Booth es en la cárcel después de haber sido enmarcado por el asesinato de tres agentes del FBI. Ahora le toca a Brennan, Sweets y el resto del equipo del Jeffersonian averiguar quién en el FBI está detrás de la conspiración.

Para averiguar quién inculpó a Booth por el crimen, el equipo del Jeffersonian, con ayuda del agente especial James Aubrey, continúa investigando quién está detrás de la conspiración que involucra al Gobierno y al FBI. Cuando averiguan que hay adn desconocido en una víctima relacionada con el escándalo, el equipo consigue acotar el número de sospechosos.

Con la ayuda de Rodolfo Fuentes, el equipo del Jeffersonian investiga el asesinato de un controvertido y obeso locutor de radio cuyos restos han sido encontrados en un colector de aguas. Cuando el equipo descubre alguna de sus actividades extralaborales consiguen cerrar el círculo de sospechosos. Mientras, el agente especial Aubrey trata desesperadamente de ganarse la confianza de Booth, y Brennan está preocupada por el cambio psicológico en Booth tras la muerte de Sweets.

El equipo investiga tras encontrar un cuerpo en un río. Mientras, Brennan y Booth planean el futuro de Christine.

El equipo del Jeffersonian asiste a una convención científica en la que Brennan dará el discurso central. Allí se encontrarán con un cadáver en el hueco de la escalera del edificio de la convención. Muchos asistentes ofrecerán su ayuda para resolver el crimen, pero las pruebas apuntan como sospechoso al doctor Hodgins, por lo que el equipo deberá trabajar para probar su inocencia. Mientras, Brennan se topa con su rival editorial, Tess Brown, y Wendell Bray recibe noticias sobre su diagnóstico de cáncer y volverá a trabajar con el equipo.

El equipo investiga el asesinato de una inmigrante cuyos restos fueron encontrados en una cuneta. La mujer había trabajado en la casa de una rica mujer, Sandra Zins, que se convierte inmediatamente en sospechosa. Los investigadores descubren que la víctima había entrado en el país ilegalmente y se dan cuenta de que el caso podría ser mucho más grande de lo que aparenta.

Los restos de un cuerpo, muy deteriorados, aparecen en un tiovivo, por lo que el equipo del Jeffersonian entra en acción para tratar de descubrir qué ha pasado en un millonario fondo de inversión. El jefe de la víctima se convierte en el primer sospechoso, pero la investigación da un giro inesperado cuando descubren pruebas incriminatorias contra la propia víctima. El caso se resiente por la conexión emocional que Aubrey siente con el caso, y Booth y Brennan se enfadan cuando Christine dice su primer taco.

El equipo del Jeffersonian debe investigar la muerte de un profesor universitario de psicología, cuyos restos aparecen muy deteriorados. Se trata de un hombre que realizaba un controvertido experimento con sus estudiantes, que se convierten en principales sospechosos. Brennan deberá trabajar con Aubrey y Wendell descubre que siente algo por la enfermera del tratamiento de quimioterapia que está recibiendo.

Bones homenajea a Alfred Hitchcock en un episodio que recrea el Jeffersonian y al equipo del FBI en los años 50. Brennan interpreta a una detective de la policía de Los Ángeles que lucha contra el sexismo en el cuerpo. Booth es un famoso ladrón de joyas. Cuando es acusado del asesinato de una celebridad, él y Brennan formarán equipo para limpiar su nombre y encontrar al verdadero asesino.

Avalon Harmonia presta su experiencia cuando encuentran los restos de un psíquico dentro de un árbol. Pero otra de sus visiones no le sientan demasiado bien a partes del equipo. Christine tiene un amigo invisible que preocupa a sus padres.

Cuando una profesora importante es hallada muerta en una librería abandonada, los profesores y estudiantes de su colegio se convierten en sospechosos en el caso. Mientras tanto, el editor de Brennan la aconseja unirse a Twitter; así, su interna, Jessica Warren, ayuda a una Huesos muy entusiasmada a comprender el universo Twitter.

Brennan y Booth investigan tras encontrar el cuerpo de un ex convicto en pedazos. A medida que se centran en recuperar su historia, se dan cuenta de que su pasado puede llevarles al asesino.

La muerte de un golfista demuestra la verdadera naturaleza competitiva del deporte. Mientras tanto, Brennan teme que su padre esté cometiendo actos ilegales de nuevo y Wendell pide ayuda a Hodgins.

Los restos de un jugador de altas apuestas son decubiertos en una trituradora industrial y el pasado de adicción de Booth entra en juego cuando él y Brennan investigan el mundillo del póker. Hodgins inventa un producto de laboratorio.

El equipo investiga cuando los restos de un chef famoso son descubiertos en un parque local.

Los restos de una estudiante de secundaria son encontrados y se cree que su muerte ha sido a causa del bullying; pero Brennan no está tan segura de que sea asesinato cuando encuentra similitudes entre su propia adolescencia y la de la víctima.

Con tan solo 48 horas antes de la ejecucción del asesino en serie Alex Rockwell (quien se encuentra en la cárcel en parte gracias a Brennan y a Booth), el equipo del Jeffersonian debe correr a contrarreloj para confirmar la nueva sospecha de Brennan de que Rockwell puede no ser el autor de los crímenes.

Arastoo es secuestrado por un miembro del Parlamento iraní para ayudarle con un caso de asesinato, por lo que Booth y Cam viajan a Oriente Medio para exponer al asesino antes de que sea demasiado tarde. Mientras tanto, Brennan está preocupada por la posible ludopatía de Booth, y le pide a Aubrey que la proteja a ella y a Christine del corredor de apuestas de su marido.

El cuerpo de un coleccionista de tarros de galletas se encuentra cerca de un río. Mientras tanto, Booth se esfuerza por aceptar la decisión de Brennan de irse de casa por culpa de su adicción al juego.

Los restos de un ex convicto y motero que se convirtió en instructor de Yoga son encontrados en las ruinas después de un incendio forestal. La investigación deberá cubrir ambos mundos del muerto. Mientras tanto, Booth lucha por controlar su adicción.

Mientras el equipo investiga un asesinato, aparecen pruebas en la escena del delito que les recuerda a un viejo enemigo. Angela se preocupa de Hodgins y su decisión mientras que Booth y Brennan consideran una vida sin el Jeffesonian.