Brennan wyciąga Bootha z więzienia używając zdobytych wcześniej danych nt. spisku w FBI by zaszantażować prokuratora. Zespół Instytutu Jeffersona stara się rozwikłać sprawę ekshumując zwłoki człowieka, od którego, jak się wydaje, cały spisek się zaczął. Okazuje się, że denat nie zmarł na białaczkę, co lekarz podał w kartotece, tylko został zamordowany. Ofiara była powiązana z Instytutem Sandersona, a sam właściciel ostrzega Bootha, by nie interesował się tą sprawą. Seeley jest nieufny, ale chce działać dalej. Okazuje się, że spiskowcy posługiwali się szantażem. Pojawiają się kolejne nieprawidłowości. Zwłoki zostają zabrane z instytutu, na szczęście Hodgins wcześniej je podmienił. Caroline zdobywa nakaz przeszukania dokumentacji Sandersona. Daisy okazuje się być w zaawansowanej ciąży z Lancem, mieszkają razem i oczekują narodzin chłopca. Do grupy dołącza młody agent FBI Aubrey, który współpracuje ze Sweetsem. Brennan i Booth rozmawiają z byłym ochroniarzem, który był tajnym agentem FBI. Nagle dzwoni Aubrey, Seeley i Temperance jadą na miejsce strzelaniny. Na parkingu leży ranny Sweets. Mówi coś o jakimś dokumencie i umiera. Do Jeffersonian przywożą jego zwłoki. Wszyscy, łącznie z Daisy są załamani, Cam nie chce podjąć się sekcji, ale Brennan przekonuje ją, że to nie jest już Sweets, że muszą dopaść tego, kto go zabił.

Zespół instytutu bada ciało i notatki Lance'a, by odnaleźć zabójcę. Okazuje się nim były agent FBI, który odszedł do SEALS. Booth znajduje go nieżywego na dachu, Sweets ranił go śmiertelnie. Z kości psychologa Brennan i Daisy odczytują historię życia Lance'a. Okazuje się, że ciężarna Daisy nie ma rodziny. Angela stara się stworzyć mapę powiązań spisku, by odnaleźć osobę, która aktualnie pociąga za sznurki. Daisy pomaga przy sprawie starając się pomścić w ten sposób śmierć ukochanego. Booth wini się za śmierć Sweetsa, szuka informacji u starszego ochroniarza w domu starości. Ten niestety już nie chce już z nim rozmawiać. Ważną osobą staje się Duran, lekarz Coopera, który jest mocno powiązany ze spiskiem, jego ojczym był związany z Hooverem, założycielem FBI. Ktoś ukrywa akta słynnego polityka. Zespół odnajduje je w Instytucie Jeffersona w muzeum Hoovera. Tam są wszelkie nagrania i dokumenty. To koniec walki. Zespół żegna się ze Sweetsem, każdy wspomina jego zasługi. Daisy rozsypuje prochy Sweetsa, a ekipa śpiewa jego ulubioną piosenkę.

Dwie nastolatki znajdują ciało otyłego mężczyzny. Był do połowy wciśnięty do rury ściekowej. Okazało się, że to znany kontrowersyjny prezenter radiowy. Miał wielu wrogów, słaby kontakt z żoną i agresywnego szefa. Booth wciąż jest bardzo nieufny, chce pracować tylko z Brennan. Żona przekonuje go do współpracy z Aubreyem. Okazuje się, że ofiara lubiła seksualne zabawy w stylu sado-macho. Podejrzaną staje się domina, z którą spotykał się mężczyzna, ponieważ udusił się mając w ustach piłkę kneblową. Fuentes razem z Angelą odkrywają, że narzędziem zbrodni był telefon komórkowy. Okazuje się, że to szef ofiary znalazł go związanego i martwego. Próbował wrzucić go do ścieków. Wyrzucił również torbę z jego rzeczami. Hodgins znalazł tam bakterie z telefonu współpracownika ofiary. Aubrey przekonuje Bootha, żeby mu zaufał, bo to jego wybrał Sweets. Młody agent dołącza do ekipy.

Dwóch nastolatków odnajduje ciało mężczyzny z wyciętymi ustami, uszami i nosem. Po rekonstrukcji twarzy okazuje się, że to jeden z programistów sławnej firmy gier komputerowych. Booth i Aubrey odwiedzają jego dom, gdzie mieszkał ze współlokatorem o imieniu Noah. Chłopak ten bardzo rzadko wychodził z domu i żył w wirtualnym świecie, miał dziewczynę Chloe, którą znał tylko z sieci. Booth i Aubrey rozmawiają z koleżanką ofiary w firmie, tam młody agent FBI filmuje walczących na macie pracowników, których ruchy później odwzorowują postacie gier. Brennan i stażystka Warren odkrywają, że ofiara została uderzona w ten sam sposób, jak na nagraniu. Okazało się, że zamordowany mężczyzna oszukiwał swojego kolegę i wymyślił mu Chloe, by zerwał z inną. Porzucona kobieta zorientowała się i postanowiła się zemścić. Booth i Brennan nie mogą dojść do porozumienia w sprawie przedszkola dla Christine. Temperence chce posłać małą do idealnej, specjalistycznej placówki, a Seeley do publicznej szkoły. W końcu Brennan pozwala Boothowi zdecydować o przyszłości córki.

Dr Brennan ma wystąpić podczas Konwencji Kryminalistycznej jako główny mówca. Podczas jej przemowy wybucha pożar, okazuje się, że palą się zwłoki. Zespół z Jeffersonian zaczyna od razu pracę. Używają wielu wynalazków, które prezentują uczestnicy konwencji. Ofiarą okazuje się kobieta, z którą tuż przed prezentacją pokłócił się Hodgins. Znalezione na jej ciele fragmenty DNA Jacka czynią go jednym z podejrzanych. Ofiara została bardzo błyskotliwie zamordowana, jedno narzędzie kryło inne, użyto specjalistycznych chemikaliów. Podobne morderstwo opisała w swojej książce Tess Brown – konkurentka Brennan. Ofiara jadła ostatni posiłek z szefem konwencji. Oni też dołączają do grona podejrzanych. Ostatecznie Brennan znajduje ślad po termoogniwie, jednym z wynalazków Aldusa Cartera. Okazuje się, że użyte zostały też specjalne rękawiczki. Morderca nie przewidział jednak pewnego drobiazgu. Do ekipy wraca Wendell, jest w remisji. Załamuje się jednak po śmierci jednego z kolegów z terapii. Booth pomaga mu odzyskać równowagę.

Na polu pasące się kozy zaczęły zjadać zwłoki kobiety. Okazało się, że była to młoda Chinka – emigrantka, która przyjechała, by pracować w USA. W śledztwo angażuje się Arastoo, który też jest emigrantem. Okazuje się, że dziewczyna pracowała jako służąca u wielu osób. Właścicielem biura pośrednictwa pracy jest Chińczyk , który sprowadza kobiety do pracy, a potem je szantażuje utratą bliskich. Przetrzymuje młode Chinki w piwnicy w nieludzkich warunkach. Podejrzanym staje się Victor, młody Chińczyk, który zabił ojca ofiary i nielegalnie dostał się do Stanów. Okazuje się jednak, że młodzi byli parą i bardzo się kochali, a chłopak szukał swojej ukochanej. Dziewczyna została zabita pilniczkiem do paznokci, jedna z jej koleżanek bała się o życie swojej córki i chciała powstrzymać Theresę. Brennan nie zgadza się na propozycję tematu pracy doktorskiej Arastoo, Cam próbuje ją przekonać, ale to nie podoba się młodemu Irańczykowi. Okazuje się, że Brennan wymaga od niego więcej, bo jest bardzo zdolnym stażystą.

Spod karuzeli na placu zabaw wytoczyła się głowa, okazuje się, że pod starą zabawką znajdują się zwłoki mężczyzny. Stażysta Wells chce być lepszy niż dr Brennan, ta jednak na każdym kroku go prześciga. Ofiarą okazuje się bogaty makler giełdowy, Aubrey, który pracuje z Boothem ma prywatne złe doświadczenia z finansistami i angażuje się emocjonalnie w sprawę. Ofiara brała udział w narkotykowych imprezach, korzystała z usług prostytutek. Miała problemy w pracy, podejrzanym jest jego szef i kochanka. Okazuje się jednak, że w ranie Hodgins znajduje fragmenty szmaragdu, a to prowadzi do osoby, która nosi taki pierścień. Brennan rozmawia z Aubreyem i tłumaczy mu jak poradziła sobie z problemem ojca kryminalisty. Christine zaczyna przeklinać, co nie podoba się Boothowi, Brennan tłumaczy to naukowo, do czasu, gdy mała przenosi to do przedszkola.

W odwiercie znalezione zostaje ciało mężczyzny, zostało polane kwasem, więc szybko zaczęło się rozkładać. Okazało się, że to sławny twórca krzyżówek. Miał zatarg z kolegą po fachu, współpracownica korzystała z jego konta i uprawiała hazard, a jakiś młody człowiek pisał jego biografię. Stan zdrowia ofiary był kiepski, okazało się, że brał leki na Alzheimera i nie był już w stanie tworzyć nowych szarad. Żona korzystała z jego zasobów i publikowała za niego. Na ciele ofiary znaleziono ślady krwi, DNA tylko częściowo zgadzało się. Okazało się, że nastoletni Brooks miał syna, którego oddał do adopcji. Chłopak, gdy dowiedział się o tym odszukał swojego ojca, ale nie wiedział o Alzheimerze. W śledztwie pomaga Daisy, która liczy dni do porodu, ma doulę, której niezwykłe pomysły denerwują i niepokoją ekipę z Jeffersonian. Ostatecznie Daisy rodzi w towarzystwie swoich przyjaciół, pierwszy bierze na ręce noworodka Booth. Syn Sweetsa ma na imię Seeley Lance.

Ekipa z Jeffersonian odnajduje ciało w kawałkach, porozkładane po śmietnikach. Okazuje się, że ofiarą jest profesor psychologii z uniwersytetu. Aubrey razem z Brennan odwiedzają jego dom. Zauważają, że ziemia jest przesiąknięta krwią, a w domu jest mnóstwo jej śladów. Okazuje się, że profesor prowadził badania nad efektem Milgrama (traktowanie prądem ludzi przy nieprawidłowych odpowiedziach na pytania. Odpowiadający udawali porażenia prądem, o czym nie wiedzieli badani i często przekraczali granice bólu, a nawet śmierci) Sąsiadki często słyszały krzyki, a jedna z nich miała kamerę, która obserwowała ptaki. Dzięki niej FBI zauważyło cień mordercy. Podejrzanym jest jeden z jego studentów, który zorientował się, jakim potworem uczyniło go to doświadczenie. Hodgins znajduje też w mieszkaniu profesora kota, którego nazywa Skinner. Kolejną podejrzaną jest studentka – rzeźbiarka, ofiara zabita była rzeźbą. Okazuje się, że mordercą jest sąsiadka, na której ptaki polował kot profesora. Wendell zaczyna spotykać się z pielęgniarką onkologiczną. Boi się bliskości i zaangażowania, ale dziewczyna go przekonuje, że nigdy nie wiemy, co przyniesie nam życie.

Lata 50. ubiegłego wieku. Ludzie tłumnie witają parę aktorską (Boreanaz i Deschanel), która przybywa na premierę swojego filmu. Brennan jest detektywem policyjnym, a Booth złodziejem biżuterii. W willi zostaje zamordowana kobieta. Podejrzanym jest Booth, Brennan wierzy w jego niewinność. Z pomocą sekretarki (Angela) oraz profesora paleontologii (Hodgins) Brennan i Booth odkrywają, kim była uduszona. Okazuje się, że winna jest służąca (Cam). Odcinek kończy się hollywoodzkim pocałunkiem na tle księżyca.

Młody mężczyzna, który wpadł w szał i wciąż jest w szoku, został aresztowany w waszyngtońskim Roosevelt National Park. Okazuje się, że zatrzymany strażnik miejski podczas ścinania drzewa zauważył, że z pnia zaczęła wyciekać krew. Pracownicy Instytutu Jeffersona potwierdzają, że w pniu ukryto ludzkie szczątki. Mimo że ciało jest w stanie zaawansowanego rozkładu, dr Brennan ustala, że ofiarą jest około 30-letnia kobieta. Angela identyfikuje ją jako Justine Simmons. Specjaliści muszą odkryć, kto stoi za makabryczną zbrodnią i kto ukrył zwłoki w wydrążonym pniu. Pierwszy jest przesłuchiwany ojciec ofiary, wielebny Desmond Simmons, który przyznaje, że nie byli sobie z córką bliscy. Nie utrzymywali kontaktu, ponieważ nie podobało mu się, że córka zarabiała na życie jako jasnowidz. Tymczasem w biurze Angeli zjawia się jej przyjaciółka Avalon Harmonia (Cyndi Lauper), która posiada zdolności parapsychologiczne. Koleżanka twierdzi, że ktoś z zaświatów skontaktował się z nią, ponieważ potrzebuje jej pomocy. Pracownicy laboratorium wspominają zmarłego przyjaciela Sweetsa. Tego dnia skończyłby 30 lat. Z okazji swoich urodzin miał zwyczaj obdarowywać przyjaciół.

W zrujnowanej księgarni, pod stertą książek zostają znalezione zwłoki. Ciało leży w dziale podręczników już od kilku dni, a pewien jadowity pająk zdążył już uwić nad nimi sieć. Specjaliści z Instytutu Jeffersona identyfikują ofiarę – jest to 22-letnia nauczycielka Mia Ferrara. Jej chłopak, muzyk, twierdzi, że nie było go w mieście w czasie, kiedy Mia zginęła. Śledczy ustalają jednak, że jego koncert odwołano. Kobieta pracowała w publicznej szkole średniej, do której uczęszczała trudna młodzież, a placówka znajduje się w niebezpiecznej dzielnicy miasta. Agenci Seeley Booth i James Aubrey odwiedzają szkołę. Ustalają, że ofiara poświęcała się pracy, a mimo to jeden z uczniów groził jej śmiercią. Tymczasem dr Brennan jest załamana, ponieważ spostrzega swoją książkę w dziale wyprzedaży. Postanawia popracować nad promocją i zaczyna kontaktować się ze swoimi fanami za pomocą Twittera. Pomaga jej stażystka Jessica Warren.

Sfrustrowany mężczyzna w średnim wieku próbuje odebrać sobie życie. Planuje skoczyć z piętra garażu. Zmienia jednak zdanie, gdy na parkingu spostrzega ludzkie szczątki. Zwłoki leżą tam od tygodnia. Śledztwo zostaje przekazane ekipie z Instytutu Jeffersona. Angela ustala tożsamość ofiary – to mistrz minigolfa Troy Carter. Zamordowany brał udział w turnieju Tropikal Titi i miał szansę ponownie go wygrać. Dr Brennan i Booth jadą na miejsce i odkrywają, że właśnie tutaj zginął sportowiec. W kręgu podejrzanych znajdują się: organizator zawodów i jego żona, poprzedni mistrz minigolfa, którego Carter pozbawił tytułu oraz brat zamordowanego. Na dodatek ślady znalezione na kościach denata mogą świadczyć o tym, że mierzyło do niego kilku strzelców. Tymczasem Brennan niepokoi się o swojego ojca, Maxa, który od niedawna nie ma czasu dla swojej wnuczki, okłamuje córkę i znów ma przed nią sekrety. Temperance obawia się, że rodzic znowu wplątał się w jakieś przestępstwo. Booth wykorzystuje swoje stanowisko, by pomóc żonie poznać prawdę o ojcu. Natomiast stażysta Wendell Bray angażuje Hodginsa do naprawy starego zegara – pamiątki rodowej swojej dziewczyny.

W przemysłowej niszczarce zostają znalezione ludzkie szczątki. Angela i Cam dopasowują kawałki ciała, by móc ustalić tożsamość ofiary. Odkrywają, że zmarły to Jeff Dover, który pracował w firmie zajmującej się przeprowadzkami. Okazuje się, że zamordowany prowadził drugie życie jako pokerzysta. Wszyscy gracze biorący udział w ostatnim rozdaniu, w którym brał udział Dover, są podejrzani. By odnaleźć zabójcę, Booth postanawia zasiąść z nimi do gry. Jego żona nie popiera tego pomysłu. Boi się, że Seeley, który w przeszłości uzależnił się od hazardu, ponownie wpadnie w nałóg. Jej zdanie podziela Aubrey. Tymczasem Hodgins i stażystka Jessica Warren odkrywają miejsce zbrodni.

Pewna kobieta w trakcie treningu w parku odkrywa ciało pochowane w płytkim grobie. Cam ustala tożsamość ofiary – to Chili Reuben, prowadzący popularny program kulinarny. Kontrowersyjny gospodarz show odwiedzał lokale i oceniał jakość jedzenia. Od jego werdyktu zależało być albo nie być wielu restauracji. Był znany z nadwagi, niepohamowanego obżarstwa i ostrego języka. W Waszyngtonie celebryta odwiedził sześć lokali i tylko jednemu z nich przyznał pozytywną notę. Wśród podejrzanych są producent programu, dźwiękowiec oraz personel jednego z negatywnie ocenionych lokali – Royal Diner, w którym gotuje Frankie (Mike Starr). Jest to ulubiony bar dr Brennan i Bootha. Tymczasem Hodgins sprzedaje swój najnowszy wynalazek za miliony dolarów. Razem z Angelą obawiają się reakcji szefowej. Jednak Cam ma teraz większe zmartwienie na głowie, niż przestrzeganie procedur. Odkąd Arastoo wyjechał do Iranu, Saroyan szaleje z niepokoju o jego bezpieczeństwo.

Zostają znalezione szczątki uczennicy prywatnej szkoły średniej. 16-letnia Molly Delson była poszukiwana od czterech dni. Głównym podejrzanym jest młody mężczyzna, który odkrył ciało. Śledczy ustalają, że dwudziestolatek był skazany za seks z nieletnią i znał nastolatkę. Na dodatek zrobił i rozpowszechnił nagie zdjęcie ofiary. Agenci Seeley Booth i James Aubrey nie mają jednak dowodów, że prześladowca posunął się o krok dalej i zamordował dziewczynę. Specjaliści z laboratorium odkrywają sekrety ofiary. Molly czuła się samotna i nieszczęśliwa, nie mogła sprostać zbyt wygórowanym wymaganiom rodziców i prawdopodobnie była ofiarą przemocy domowej. W kręgu podejrzanych są też uczennice szkoły, które prześladowały zamordowaną dziewczynę.

Tylko 48 godzin pozostało do egzekucji seryjnego mordercy Alexa Rockwella, gdy dr Brennan przypadkowo odkrywa, że skazaniec z celi śmierci jest niewinny. Wraz z Boothem i prokurator Caroline Julian usiłują wstrzymać wykonanie wyroku, ale sędzia Michael pozostaje nieugięta. Eksperci z Instytutu Jeffersona i agenci z wydziału zabójstw FBI wznawiają śledztwo w sprawie morderstwa trzech byłych więźniów. Sprawca zbrodni wyciął tatuaże z ciał swoich ofiar. Booth odwiedza Alexa Rockwella w więzieniu. Ku zaskoczenia agenta mężczyzna odmawia współpracy. Nawet jego bliscy są przekonani o jego winie. Tymczasem zostaje znalezione kolejne ciało okaleczone w charakterystyczny sposób. Kobieta została zamordowana, gdy Alex Roxkwell przebywał już za kratkami.

W Teheranie pewien mężczyzna zostaje zamordowany, a Arastoo porwany. Uprowadzenie antropologa zlecił Majid Namazi, członek irańskiego parlamentu. Naukowiec musi rozwiązać sprawę zabójstwa. Arastoo ustala, że ofiarą jest Darius Namazi, syn polityka. Booth i Cam docierają do Teheranu. Agent FBI proponuje Namaziemu pomoc w wyjaśnieniu sprawy w zamian za wolność przyjaciela. Podczas śledztwa na jaw wychodzą sekrety zamordowanego, niezbyt wygodne dla jego ojca - polityka muzułmańskiego państwa. Okazuje się, że Darius Namazi spożywał alkohol i miał romans z niezamężną nie-Iranką. Na dodatek śledczy okrywają, że Darius, wbrew woli rodzica, był reformatorem na rzecz demokracji w Iranie. Tymczasem w Waszyngtonie do drzwi mieszkania Brennan i Bootha puka bukmacher z żądaniem spłaty długu. Temperance uświadamia sobie, że mąż znów uzależnił się od hazardu. Z obawy o bezpieczeństwo Christine prosi o pomoc agenta Aubreya.

Podczas ceremonii religijnej w wodzie nad brzegiem rzeki odkryto szczątki. Ze względu na stan zwłok Angela nie może komputerowo zrekonstruować wyglądu twarzy kobiety. Hodgins zauważa na skórze odbicie z firmowej koszulki, w którą była ubrana topielica. Okazuje się, że to logo firmy, w której pracowała. Ofiarą jest Leslie Hodsoll, znana w społeczności kolekcjonerów ozdobnych słoi na herbatniki. Cam ustala, że kobieta od dłuższego czasu była podtruwana. Jedną z podejrzanych w sprawie jest córka denatki, która nie zgłosiła nawet zaginięcia matki. Tymczasem Booth usiłuje dojść do porozumienia z Brennan, która wyrzuciła go z domu. Z kolei James Aubrey wybiera się z Jessicą Warren na romantyczną kolację.

Pożar lasu osłania szkielet mężczyzny, który został zamordowany, a następnie spalony dla zatarcia śladów. Pracownikom laboratorium udaje się jednak zidentyfikować ofiarę - to instruktor jogi Micah Stanbow, były skazaniec i członek gangu motocyklowego. Głównym podejrzanym jest boss denata, który niedawno wyszedł z więzienia. Gdy śledczy odkrywają, że zamordowany zdradzał swoją partnerkę Nan Roselick, ich uwaga koncentruje się właśnie na niej. W kręgu podejrzeń jest również pewien artysta, związany z jedną z kochanek Stanbowa. Booth i Aubrey udają się do jego pracowni i od razu spostrzegają ślady walki na twarzy malarza.

Na obelisku w Adams Park zostało umieszczone ciało. Wszystko wskazuje na to, że to kolejna ofiara seryjnego mordercy Pelanta. Ale to niemożliwe - Booth osobiście go zastrzelił. Specjaliści z laboratorium identyfikują denata - to konsultant do spraw zabezpieczeń komputerowych. Trop prowadzi do Dunlop Investments, gdzie pracował zamordowany. Firma Kevina Dunlopa była zamieszana w kradzież pieniędzy z prywatnego konta dr Hodginsa, której dokonał Pelant. Tymczasem analiza kawałka pizzy z mieszkania ofiary dostarcza przełomowego dowodu w śledztwie. Angela postanawia zrezygnować z pracy i zamieszkać w Paryżu. Mąż popiera jej plany. Kobieta zaczyna mieć jednak wątpliwości. Tymczasem na wieść o planowanym wyjeździe przyjaciół Temperance też rozważa wielką zmianę w swoim życiu. W końcu już wkrótce urodzi drugie dziecko.