A equipe tenta descobrir quem são os responsáveis por colocar Booth na prisão. Booth conhece seu novo agente júnior, o agente James Aubrey (John Boyd).

Enquanto a equipe fica de luta pela perda de um ente querido, eles devem coletar as pistas finais para descobrir a identidade do assassino e também coletar outra evidência na conspiração que colocou Booth na prisão.

Depois de os restos mortais de um apresentador de rádio direitista serem encontrados em um bueiro, a equipe tenta filtrar a lista de suspeitos após descobrirem sobre suas surpreendentes atividades extracurriculares. Enquanto isso, o agente Aubrey e Brennan parecem se preocupar com o estado psicológico de Booth.

Um corpo é jogado em um rio e descobre-se que pertence a um designer de jogos rico com um histórico de ser um manipulador, o que deixa a equipe com uma lista grande de suspeitos. Enquanto isso, Booth e Brennan começam a se preocupar com o futuro de Christine.

Uma convenção cientista forense se torna complicada quando todos os participantes querem ajudar a determinar a causa da morte de um corpo encontrado em uma escadaria, com a subsequente investigação revelando que Hodgins é um suspeito em potencial. Brennan encontra uma rival depois de fazer um discurso, e Wendell retorna com notícias da sua saúde.

O corpo de uma empregada doméstica assassinado prova ser algo complicado quando descobrem que ela era uma imigrante sem documentos, e a preparação de Arastoo para sua dissertação coincide com as conversas sobre casamento entre ele e Cam.

Aubrey fica preocupado com uma conexão emocional no caso de um comerciante de fundos de hedge assassinado, e Booth e Brennan enfrentam um conflito parental pelas suas reações contrastantes à Christine falando palavrões pela primeira vez.

A equipe é chamada, depois de um mestre das palavras cruzadas ser descoberto em um site de fracking urbana. Enquanto isso, Daisy parte para o trabalho.

A equipe investiga o assassinato de um professor universitário.

No episódio 200, Bones presta homenagem a Alfred Hitchcock, reimaginando as equipes de Jefferson e do FBI em Hollywood dos anos 50.

A equipe investiga a morte de uma médium, cujo corpo foi encontrado em uma árvore. Eles são assistidos pela amiga médium de Angela, Avalon Harmonia, no entanto alguns da equipe são céticos a respeito dela ter poderes psíquicos reais. Enquanto isso, a equipe lembra de Sweets, e que teria sido seu aniversário de 30 anos.

A equipe investiga a morte de um professor da escola, cujo corpo foi descoberto em uma livraria. Enquanto isso, Brennan cria uma conta no Twitter, incentivada por seu editor, para expandir sua base de fãs dos seus romances.

Um homem está fugindo de alguém o perseguindo... e tropeça em um local de demolição, onde ele explode. Quando seu corpo é encontrado em pedaços, a equipe do Jeffersonian descobre que seus tornozelos foram amarrados.

Quando restos mortais mutilados são encontrados em um triturador industrial, a equipe do Jeffersonian rapidamente determina que a vítima era um homem branco na casa dos 30 anos, que morreu nas últimas 24 horas - antes de ser triturado.

Um corpo é encontrado em uma cova rasa em um parque local, morto há dois dias mas já 80% decomposto graças aos químicos corrosivos que o assassino despejou no corpo.

Molly Delson, estudante de 16 anos, é encontrada morta em uma vala nas florestas da Virgínia; sua pele quase desaparecida indica que ela está morta há quatro dias.

Depois de Brennan re-examinar um caso antigo e encontrar novas evidências, ela acredita que Alex Rockwell, um homem que ela e Booth condenaram como um serial killer em "The Baker nas Bits" não chegou a cometer os assassinatos de verdade. A equipe corre para provar quem é o serial killer já que Rockwell será condenado à morte em 48 horas. Enquanto isso, Angela e Hodgins contemplam seu futuro, o de possivelmente se mudar para Paris.

Booth e Cam viajam a Teerã, no Irã, quando descobrem que Arastoo foi raptado por um membro do parlamento iraniano para ajudar em uma investigação de assassinato. Eles devem identificar o assassino para Arastoo ser solto. Enquanto isso, Brennan descobre que Booth tem jogado novamente quando um apostador aparece em sua casa dizendo-lhe que ele deve dinheiro. Quando Booth retorna do Irã, Brennan confronta-o e manda-o embora.

Booth e Aubrey investigam o assassinato de uma mulher que era uma colecionadora de frascos de biscoito. Enquanto isso, Booth, que não mais mora com Brennan, começa a participar de Jogadores Anônimos na esperança de superar seu vício. Além disso, Aubrey se aproxima da estagiária do Jeffersonian, Jessica.

A equipe investiga a morte de um instrutor de yoga, que era anteriormente um membro de uma gangue de motoqueiros. Enquanto isso, Booth chega a seu 30º dia limpo e continua a fazer progressos curando seu relacionamento com Brennan. Angela e Hodgins decidem se mudar para Paris e Hodgins finalmente descobre que o nome de nascimento de Angela é Pookie Noodlin.

A equipe investiga os restos de um possível protegido do serial killer Christopher Pelant. Angela e Hodgins decidem não se mudar para Paris e ficarem no Jeffersonian. Enquanto isso, Brennan e Booth abandonam suas carreiras no Jeffersonian e no FBI.