חצי שנה עברה מאז שבונז ובות' עזבו את העבודות שלהם. גופה שרופה מתגלה על ידי הצוות והם מגלים שהאקדח שנמצא צמוד לגופה היה של בות'.

בשעה שאוברי ומילר מתקדמים בחקירה ובחיפושים אחר בות', מתגלות ראיות חדשות הרומזות לכך שהרוצח הוא מישהו מתוך המערכת.

בות' ובונז חוזרים לעבודה ועובדים יחד על חקירה הקשורה לגופה שנמצאה באגם כאשר איבריה הפנימיים חסרים. במקביל בות' מתוסכל מכך שאפרו של ג'ארד אבד.

לאחר מציאת גופתו של מתווך נדל"ן, בונז פונה לד"ר מאייר בבקשת עזרה בפענוח החקירה בנסיון לפתור את מותו של סוכן הנדל"ן.

גילוי של שלדים, אחד חדש יחסית והשני מלפני 200 שנה, מאלץ את בות' ובונז לשתף פעולה עם הסוכנת מילס ועם ההיסטוריון איכבוד קריין בנוגע לחקירה. המשך הפרק ב-"סליפי הולו", עונה 3, פרק 5.

הצוות מזדרז לגלות מי רצח סנאטור אמריקאי מווירג'יניה לפני שפרטי חקירה חשובים יתגלו במסיבת עיתונאים ויחבלו בחקירה.

גופה של בחורה צעירה מתגלה ביער. חברי הצוות מגלים שהיא עסקה בקסמים ובתרגילי היחלצות ומנסים להבין אם לרצח יש קשר לעיסוקה.

הצוות חוקר רצח של כתבת פוליטית שבוצע זמן קצר אחרי שפרסמה כתבה שחושפת מסמכים סודיים של הסוכנות לביטחון לאומי.

כדי לפענח רצח, בונז ובות' מגיעים כסוכנים חשאיים לתחרות ירי בסגנון המערב הפרוע. במקביל אנג'לה והודג'ינס מדברים על עתיד המשפחה שלהם, וקאם מתקרבת לצלם סבסטיאן קול.

הודג'ינס ואוברי נפצעים בפיצוץ שבו נהרגים גם ארבעה שוטרים. חברי הצוות נחושים לתפוס את הרוצח, ולעזרתם נחלצת דמות מפתיעה מהעבר.

שמונה שבועות אחרי הפיצוץ, הודג'ינס מתקשה להתמודד עם המציאות החדשה שלו. במקביל, הצוות חוקר רצח סנגורית ציבורית.

הצוות חוקר את מותו של חבר בקבוצת מניניסטים, גברים הנלחמים למען זכויות גברים. הודג'ינס מתקשה להתמודד עם מצבו ומוציא את כעסיו על כולם.

חברי הצוות חוקרים רצח של אישה ומגלים שכנראה יש קשר בין הרצח הזה לרצח קודם שלא פוענחה בו זהות הנרצח. כריסטין חולמת על מפלצת בארון.

חקירת רצח מובילה לאסיר לשעבר שבות' מכיר באופן אישי. בונז מעידה בפני הועדה על תקרית תקיפת החשוד מצידה. הודג'ינס ואנג'לה מגיעים לפרשת דרכים ביחסיהם.

חברי הצוות חוקרים רצח של סטודנט באוניברסיטה יוקרתית, ומגלים שהוא היה הסולן והמנהל של להקת א-קפלה נחשבת. מתמחה חדשה מגיעה למעבדה.

סטודנט שתוי מגלה את גופתו של סוכן חשאי, לפני ביקור נשיאותי באיזור.למעבדה מגיעה גופה שהתמוססה כמעט כולה בחומצה, וכולם מופתעים לגלות כי מדובר בסוכן של השירות החשאי. בונז חולה ונשארת בבית ומתוסכלת מכך שהיא לא יכולה לסייע לחקירה.

צוות טלוויזיה מתלווה לצוות במהלך חקירת רצח של גופה שהתגלתה באתר השלכת פסולת, עשר שנים אחרי הרצח עצמו.

בונז ובות' חוקרים את מותו של שחקן הוקי מקצועי, שגופתו נטולת הראש הושלכה לנהר.

גופתו של חוקר נמצאה קפואה בשלג 15 שנים אחרי שהוא נעלם. ד"ר קלארק אדיסון הופך לחשוד ברצח היות והוא היה חבר במשלחת המחקר של אותו חוקר.

הצוות חוקר רצח של אשת אצולה צרפתיה ונעזרים במפקח מהמשטרה הצרפתית שבטוח שיש קשר בין הרצח שלה לסדרת מעשי שוד ורצח בצרפת.

פרק אחרון לעונה. הצוות מנסה למצוא בובנאי, רוצח סדרתי מהעבר שהופך את קורבנותיו למריונטות. בונז מתקשה להתמודד עם תחושת האשמה על כך שלא מצאה את הרוצח קודם לכן.