受到压迫，女权主义者憎恨男性，布伦南在审讯中反常地失去冷静，并袭击了该组织的联合创始人。与此同时，安吉拉和球队努力应对霍金斯轮椅后的痛苦，布斯确信布伦南是费城飞人队的凶手。

杰斐逊调查了公园里一名社工正在腐烂的尸体，但有证据表明凶手在遗体被丢弃前与尸体一起生活了几个月。当他们确定另一组遗骸有类似的细节时，事情变得更加复杂，这些细节将受害者与一名连环杀人犯联系在一起，后者与受害者的尸体有着邪恶的互动。Booth和Aubrey咨询行为分析师Karen Delfs，以帮助寻找凶手身份的线索，而Cam则试图确定她在浪漫生活中想要什么（以及谁）。

杰斐逊调查了一名被定罪的重罪犯的谋杀案，该重罪犯被释放到中途收容所，但失踪了，该案的一名嫌疑人与布斯有联系。与此同时，布伦南在联邦调查局听证会上作证，讲述了她袭击前一案件中一名手无寸铁的嫌疑人的情况，听证会的结果可能会导致她停职，并阻止她与联邦调查局合作。奥布里和杰西卡的初吻再次推迟，霍金斯继续推开安吉拉

该小组调查了一名私人调查员的尸体，他被发现在波托马克岛被遗弃后被冰封。受害者是一个有很多敌人的人，他是一个“修理工”，确保客户的问题得到“解决”。与此同时，奥布里震惊地发现了与他父亲的下落有关的信息，安吉拉和霍金斯继续处理他们的不稳定关系，布伦南和布斯拿到了克里斯汀的第一张成绩单，犯罪行为学家凯伦·德尔夫邀请奥布里出去约会。

该小组调查了林伍德大学男子阿卡佩拉歌唱团体“The Whippersnaps”的领导人的死亡，该团体的尸体是在学校老鼠实验室里发现的。受害者最近将该团体最优秀的歌手之一伊恩·詹森踢出校门，派布斯和奥布里质问伊恩和其他男性组合的现任成员，以及竞争对手女性阿卡佩拉组合的一些明星，以了解该组合的动态，以及可能导致他们其中一人被谋杀的原因。与此同时，关于奥布里自己大学经历的令人惊讶的信息被曝光，霍金斯申请了一项实验性神经再生研究，布斯试图与帕克计划一次暑期旅行，一名新实习生加入了杰斐逊实验室。

一名喝醉的大学生在总统访问该地区之前发现了一名特勤局特工的尸体。布斯准备开始行动，并向特勤局特工和前同事布兰特·沃克（Brandt Walker）寻求信息，但很惊讶地得知特勤局对布斯涉案持保留态度。该团队发现了一些令人震惊的证据，这些证据加剧了案件的严重性，促使布斯站出来为自己的国家效力。与此同时，布伦南因患流感外出，前实习生科林·费舍尔博士回到杰斐逊大学领导这起案件，但布伦南拒绝置身事外。此外，霍金斯将自己的生命掌握在自己手中，并在一次潜在危险的实验后转危为安。

为了制作一个关于杰斐逊医学法律实验室的电视片段，一个纪录片摄制组跟踪了布伦南、布斯和杰斐逊/联邦调查局团队的一个“典型”案件，他们调查了十多年前埋在那里的垃圾填埋场发现的一具尸体。摄像机捕捉到了团队工作中通常看不到的镜头，而每个团队成员的坦率评论提供了调查的内幕，布斯和奥布里展示了他们在这一领域的独特技能，布伦南和她的团队证明了他们的专业知识和解决谋杀案的整体重要性。

该小组调查了一名受欢迎的职业曲棍球运动员的死亡，他的无头尸体被扔在河里。当布斯和奥布里质问这位球员的教练时，布斯对曲棍球的深入了解对破案至关重要，他与过去的一位曲棍球对手重逢，让他再次回到冰面上与他对决。与此同时，霍金斯和奥利弗进行了一场比赛，霍金斯建造了两架无人机，他们争相找回受害者失踪的头部，布斯和布伦南试图清理他们的家。

当著名亿万富翁探险家亨利·查尔斯（Henry Charles）的遗骸在南极洲被发现时，这起备受瞩目的案件被提交给布伦南和布斯，以确定他的死亡是否是谋杀。杰斐逊团队证实，他在十年前的一次探险中失踪时被杀，但根据时间安排，杰斐逊的克拉克·爱迪生博士（Clark Edison）被列入了嫌疑人名单。与此同时，卡姆的姐姐来到镇上帮忙安排婚礼，而旧的家庭摩擦也出现了。

该小组调查了在一家玻璃回收厂发现的一具尸体，其下颚有一颗钻石。法国探长卢梭向调查小组提出了对德·乔桑侯爵的指控，据透露，他是受害者的丈夫，居住在弗吉尼亚州。与此同时，布斯发现自己患有暂时性眼疾，霍金斯认为自己被幽灵跟踪。

该小组继续调查一名过去的连环杀手，试图找到“傀儡手”，在处理受害者尸体之前，他与受害者的尸体住在一起。与此同时，布伦南对自己去年退休后的内疚感深表歉意，她责怪自己没有早点阻止连环杀手。然而，她几乎不知道自己可能遇到了一些麻烦。