Šesť mesiacov po udalostiach poslednej sezóny urobili Booth s Brennanovou veľký krok v svojom živote. Spolu s dcérou Christine a novým bábätkom žijú pokojný až idylický rodinný život, ďaleko od sveta plného vrážd, ktorý opustili a v súčasnosti pracujú pre súkromný sektor. Nový kriminálny prípad však donúti doktorku Brennanovú, aby sa vrátila do Jeffersonského inštitútu a spolupracovala na forenznej analýze nájdených ľudských ostatkov, pretože vykazujú šokujúcu podobu s fyzickou schránkou Seeleyho Bootha. Medzitým sa agent Booth záhadne stratí. Jeho náhle zmiznutie prichádza vyšetrovať agentka Grace Millerová z FBI, ktorá na prípade úzko spolupracuje s agentom Jamesom Aubreym, prideleným k vedeckej skupine z Jeffersonského inštitútu. Napätie medzi vedcami a agentmi však začne nebezpečne stúpať, keď vysvitne, že Millerová sa pokúša vyšetrovať člena tímu ako hlavného podozrivého zo zločinu.

Seeley Booth je stále nezvestný. Nik nevie, kde sa nachádza a v akom je fyzickom stave. Záhada sa prehĺbi, keď členovia vedeckého tímu odhalia, že agentka Millerová k nim nebola úprimná a zatajila im dôležitú informáciu, ktorá by mohla viesť priamo k Boothovi. Medzitým do Jeffersonského ústavu zavíta prekvapujúca návšteva z FBI. Dr. Benjamin Metzger je odborník v oblasti digitálnej forenznej vedy a spolu s Angelou Montenegrovou sa snaží dešifrovať informácie súvisiace s Boothovým možným miestom pobytu a okolnosťami jeho zmiznutia, ktoré sa tímu podarilo zistiť. Stážista Arastoo Vaziri napokon urobí vážne rozhodnutie, ktoré ovplyvní jeho profesionálny aj osobný vzťah s Cam Saroyanovou.

Špeciálny agent Booth a doktorka Brennanová sa vracajú na svoje staré pracovné pozície do Jeffersonského ústavu aj FBI a prežívajú prvý vzrušujúci deň v práci. Za podozrivých okolností na rybej farme nájdu zdevastované ľudské ostatky. Obeťou je bohatý podnikateľ, ktorému najprv odobrali niekoľko vnútorných orgánov a až potom ho hodili do vody medzi pstruhov, ktoré ďalej obžierali jeho telo. Angele Montenegrovej sa podarí nájsť kupca vnútorných orgánov obete a odhalí aj ďalšie dôležité detaily vedúce k organizovanému gangu zlodejov a ilegálnych obchodníkov s kradnutými ľudskými orgánmi. Špeciálny agent Booth sa udomácňuje na svojej starej pozícii v FBI a zisťuje, že jeho kanceláriu medzitým zabral mladý agent James Aubrey. Doktor Hodgins presviedča Angelu, aby verejne vystavila svoje fotografie a Cam Saroyanová bojuje s vlastným rozhodnutím uprednostniť vedeckú prácu pred vzťahom s iránskym stážistom Arastoom Vazirim.

Booth se ujímá vyšetřování případu vraždy realitního makléře, který byl zarytým hráčem onlinové sportovní hry. Jeho vztahy s ostatními hráči byly tak napjaté, že vyvrcholily výhrůžkami smrtí...

Akú spojitosť majú dve vraždy, ktoré delí dvesto rokov? Čo majú spoločné americká študentka medicíny a anglický generál, ktorého zabili v 18. storočí, ale ich telá ležia vedľa seba v podzemí kostola?

Vedecký tím zápasí s časom, aby čo najrýchlejšie dopadol vraha amerického senátora z Virgínie. Keby jeho smrť predčasne odhalila bulvárna tlač, médiá môžu pomôcť vrahovi zakryť za sebou stopy. Počas vyšetrovania agent Aubrey vyjaví, že jeho ambície mieria do vysokej politiky...

V Jeffersonskom vedeckom ústave sa odohráva napínavé a riskantné vyšetrovanie veľmi ošemetného prípadu vraždy odvážneho novinára, ktorý provokoval zverejňovaním škandálov vo vysokej politike a nedávno publikoval článok odhaľujúci korupciu v národnej bezpečnostnej agentúre NSA. Vzhľadom k okolnostiam vyšetrovania, ktorého výsledky by sa mohli ľahko obrátiť proti samotným vyšetrovateľom, ovládne doktora Hodginsa paranoja. Netrvá dlho a vedecký tím si uvedomí, že pohyb každého jeho člena je naozaj ostro sledovaný. Počas vyšetrovania sa Brennanová snaží tajne pripraviť a naplánovať prekvapenie pre Bootha a napokon celý jej tím spoločne ako jedna rodina oslavuje jeden z najväčších amerických sviatkov - Deň vďakyvzdania.

Doktorka Brennanová a agent Booth odchádzajú v prestrojení na streleckú súťaž v štýle Divokého západu, aby priamo v teréne vyriešili nový prípad vraždy. Angela Montenegrová a dr. Jack Hodgins diskutujú o budúcnosti ich rodiny a Cam Saroyanová sa stále väčšmi zbližuje s umeleckým fotografom Sebastianom Kohlom.

Pátranie po vrahovi policajta otrasie oboma tímami vyšetrovateľov, tak vedcami z Jeffersonského ústavu, ako aj skupinou z FBI. Doslova ich totiž zmetie veľká explózia, ktorá vážne zraní agenta Aubreyho a dr. Hodginsa, pričom Hodginsove zranenia sa naďalej zhoršujú a komplikujú. S agentom Boothom na prípade spolupracuje aj behaviorálna analytička Karen Delfsová, ktorá má pre FBI vypracovať profesionálny posudok o profile zločinca a vytipovať, kto by mohol byť hľadaným vrahom. Bývalý štipendista Aristoo Vaziri požiada Cam, aby ho prijala späť do ústavu aj svojho života. Zatiaľ čo Cam sa musí definitívne rozhodnúť, ako naloží so svojím osobným životom, zostatok vedeckého tímu prehodnocuje, čo je pre jeho členov naozaj dôležité, a čo už nie.

Uplynulo už osem týždňov od osudnej explózie, ktorá zranila doktora Hodginsa a agenta FBI Jamesa Aubreyho. Hodginsove zranenia však boli veľmi vážne a ostal paralyzovaný. Aj napriek intenzívnej rehabilitácii nie je isté, či sa ešte niekedy uzdraví a nestrávi zvyšok života na invalidnom vozíku. Po vážnom zranení počas explózie má Hodgins za sebou osem týždňov rehabilitácie a len s veľkými problémami sa prispôsobuje svojmu novému životu na vozíku doma aj v práci. Doktorka Brennanová a agent Booth medzitým vyšetrujú vraždu verejnej obhajkyne, ktorú malo motív zabiť mnoho ľudí. Podozrivými sú všetci jej klienti z predchádzajúcich prípadov, teda obžalovaní, ktorým ako obhajkyňa nedokázala pred súdom pomôcť podľa ich predstáv a bezpochyby cítia voči nej veľkú nenávisť.

Vedecký tím zistí, že telesné ostatky nájdené pri autonehode patria zakladateľovi skupiny "meninistov", teda organizácie bojujúcej za práva mužov, ktorí sa stali obeťami domáceho násilia. Keď sa doktorka Brennanová dozvie viac o zásadách a názoroch organizácie na ochranu týraných mužov, podľa ktorej sú belosi stredného veku utlačovaní a feministky neznášajú mužov, stratí pri vypočúvaní chladnú hlavu a fyzicky napadne spoluzakladateľa organizácie. Medzitým Angela so svojím tímom spoločne čelia rastúcej Hodginsovej zlobe, ktorú spôsobilo jeho fyzické ochrnutie po explózii. Všetci hľadajú spôsob, ako sa s tým vyrovnať. Vedec na invalidnom vozíku nemá žiadnu istotu, že sa uzdraví a pomaly sa začína poddávať zúfalstvu. Agent Booth je presvedčený, že doktorka Brennanová nosí smolu hokejovému tímu NHL Philadelphia Flyers.

Malá Christine má nočné mory a bojí sa strašidla v šatníku. Jej rodičia, Booth a Brennanová, hľadajú sériového vraha, ktorý žije s telami svojich obetí niekoľko mesiacov v svojom príbytku, než sa ich zbaví.

Pred dvoma týždňami 32-ročná Lola Marshallová zmizla bez stopy z výchovného zariadenia, kde si odpykávala 10-ročný trest prevýchovy za dílerstvo drog. Vedúci zariadenia Thomas Hemingway tvrdí, že Lola vzala svoju prevýchovu veľmi vážne a bola vzornom pre ostatných odsúdených, dokonca sa začala stýkať so svojou odcudzenou tínedžerskou dcérou Kalani, ktorej sa v mladosti vzdala.

Vedecký tím z Jeffersonského ústavu spolu s agentmi FBI riešia prípad vraždy súkromného vyšetrovateľa. Jeho telo páchatelia najprv zmrazili v ľade a potom hodili do rieky Potomac. Nebohý muž mal mnohých nepriateľov, bol totiž vyjednávačom, ktorý sa staral o problémy svojich klientov a snažil sa ich vyriešiť všetkými možnými prostriedkami, čo vzbudzovalo silné emócie a vášne vo všetkých účastníkoch sporov. Agenta FBI Jamesa Aubreyho prekvapí, keď objaví informácie o mieste pobytu jeho otca. Angela a Hodgins sa ďalej trápia vo svojom vypätom vzťahu, ktorý poznačilo Hodginsovo zranenie a fyzická paralýza. Brennanová a Booth sa tešia z prvého vysvedčenia ich dcéry Christine a behaviorálna analytička Karen Delfsová pozve agenta Aubreyho na rande.

Vedecký tím pomáha FBI vyšetrovať vraždu vedúceho speváka mužskej speváckej skupiny The Whippersnaps z Lynwoodskej univerzity, ktorého telo našli v školskom laboratóriu medzi krysami. Nebohý šéf len nedávno vyhodil zo skupiny jedného z najlepších spevákov, Iana Jansena. Agenti FBI Booth a Aubrey vypočúvajú nielen podozrivého Iana a súčasných členov skupiny, ale aj členky konkurenčného dievčenského zoskupenia, aby zistili, ako sa odohráva konkurenčný boj miestnych skupín spievajúcich a capella, a čo mohlo viesť k vražde šéfa jednej z nich. Medzitým sa rozšíri prekvapujúca informácia o dávnom experimente agenta Jamesa Aubryho počas jeho štúdia na vysokej škole. Paralyzovaný doktor Hodgins sa prihlási do experimentálneho výskumu liečby a regenerácie poškodených nervov. Agent Seeley Booth sa snaží naplánovať letný výlet s Parkerom Boothom a do Jeffersonovho laboratória nastúpi nová stážistka.

Opitý vysokoškolák objaví mŕtvolu agenta tajnej služby tesne pred návštevou prezidenta Spojených štátov. Agent FBI Seeley Booth sa s chuťou púšťa do práce a požiada agenta tajnej služby a bývalého kolegu Brandta Walkera o informácie. Prekvapí ho reakcia tajnej služby, ktorá nesúhlasí s jeho osobnou účasťou na vyšetrovaní tohto prípadu. Vedecký tím však objaví šokujúce dôkazy, ktoré zvýšia závažnosť situácie. Agent Booth sa preto rozhodne, že bez ohľadu na protokol a predpisy nasadí všetky možné prostriedky, aby ochránil svoju vlasť, pretože musí zastaviť nepriateľa ukrytého vo vlastných radoch. Doktorka Brennanová sa lieči z chrípky, a tak sa do Jeffersonského ústavu vracia bývalý stážista Dr. Colin Fisher a stane sa vedúcim prípadu vraždy tajného agenta. Brennanová však nechce, aby ju z vyšetrovania vynechali. Doktor Hodgins paralyzovaný na vozíku berie svoj život do vlastných rúk a urobí pokrok v nebezpečnom lekárskom experimente, ktorého cieľom je regenerácia poškodených nervov.

Televízny filmový štáb sleduje doktorku Brennanovú, agenta Bootha, vedecký tím expertov aj skupinu pracovníkov FBI pri rutinnom vyšetrovaní ľudských telesných ostatkov, ktoré sa našli na skládke odpadu a boli tu pochované viac než desať rokov. Filmári nakrúcajú televízny dokument o uznávanom vedeckom lekárskom experimentálnom laboratóriu v Jeffersonovom ústave. Kamera sa snaží zachytiť neobvyklé zábery tímu pri práci a priblížiť doteraz nevidené alebo nezverejnené detaily používaných technológií či prístrojov. Komentáre každého člena tímu zároveň poskytujú dôverný pohľad na proces vyšetrovania zvnútra a podávajú k nemu zasvätený odborný výklad.

Vedecký tím vyšetruje smrť populárneho profesionálneho hokejistu, ktorého bezhlavé telo našli pohodené v rieke. Keď agenti FBI Booth a Aubrey vypočúvajú hráčovho trénera, ukáže sa, že bez Boothovej hlbokej znalosti tajomstiev hokejovej hry sa pátranie jednoducho nezaobíde, inak by sa rútilo do slepej uličky. A tak sa osobné športové skúsenosti agenta FBI stanú neoddeliteľnou súčasťou riešenia prípadu. Počas vyšetrovania sa Booth dokonca stretne aj so svojím dávnym hokejovým rivalom z minulosti a dohodnú si vzájomný súboj na ľade - ako inak, v hokejovom zápase. Medzitým si doktor Jack Hodgins s doktorom Oliverom Wellsom zorganizujú svoju vlastnú vedeckú súťaž. Hodgins postaví dva drony a obaja súperia, kto z nich ako prvý nájde chýbajúcu hlavu obete. A to len s pomocou bezpilotného lietadla s kamerou! Booth s Brennanovou konečne upratujú svoj dom a snažia sa zbaviť všetkých zbytočností, čo sa, prirodzene, nemôže zaobísť bez zvyčajných manželských hádok.

Doktorka Brennanová a agent Booth vyšetrujú nový zaujímavý prípad. Na stôl im prinesú ľudské telesné ostatky, ktoré dlho ležali v Antarktíde zamrznuté v ľade. Patria slávnemu a veľmi bohatému podnikateľovi, dobrodruhovi a polárnemu prieskumníkovi Henrymu Charlesovi. Jeffersonský vedecký tím potvrdí, že ho zavraždili. Charles zmizol pred desiatimi rokmi počas polárnej výpravy, na ktorej sa zúčastnil aj súčasný jeffersonský stážista, Dr. Clark Edison. A tak sa aj Brennanovej vedecký kolega nekompromisne ocitne na zozname podozrivých. Medzitým Cam Saroyanovú navštívi jej sestra Felicia, aby jej pomohla s prípravami na svadbu. Namiesto prežívania radostných chvíľ sa však medzi nimi rozhostí napätie, ktoré pramení zo starých rodinných sporov.

Tím vedcov z jeffersonského ústavu vyšetruje ľudské ostatky nájdené v továrni na recykláciu skla. Telo má v čeľusti usadený diamant. Francúzsky policajný inšpektor Rousseau požiada americký vedecký tím o spoluprácu, pretože z vraždy chce obviniť manžela obete, markíza de Chaussina, ktorý žije v USA v štáte Virgínia. Agent Booth zistí, že trpí očnou chorobou a nevie, či je len dočasná alebo trvalá. Rastú aj obavy o duševné zdravie doktora Hodginsa, ktorý tvrdí, že ho prenasleduje duch.

Na scénu sa opäť vracia sériový vrah z minulosti zvaný "Bábkar", ktorý žije s telami svojich zavraždených obetí doma, vo svojom vlastnom príbytku, a až po dlhšom čase ich vynáša von, aby sa ich definitívne zbavil. Vedecký tím sa znova otvorí starý nevyriešený prípad a ponorí sa do pátrania po neznámom zločincovi z predchádzajúcich prípadov. Doktorka Brennanová si vyčíta svoj minuloročný odchod z práce a viní sa z toho, že sériového vraha nezastavila už skôr. Netuší, že by sa pri tom sama dostala do veľkých problémov...