Bones és Booth látszólag boldogok új életükben. Megszületett a gyermekük, ők pedig tanárként élik hétköznapjaikat. Ám úgy tűnik, Booth számára ez csak a látszat. Egy este nem tér haza, és a laborba érkezett, porig égett maradvány minden jel szerint az ő teste. Vajon mibe keveredett, és miért hazudott Bones-nak erről? A régi csapat újra összeáll, hogy kiderítse az igazságot.

Brennan és régi-új csapata tovább folytatja a kutatást Booth után. Ahogy még több holttest kerül elő, a gyanúsítottak száma is növekszik. Az FBI új digitális elemzőt küld Angela segítségére. Az ügy ráébreszti Brennant, hogy hiba volt felmondania, és visszakéri az állását, ami azonban nem várt feszültséget szül Cam és Arastoo közt.

Brennan és Booth visszatérnek a régi munkahelyükre, bár Booth számára ez tartogat néhány kellemetlen meglepetést. Az első ügyük egy halastóban talált, megcsonkított tudós esete, amelyben a szálak a szervkereskedelemhez vezetnek. Mindeközben Boothnak szembe kell néznie az öccse halálával. Hodgins kellemes meglepetést készít elő Angelának, ami azonban balul sülhet el.

A csapat legújabb esetéhez, amelyben egy prérifarkasok által szétmarcangolt áldozatot kerül az asztalra, Dr. Brennan új gyakornokot hív segítségül. Ám a bölcs és tapasztalt Dr. Mayer jelenléte nem mindenkinek áldás. Booth zokon veszi, hogy Brennan legújabb regényében meghal a főhős, akit róla mintázott, miközben Hodginst kisebb baleset éri egy nyugtatólövedékkel.

Brennan csapata és az Álmosvölgy legendájából ismert Ichabod Crane és Abbie Mills összefog, hogy közösen oldjanak meg egy polgárháborús rejtélyt, ami egy modern gyilkossághoz köthető. Közös erővel végül kibogozzák, mi köze van a fej nélküli brit tábornoknak a fiatal orvostanhallgató halálához.

Bones és a csapat ezúttal egy szenátor halálának ügyében nyomoz, amit behálóznak a kusza magánéleti és politikai szálak. Jessica Warrenről kiderül, hogy egyetemistaként Green Peace-s lázadó aktivista volt, ami miatt nem biztos, hogy dolgozhat ezen a kényes ügyön. Kedvességével és őszinteségével viszont sikerül meggyőznie Aubreyt, aki egyre szerelmesebb lesz belé.

Egy fiatal bűvészlány maradványai kerülnek a Jefferson asztalára. Bones némi megvetéssel szemléli segítői lelkesedését a mágia iránt, sőt Boothnak még azt sem akarja engedni, hogy Christine-t a Fogtündér legendájával kábítsa. Camnek feltűnik, hogy a jóképű fotós, Sebastian Kohl egyre többet jár Angelához "konzultálni".

Vivian Prince, a híres politikai újságírónő testét találják egy golfpályán. Ő leplezte le a titkosszolgálat illegális lehallgatásait, kockára téve ezzel megannyi titkos ügynök életét. Ugyan a csapaton belül megoszlanak a vélemények az újságírónővel kapcsolatban, de ez nem akadályozza a nyomozást. Booth és Bones tofuval és a pulykával hálaadási vacsorára invitálja a csapatot.

Brennan fejében szöget üt a gondolat, hogy Booth talán unja a házasságukat, ezért úgy dönt, hogy elkíséri egy vadnyugati lőversenyre, ahol beépített ügynökként kell megoldaniuk egy gyilkosságot. Közben Angela és Hodgins házassága is fordulóponthoz érkezik, felmerül a kérdés, hogy legyen-e több gyerekük vagy ne. Saroyan nyitni próbál egy új kapcsolat felé, de nehezen teszi meg az első lépést.

Aubrey és Hodgins helyszínelés közben robbanás áldozatai lesznek. A vizsgált tetembe rejtett bombából arra következtetnek, hogy a gyilkos a rendőrökön akar bosszút állni. Brennan csapatát ezúttal egy cserfes viselkedés elemző is segíti. A gyilkost elkapják, és úgy tűnik, minden rendben lesz, mint mindig, azonban...

Míg a csapat egy fiatal védőügyvéd halálának megoldásán dolgozik, szembe kell nézniük Hodgins megváltozott munkaképességével. Az örök optimista Booth és Bray a csodában hisznek, ami szemben áll Brennan tudományba vetett hitével, miszerint Hodgins nem fog meggyógyulni. Angela és Cam azért aggódik, hogy Hodgins állapota ne romoljon még tovább.

Hodgins egyelőre képtelen feldolgozni balesete következményeit, ezért nemcsak Angelával, de a csapat többi tagjával is tőle szokatlan hangnemben beszél. A boncasztalon ezúttal egy férfi egyenjogúsági mozgalom vezetője fekszik, így megismerjük Bones és a többiek álláspontját az ügyben. Booth csapata leszállóágban van, rajta pedig elhatalmasodik a babonás félelem, hogy Bones hozta rájuk a rontást.

Preparált holttestre bukkannak egy forgalmas parkban. A maradványon talált lyukak alapján az eset összefüggésbe hozható egy korábbi, különösen kegyetlen gyilkossággal is. A csapat hamar ráeszmél, hogy egy szuperintelligens pszichopatával van dolguk, aki pontosan tudja, hogy kik ők, így az ő életük is veszélybe kerül.

Frissen szabadult nő holtteste fekszik az asztalon. Amíg Brennan és a csapat felgöngyölíti az ügyet, Hodgins és Angela házassága a tönk szélére jut. Ellenben Warren és Aubrey lassan, de biztosan haladnak a szerelem útján. Brennant kihallgatják az eset miatt, amikor megütött egy gyanúsítottat, ahol makacssága miatt veszélybe kerül az állása.

Fiatal egyetemista kórustag patkányok által szétmarcangolt holttestére találnak. A gyanú a többi kórustagra és a rivális énekkarra terelődik, akik nagyon szigorú szabályok szerint élnek. Aubrey különösen elemében érzi magát a nyomozás során, mivel maga is énekelt a főiskola alatt. Ezt persze próbálja titkolni. Hodgins egy kísérleti műtétet fontolgat, amit Angela kockázatosnak ítél.

A titkosszolgálat egyik ügynökének halála kiemelt fontosságú ügy a csapat számára, Brennan azonban influenza miatt kénytelen otthonról vezényelni az eseményeket. Különösen rosszul érinti, hogy a kormány egy régi emberét, Fishert küldi ki vizsgálati felügyelőnek. A gyanú egy másik ügynökre terelődik, így Booth kénytelen csatlakozni az elnököt védő egységhez. Közben Hodgins veszélyes akcióra készül egy mintavétel kedvéért.

Fiatal fiú holttestére bukkannak egy szeméttelepen, ami már tíz éve ott feküdt. A nyomozás során egy eltékozolt élet képe rajzolódik ki előttünk. A csapat dolgát ezúttal egy tévés stáb nehezíti, amely filmet forgat a nyomozás menetéről.

Fej nélküli holttestet találnak az Anacostia folyóban. Hamarosan kiderül, hogy egy híres jégkorongosé. Míg Hodgins és Wells nagy örömét leli a fej megkeresésében a Hodgins által fejleszett drónok segítségével, Booth szintén kiveszi a részét, mint a jégkoronghoz leginkább értő tanácsadó.

Egy alaszkai expedícióban tíz éve eltűnt férfi holttestére bukkannak. Tudóstársai mind hazatértek, és híressé váltak felfedezéseikkel, ő azonban gyilkosság áldozata lett. Az akkori kutatócsoport tagja volt Clark Edison is, így most nemcsak gyanúsítottá válik, hanem kizárják a nyomozásból is. Brennan feladata megtalálni a gyilkost és egyben kiállni Clark mellett, ami nem könnyű számára. Közben megérkezik Cam húga, hogy segítsen az esküvőszervezésben, és ezzel pontot tegyen az évek óta köztük húzódó feszültség végére.

Aubrey gyerekkori álma válik valóra, amikor a legújabb eset kapcsán egy ékszertolvaj nyomába erednek, aki ráadásul egy francia nemesi családból származó nő. A nyomozásban segítségükre van egy eltökélt francia nyomozó és a Jefferson legújabb gépe, a virtuális boncasztal. A vizsgálat során Hodgins furcsa rezgéseket észlel.

A bábozós sorozatgyilkos újabb áldozattal bővíti a repertoárját, aki ezúttal Brennan ruháiba van öltöztetve. Minden óvatosság ellenére Brennan fél, hogy a gyilkos őt is utoléri, ezen pedig nem segítenek a visszatérő rémálmok sem. Kétségbeesésében pszichológushoz fordul álomfejtésre, ám ezalatt a csapat is rájön, ki az elvetemült zseni. Ám ezúttal ez cseppet sem jelent jót.