退職し、家庭中心の生活を送っていたブースとブレナン。ところがある日、ブースの遺体が見つかったという知らせが入り、ブレナンはジェファソニアンに駆けつける。遺体は本当にブースなのか、彼に何があったのか突き止めようと躍起になるブレナン。一方、女性捜査官ミラーは、ブースが犯罪に関与したと主張する。

ブースの捜索が続く中、パートナーの失踪を隠していたミラー捜査官に殺人の容疑がかかる。彼女のパートナーは犯罪組織に潜入中の捜査官のリストを持ち出していた。

ＦＢＩとジェファソニアンに復帰したブースとブレナン。一方、カムはアラストとの別れを受け入れようとしていた。そこへ魚に臓器を食べられた遺体が運ばれてくる。

ファンタジー･フットボール･リーグのメンバーだった男性が何者かに殺される。犯人は架空のリーグにのめり込む男たちの中に？新たな実習生メイヤー博士の推理が冴える。

教会の床下から女性の遺体と首のない男性の遺体が見つかった。やがて遺体の引き渡しを求め、スリーピー･ホロウからミルズ捜査官と時代錯誤なイカボッドがやって来る。

バージニア州選出の上院議員が殺された。選挙区の利益に反する法案に賛成票を投じようとしたことへの恨みによる犯行か？さらに不倫疑惑や隠し子がいたことも判明し…。

森で女性の遺体が発見された。被害者のクラリッサは"マジックの城"に所属するマジシャンだった。ブレナンたちは体内から見つかった謎の鍵の正体を突き止めようとする。

国家安全保障局（ＮＳＡ）の機密を暴露した新聞記者が殺された。政府による盗聴を疑いながら調査を進めるスクインツたち。一方、ブレナンはブースに隠し事をしていて…。

ラボに運ばれてきた遺体は西部開拓時代を模した射撃ゲーム大会の参加者だった。ブースとボーンズは事件解決のため大会に潜入、バックとワンダのコンビが復活する。

コロンビアハイツで発見された遺体を調査中、突然、遺体が爆発。オーブリーとホッジンズが負傷してしまう。その報道を見て、ラボを辞めたバジリが駆けつける。

男性の権利を守るために作られた団体のトップが何者かに殺された。犯人は彼の標的であるフェミニストの１人なのか？一方、車イスのホッジンズは周囲に当り散らし…

公園で女性の遺体が見つかった。身元はソーシャルワーカーのアリソンと判明。遺体には剥製処理が施され、そばには手作りのカセットテープと聖書が残されていた。

聴聞会を控えて、容疑者を殴ったことを後悔してないと言うブレナンを前に、ブースは気が気ではない。一方、刑務所を出所して更生の道を歩んでいたはずの女性が殺害され…。

川から凍った男性の遺体が見つかった。タトゥーからフィクサーのフランクだと判明。オーブリーが子供の時に父親が使っていた探偵で、顧客は秘密を抱えるクセ者だらけだ。

全国大会優勝が期待されるアカペラグループのメンバーである大学生が殺された。被害者に恨みを抱いていたと思われる人々が聴取される。一方、オーブリーには意外な秘密が…

森で溶けた遺体が見つかった。所持品から被害者は大統領警護官だと判明。ブースたちはシークレットサービスと合同で大統領の訪問を控えた町にいる反政府分子を調べ始める。

ジェファソニアンとFBIの協力関係を特集するテレビ番組のスタッフが取材にやって来た。カメラの前で殺人事件の謎が解き明かされていくが、最後にビッグ･サプライズが！

川で首なし死体が発見された。膨大な数の傷痕からブースが被害者は有名なホッケー選手だと断言。死因特定に必要な頭部をホッジンズとオリバーがドローンを使って捜索する。

スクインツの一員、クラークが15年前に加わった探検隊の隊長の遺体が、浮氷の中から発見される。容疑者となったクラークが黙秘権を行使し、ブースらを困惑させるのだが…。

リサイクル工場で発見された遺体からダイヤが見つかった。３日前に宝石店で盗まれた宝剣の一部だ。そこへ被害者と犯人を知っていると主張するフランスの警部が現れる。

連続殺人犯による３人目の犠牲者が出る。悪夢の中で犯人らしき人物を見続けるブレナン。ついに拉致され、目を覚ました彼女の前にいたのは、あり得ない"あの人物"だった…。