Akcja dzieje się 6 miesięcy po zakończeniu poprzedniego sezonu. Na świecie jest już syn Bones i Bootha - Hank. Oboje nie pracują już w Jeffersonian i FBI. Któregoś dnia Seeley wychodzi z domu do pracy dziwnie patrząc na żonę. Cam szuka zastępcy na miejsce Brennan, myśli o zatrudnieniu Arastoo. Tymczasem ekipa wezwana zostaje do spalonego samochodu, a w nim spopielonych zwłok. Badania, rekonstrukcja twarzy i numer broni wskazują, że jest to Booth. Jedynie Bones nie wierzy, że to jej mąż. Po poszukiwaniach okazuje się, że przeoczono jeden drobiazg, który różnił ciało młodego człowieka od Bootha. Okazuje się, że były to zwłoki Jareda - brata Seeleya. Trwają poszukiwania Bootha, włącza się w nie agentka Miller z Wydziału Wewnętrznego. W tym czasie widzimy Bootha rannego leżącego gdzieś w piwnicy.

24 godziny przed poprzednim odcinkiem widzimy Bootha i kilku ludzi jak podpalają samochód z ciałem Jareda. Tymczasem FBI za przyczyną agentki Miller zaczyna podejrzewać Seeleya o przestępstwo i ucieczkę. Oczywiście, nie wierzy w to ekipa z Jeffersonian. Ranny w brzuch Booth jest z ludźmi, którzy chcą dokonać wymiany listy agentów na 2 miliony dolarów. Okazuje się, że partner agentki Miller jest w to zamieszany, porwano jego dziewczynę i szantażowano go, by zdobył informacje o danych innych agentów. Booth i Jared chcieli temu zapobiec. Po śledztwie Aubreya odnajdują się kolejne ciała, w tym partnera Miller, sytuacja się wyjaśnia. W końcu FBI dociera do walczącego o życie Bootha. Seeley jest uratowany. Brennan postanawia wrócić do pracy w Instytucie Jeffersonian, bo okazało się, że bez jej obecności jest gorzej postrzegany. Booth oficjalnie wraca do FBI. Arastoo w związku z powrotem Bones szuka innego miejsca pracy, ma zamiar wyjechać do Dubaju. W związku z tym, że Cam nie opuści instytutu, para rozstaje się.

Młode kobiety nocą nielegalnie wchodzą na teren stawu, w którym hodowane są ryby. Chcą sobie zrobić darmowy rybi pedicure, niestety do stopy jednej z nich przyczepiają się zwłoki. W instytucie okazuje się, że brakuje w nich niektórych narządów. Booth wraca do biura, które zajął pod jego nieobecność Aubrey. Zaginęły też gdzieś prochy Jareda. Szczątki, które wyłowiono ze stawu to wynalazca. Trop prowadzi do grupy zajmującej się handlem narządami. Śledztwo wyłania sprawcę. W tym czasie Angela zaczyna interesować się fotografią, Hodgins robi jej niespodziankę i organizuje wernisaż. Początkowo niezadowolona Angela zgadza się na wystawę. Pojawia się na niej znany fotograf Sebastian Kohl, któremu najwyraźniej Angela się podoba. Aubrey oddaje biuro Boothowi, a pudło z prochami Jareda było w pokoju Christine, służyło jako schodek do łóżeczka Hanka.

Ojciec z synem odnajdują w lesie zwłoki, okazuje się, że są częściowo zjedzone przez kojoty. Hodgins i dr Wells razem ruszają na poszukiwanie ich odchodów, by odnaleźć pozostałe kości. Wells cierpi na problemy z potencją. Gościem odcinka jest dr Mayer - emerytowana antropolog sądowa, która pomaga ekipie przy rekonstrukcji szczątków. Okazuje się, że jest to członek grupy grającej w ligę sportową on-line, gdzie kupuje się i sprzedaje wirtualnie zawodników. Poszukiwanie sprawcy krążą wokół konfliktów w lidze i romansów. Dr Mayer radzi Wellsowi odpocząć i zrelaksować się, rada okazuje się skuteczna i asystent znów czuje się mężczyzną. Bones w książce uśmierca agenta Andy'ego. Booth nie zgadza się na taki koniec swojego bohatera. Stara się udowodnić Brennan, że ma rację.

Podczas przygotowań do Halloween młodzi ludzie w kościele odnajdują zwłoki młodej kobiety. Ekipa z Jeffersonian pod szczątkami odkrywa trumnę z ciałem generała Howe z początków XIX w. Ofiarą jest studentka medycyny, która razem z kolegą chciała odkryć, co dzieje się po śmierci. W tym celu zatrzymywali akcję serca i wskrzeszali się wzajemnie. Sarah bardzo się zmieniła po tym wydarzeniu. Do śledztwa dołącza ekscentryczny Ichabod Crane z Towarzystwa Historycznego, który ubiera się i zachowuje jakby żył 200 lat temu. Okazało się, że chłopak Sarah nie zobaczył niczego po śmierci i to doprowadziło go do utraty wiary. Obwiniał za to dziewczynę i zemścił się na niej.

Śmieciarka wciąga worek ze zwłokami i rozczłonkowuje je na szczotce. Ofiarą jest senator USA. Okazuje się, że spotykał się zbyt często z szefową partii i jakąś młodą dziewczyną. Dziewczyna to jego nieślubna córka. Senator miał moralny problem, bo chciał zagłosować inaczej niż jego partia, dla dobra ludzi. To nie spodobało się jego asystentowi, który liczył na karierę polityczną. Podczas śledztwa Aubrey ma sprawdzić przeszłość asystentki Warren. Jessica i Aubrey zbliżają się do siebie. Booth chce kupić telewizor do sypialni, Bones początkowo się nie zgadza, ale później sama kupuje telewizor, by pooglądać filmy w łóżku.

W stawie na polu golfowym odnaleziono zwłoki kobiety. Okazało się, że to reporterka polityczna, która przy pomocy informatora o nicku Amerykanin chciała ujawnić dane NSA (Agencji Bezpieczeństwa Narodowego). Do śledztwa włącza się agent Gill z NSA. Booth uważa, że Amerykanin to zdrajca a nie patriota. Okazuje się nim sam Gill, który uważał, że NSA postępuje niewłaściwie. Do Bootha przyjeżdża syn - Parker. Cała ekipa Instytutu Jeffersona i Aubrey spędzają Święto Dziękczynienia w domu Bones i Bootha.

Odcinek undercover. Znaleziono zwłoki mężczyzny, który wyglądał jak cowboy. Z zawodu był księgowym, ale fascynował się Dzikim Zachodem. Spotykał się z innymi entuzjastami koni, strzelb i saloonów podczas gry weekendowej. Buck i Wanda zjawiają się w tym miasteczku, by wziąć udział w konkursie strzelania i rozwiązać sprawę. Bones nie zgadza się na kupno motoru, zamiast niego kupuje Boothowi rower z silniczkiem. Hodgins tłumaczy Angeli, że nie jest gotowy na kolejne dziecko, że dobrze im w trójkę i nie chce tego zmieniać.

Młodzi skaterzy znaleźli zmasakrowane zwłoki. Szybko pojawił się tam też paparazzi, który sfotografował ciało. Na miejsce przyjechali Hodgins, Cam i Aubrey. Podczas oględzin zadzwonił telefon ofiary i nastąpiła eksplozja. Czterech policjantów zginęło, Aubrey osłonił własnym ciałem Hodginsa, ale obaj stracili przytomność. Jack był poobijany, ale Aubrey musiał przejść operację. Okazało się, ze ofiara jest również policjantem. Do Waszyngtonu przyjeżdża Arastoo, żeby pomóc ekipie, ale też spotakć się z Cam i do niej wrócić. Cam spotyka się z Sebastianem, ale nie jest pewna, czy to dobry wybór. W sprawie pomaga również chaotyczna behaviorystka z FBI Karen Delfs. Okazało się, że nie było to zaplanowane morderstwo. Podczas rozmowy Cam z Arastoo słychać krzyk Angeli. Hodgins stracił przytomność, w szpitalu okazało się, że jest sparaliżowany.

8 tygodni po eksplozji bomby Hodgins wychodzi ze szpitala, jest sparaliżowany od pasa w dół. Znaleziono zwłoki kobiety, która była adwokatką z urzędu, dobrą osobą, która wszystkim pomagała. Podejrzewani są jej klienci i współpracownicy. Okazało się, że ofiara nie chciała związać się ze swoim szefem. Instytut odwiedza Hodgins, który chce pomagać, a powinien odpoczywać jeszcze w domu. Razem z Wendellem pracują nad odnalezieniem kości porwanych przez nurt rzeki. Hodgins intensywnie się rehabilituje, niestety dzwoni do niego jego lekarz i oznajmia, że nerwy są w atrofii i nie będzie już nigdy chodził. Jack ukrywa to przed Angelą.

Podczas wypadku ginie człowiek, a jego ciało zostaje spalone. Ekipa musi zidentyfikować mężczyznę. Okazuje się, że był członkiem grupy walczącej o prawa mężczyzn. Podczas przesłuchania Bones uderza w twarz człowieka, który uważa, że kobiety są gorsze od mężczyzn, grozi jej za to kara. Jednak Brennan myśli, że miała rację. Booth uważa, że ostatnie przegrane mecze Flyersów to pech, który przynosi Bones oglądająca z nim rozgrywki. Hodgins wraca do pracy, jest niemiły dla wszystkich, nie potrafi się pogodzić z niepełnosprawnością, zamyka się w sobie. Mówi Angeli, że powinna od niego odejść, bo nie jest już tym samym człowiekiem, co kiedyś.

Córka Bootha i Bones boi się potwora z szafy. Tymczasem w Jeffersonian trwa rekonstrukcja zwłok kobiety ubranej w staromodne ubrania, w torebce znaleziono kasetę z piosenkami dla dzieci i Biblię. Ciało nosi ślady pośmiertnych złamań i ukruszeń zębów. Wygląda na to, że zabójca mieszkał ze zwłokami kilka miesięcy. Otwory w kościach służyły do podwieszania zwłok jak marionetki. Morderca to psychopata. Angi i Hodgins kłócą się, Jack jest okrutny dla swojej żony. Cam zbliża się znów z Arastoo. Bones i Booth odnajdują dom, w którym mieszka upośledzony umysłowo mężczyzna, który znał mordercę i bardzo się go boi. Ten człowiek po krótkim czasie wiesza się w swojej celi. Okazało się, że ofiara to Allison Monroe, pracownik społeczny. Ona i inne ofiary tego mordercy są tzw. filarami społecznymi, szanowanymi obywatelami. W domu upośledzonego mężczyzny znajdowała się kamera. Możliwe, że ktoś widział Bootha i Bones.

Bones jest przesłuchiwana w FBI w sprawie uderzenia człowieka w twarz, nie zgadza się z argumentacją, że nie powinna tego robić. W Jeffersonian trwa rekonstrukcja zwłok kobiety, którą odnaleziono w lawinie błota. Okazało się, że kiedyś była narkomanką, a później mieszkała w ośrodku resocjalizacyjnym. Podejrzanym jest Kenny - przyjaciel Bootha z więzienia. Seeley nie wierzy w winę kolegi. Okazało się, że był kiedyś chłopakiem ofiary i ma z nią córkę. Booth doprowadza do ich spotkania. Mordercą był mężczyzna prowadzący ośrodek. Aubrey i Jessica spotykają się i nie mogą pokonać bariery pierwszego pocałunku. W końcu przypadkowo im się to udaje. Brennan po kolejnym przesłuchaniu w FBI i groźbie zerwania współpracy zgadza się z komisją i obiecuje, że się poprawi i jej zachowanie się nie powtórzy. Booth ręczy za żonę.

Christine otrzymała znakomite oceny, jedna z nich budzi podejrzenia dr Wellsa, że jest sfałszowana, dostawiono znak plus. Po analizie atramentu okazało się, że faktycznie tusz jest inny. Bones nie mogła uwierzyć, że córka jest w stanie oszukać, na szczęście, była to poprawka nauczycielki. W Jeffersonian trwa identyfikacja ofiary zamrożonej w lodzie. Okazało się, że to człowiek, który pomagał w załatwianiu różnych interesów, nie zawsze legalnych. W trakcie śledztwa pojawiają się akta ojca Aubreya - oszusta. Aubrey nie chce ich czytać, ale gdy się decyduje, zauważa, że jest śledzony. Hodgins rozpieszcza Angelę biżuterią w zamian za swoje zachowanie, w końcu wyjaśniają sobie wszystko i ich związek wraca do normy.

Młodzi ludzie chcąc uwolnić szczury laboratoryjne odnajdują zwłoki. Okazuje się, że to student, który śpiewał w zespole a capella na uczelni. Dochodziło tam do wielu sporów, nie tylko o muzykę. Do instytutu trafia kolejna asystentka Sandy Mills, która jednak nie radzi sobie i Bones ją zwalnia. Parker, syn Bootha, nie wie, jak powiedzieć ojcu, że woli warsztaty pisarskie niż wyprawę na ryby. Prosi o pomoc Brennan. Hodgins chce poddać się ryzykownej operacji, ale Angela namawia go do rezygnacji, nie chce go stracić. Koniec odcinka to wspólne oglądanie kasety z występem Aubreya, który kiedyś też śpiewał a capella na uczelni.

Pijany mężczyzna odnajduje w parku zwłoki. Okazuje się, że to członek ochrony prezydenta USA. Śledztwo prowadzi po kolei do innych agentów, do partnerki, aż do szefa ochrony Walkera. W czasie poszukiwań Hodginsowi zrywa się uprzęż alpinistyczna i prawie spada w dół zsypu. Na szczęście utrzymuje się na wyćwiczonych rękach. Ekipie z Jeffersonian towarzyszy jeden z asystentów Bones - dr Fischer jako konsultant Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Okazuje się, że jest tutorem córki prezydenta.

W ramach reportażu o Ameryce kręcony jest film o pracy Instytutu Jeffersonian i jego współpracy z FBI. Po kolei przedstawiani są nasi bohaterowie przy pracy nad kolejną sprawą. Każda z nich wypowiada się, kim jest i co robi. Wspomniani są asystenci dr Brennan sprzed lat. Bones w szkole Christine pokazuje na czym polega jej praca. Budzi to w dzieciach wstręt, ale i ciekawość. Ofiarą, którą identyfikuje ekipa jest młody chłopak, który zagubił się nieco w życiu, był skonfliktowany z ojcem. Poszukiwania sprawcy zataczają koło. Pod koniec reportażu, podczas którego Cam nie chce mówić o prywatnych sprawach, w końcu przełamuje się i oświadcza Arastoo sama.

W rzece znaleziono ciało bez głowy, okazało się, że przypadkowo została odcięta śmigłem silnika na łodzi. Hodgins buduje drony z łapaczem i razem z dr Wellsem zaczynają zawody, kto pierwszy odnajdzie głowę na jeziorze. Bones opisuje uszkodzenia ciała ofiary, wtedy Booth rozpoznaje te urazy i dopasowuje je do słynnego zawodnika hokeja. Ma rację. Śledztwo prowadzi do nowej szefowej, pracownika od sprzętu, a w końcu do dilerki narkotyków. Bones i Booth postanawiają zrobić porządki w domu i wyrzucić zbędne rzeczy. Niestety, żadne z nich nie umie pożegnać się z ulubionymi przedmiotami, Bones z ksiązkami, a Booth ze skarpetkami i wieloma gadżetami.

Na Alasce odnaleziono zamrożone ciało szefa wyprawy sprzed 15 lat, okazało się, że ktoś go zabił. Wyprawa odkryła, że jej poprzednicy zjadali się wzajemnie, kiedy zabrakło im jedzenia. W skład ekipy wchodziło tylko 5 osób, w tym asystent Clark Edison, jak był studentem. Zostaje odsunięty od śledztwa. Ekipa po kolei sprawdza każdą osobę, na jaw wychodzą oszustwa, romanse i wymyślone fakty o kanibalizmie. Przyjeżdża siostra Cam - Felicia, by pomóc jej w przygotowaniach do ślubu. Organizuje wszystko bardzo klasycznie, elegancko, skromnie, a Cam chce bajkowego ślubu z balem. W końcu przestaje udawać, że jej się to podoba i wyznaje siostrze prawdę. Felicia jest zaskoczona, ale zgadza się z nowymi pomysłami Cam.

Trwa dochodzenie w sprawie ciała odnalezionego w punkcie recyklingu szkła. Okazuje się, że między zębami ofiary tkwi diament. Francuski inspektor Rousseau uważa, że morderstwo popełnił markiz de Chaussin, który mieszka w Wirginii. Booth dowiaduje się, że ma zaburzenia wzroku.

Ekipa próbuje schwytać Lalkarza, mordercę grasującego przed laty w okolicy. Zbrodniarz zasłynął z tego, że przez pewien czas żył otoczony ciałami ofiar niczym wśród lalek.